गैर-सन्दर्भ आधारित mRNA अनुक्रमण-Illumina
विशेषताहरु
● कुनै पनि सन्दर्भ जीनोमबाट स्वतन्त्र,
● डाटा ट्रान्सक्रिप्टहरूको संरचना र अभिव्यक्तिको विश्लेषण गर्न प्रयोग गर्न सकिन्छ
● चर क्लिपिङ साइटहरू पहिचान गर्नुहोस्
सेवा लाभहरू
● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: परिणामहरू BMKCloud प्लेटफर्म मार्फत डेटा फाइल र अन्तरक्रियात्मक रिपोर्टको रूपमा डेलिभर गरिन्छ, जसले जटिल विश्लेषण आउटपुटहरूको प्रयोगकर्ता-अनुकूल पढ्न र मानक बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषणको आधारमा अनुकूलित डेटा खनन गर्न अनुमति दिन्छ।
● बिक्री पछि सेवाहरू: परियोजनाहरू फलो-अप, समस्या निवारण, परिणामहरू प्रश्नोत्तरहरू, आदि सहित, परियोजना पूरा भएपछि 3 महिनाको लागि मान्य बिक्री पछि सेवाहरू।
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| Conc.(ng/μl) | रकम (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| ≥ २० | ≥ ०.५ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥6.5; जनावरहरूको लागि: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित वा कुनै आधार रेखा उचाइ |
टिस्यु: वजन (सुक्खा): ≥1 ग्राम
*५ मिलीग्राम भन्दा सानो टिस्युको लागि, हामी फ्ल्याश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजनमा) टिस्यु नमूना पठाउन सिफारिस गर्छौं।
सेल निलम्बन: सेल गणना = 3 × 107
*हामी फ्रोजन सेल लाइसेट पठाउन सिफारिस गर्छौं।यदि त्यो कक्ष 5×10 भन्दा सानो गणना हुन्छ5तरल नाइट्रोजनमा जमेको फ्ल्याश सिफारिस गरिन्छ।
रगत नमूना:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol र 2mL रगत (TRIzol:Blood=3:1)
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर:
2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3;B1, B2, B3...
ढुवानी:
1. ड्राई-बरफ: नमूनाहरू झोलामा प्याक गरी ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
2.RNAstable ट्यूबहरू: RNA नमूनाहरू RNA स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै RNAstable®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
बायोइन्फर्मेटिक्स
1.mRNA(denovo) सभाको सिद्धान्त
ट्रिनिटी द्वारा, पठनहरू साना टुक्राहरूमा विभाजित हुन्छन्, जसलाई K-mer भनिन्छ।यी K-mers त्यसपछि कन्टिगहरूमा विस्तार गर्न बीजको रूपमा प्रयोग गरिन्छ र त्यसपछि कन्टिग ओभरल्यापिङहरूमा कम्पोनेन्ट आधारित हुन्छ।अन्तमा, De Bruijn लाई यहाँ कम्पोनेन्टहरूमा ट्रान्सक्रिप्टहरू पहिचान गर्न लागू गरियो।
mRNA (De novo) ट्रिनिटीको अवलोकन
2.mRNA (De novo) जीन अभिव्यक्ति स्तरको वितरण
RNA-Seq जीन अभिव्यक्तिको अत्यधिक संवेदनशील अनुमान प्राप्त गर्न सक्षम छ।सामान्यतया, ट्रान्सक्रिप्ट अभिव्यक्ति FPKM को पत्ता लगाउन सकिने दायरा 10^-2 देखि 10^6 सम्मको हुन्छ।
mRNA (De novo) प्रत्येक नमूनामा FPKM घनत्वको वितरण
3.mRNA (De novo) GO DEGs को संवर्धन विश्लेषण
GO (जीन ओन्टोलजी) डाटाबेस जीन र जीन उत्पादन प्रकार्यहरूको मानक शब्दावली समावेश गर्ने एक संरचित जैविक एनोटेशन प्रणाली हो।यसले धेरै स्तरहरू समावेश गर्दछ, जहाँ कम स्तर हुन्छ, अधिक विशिष्ट प्रकार्यहरू हुन्छन्।
mRNA (De novo) GO दोस्रो स्तरमा DEGs को वर्गीकरण
BMK केस
प्याजमा बल्ब सूजन र विकासको क्रममा सुक्रोज मेटाबोलिज्मको ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण (एलियम सेपा एल।)
प्रकाशित: वनस्पति विज्ञान मा सीमाना,2016
अनुक्रम रणनीति
Illumina HiSeq2500
नमूना संग्रह
यस अध्ययनमा Utah Yellow Sweet Spain cultivar "Y1351" को प्रयोग गरिएको थियो।संकलन गरिएको नमूना संख्या थियो
बल्ब (2-सेमी व्यास र 3-4 ग्राम वजन), 30 औं DAS (5-सेमी व्यास र 100-110 ग्राम वजन), र ∼3 40 औं DAS (7-सेमी व्यास र) को सुन्निएको (DAS) पछि 15 औं दिन 260-300 ग्राम)।
प्रमुख परिणामहरू
1. Venn रेखाचित्रमा, कुल 146 DEGs सबै तीन जोडी विकास चरणहरूमा पत्ता लगाइयो।
2. "कार्बोहाइड्रेट यातायात र चयापचय" लाई केवल 585 युनिजेन्स (अर्थात, एनोटेटेड COG को 7%) द्वारा प्रतिनिधित्व गरिएको थियो।
GO डाटाबेसमा सफलतापूर्वक एनोटेट गरिएका युनिजेन्सहरूलाई बल्ब विकासका तीन फरक चरणहरूका लागि तीन प्रमुख वर्गहरूमा वर्गीकृत गरिएको थियो।"जैविक प्रक्रिया" प्रिन्सिपल श्रेणीमा प्रतिनिधित्व गरिएका अधिकांश "चयापचय प्रक्रिया" थिए, त्यसपछि "सेलुलर प्रक्रिया"।"आणविक प्रकार्य" को प्रमुख श्रेणीमा दुईवटा वर्गहरू "बाध्यकारी" र "उत्प्रेरक गतिविधि" थिए।
 ओर्थोलोगस समूह (COG) वर्गीकरण को क्लस्टर को हिस्टोग्राम |  तीन विकास चरणहरूमा बल्बहरूबाट व्युत्पन्न युनिजीनहरूको लागि जीन ओन्टोलजी (GO) वर्गीकरणको हिस्टोग्राम |
 प्याज बल्ब विकासको कुनै पनि दुई चरणहरूमा जीनहरू भिन्न रूपमा व्यक्त गरिएको भेन रेखाचित्र |
सन्दर्भ
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al।प्याजमा बल्ब सूजन र विकासको क्रममा सुक्रोज मेटाबोलिज्मको ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण (एलियम सेपा एल।) [जे]।वनस्पति विज्ञान मा सीमाना, 2016, 7:1425-।DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
