जीनोम इभोलुसन
जीनोम डे नोवो
एसेम्बली|लिंग निर्धारण सम्पूर्ण अनुक्रम कार्य र आंशिक बायोइन्फर्मेटिक सेवाहरू बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरू द्वारा प्रदान गरिएको थियो।
सार
"सीड्रागनको प्रतिष्ठित फिनोटाइपमा पात-जस्तै एपेन्डेजहरू, दाँतविहीन ट्युबुलर मुख, र खुला "ब्रूड प्याच" मा निषेचित अण्डाहरूको इन्क्युबेशन समावेश भएको पुरुष गर्भावस्था समावेश छ।हामीले सामान्य सीड्रागन (फिलोप्टेरिक्स टेनियोलाटस) र यससँग नजिकका सम्बन्धित प्रजातिहरू, एलिगेटर पाइपफिस (सिन्ग्नाथोइड्स बियाकुलेटस) को नोवो-अनुक्रमित पुरुष र महिला जीनोमहरू।विकासवादी नवीनताबाट ट्रान्सक्रिप्शन प्रोफाइलहरू, पात-जस्तै एपेन्डेजहरू, देखाउँछन् कि सामान्यतया फिन विकासमा संलग्न जीनहरूको सेटलाई सह-अप्टेड गरिएको छ साथै सम्भावित ऊतक मर्मत र प्रतिरक्षा रक्षा जीनहरूको लागि ट्रान्स लिपिहरूको संवर्धन।scpp5 को लागि zebrafish mutants, जुन सबै syngnathids मा हरायो, pharyngeal दाँतको कमी वा विकृत भएको पाइयो, scpp5 को हानिले syngnathids मा दाँत हरायो भन्ने परिकल्पनालाई समर्थन गर्दछ।सामान्य सीड्रागन र एलिगेटर पाइपफिसद्वारा साझा गरिएको पुरुष-विशिष्ट amhr2y जीन एन्कोडिङ गर्ने एक पुटेटिभ लिङ्ग-निर्धारण लोकस पहिचान गरिएको थियो। "
सामग्री र विधिहरू:
सामग्री
Fहाम्रो साझा समुद्री ड्रैगन (P. taeniolatus) र दुई एलिगेटर पाइपफिश (S. biaculeatus) नमूनाहरू।दुई साझा सीड्रागन (एउटा पुरुष र एक महिला) र दुई एलिगेटर पाइपफिश (एउटा पुरुष र एक महिला) व्यक्तिहरू पूर्ण-जीनोम अनुक्रमको लागि प्रयोग गरिन्थ्यो, र दुई अन्य पुरुष साझा सीड्रागन व्यक्तिहरू जीनोम पुन: प्राप्तिको लागि प्रयोग गरियो।
जीनोम अनुक्रम रणनीति
२70/350 bp पुस्तकालय (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) वा Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). अनुक्रम, र दुई अन्य पुरुष सामान्य seadragon व्यक्तिहरू जीनोम रिस्वेन्सिङको लागि प्रयोग गरियो।
ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण
Fवा साधारण सीड्रागन, मस्तिष्क, आँखा, गिल, कलेजो, मुटु, मृगौला, मेसेन्टरी, आन्द्रा, मांसपेशी, पखेटा, छाला, पात जस्तो एपेन्डेज, टेस्टिस र अंडाशय संकलन गरियो।
जीनोम डे नोवो विधानसभा रणनीति
Cअनु (सुधार) + WTDBG2 (विधानसभा) + Pilon (पोलिश) + Lachesis (Hi-C)।
मुख्य परिणामहरू
चित्र 1. सामान्य सीड्रागन (P. taeniolatus) र एलिगेटर पाइपफिस (S. biaculeatus) र तिनीहरूको फाइलोजेनेटिक स्थितिहरूको मुख्य विशेषताहरू।
चित्र 2. सामान्य सीड्रागन (P. taeniolatus) मा पात-जस्तै परिशिष्टको आकार विज्ञान र आनुवंशिक मेकअप।
चित्र 3. सामान्य सीड्रागन (P. taeniolatus) र एलिगेटर पाइपफिस (S. biaculeatus) मा लिंग निर्धारण जीन।
चित्र 4. जेब्राफिस scpp5 homozygous mutants मा ग्रसनी दाँत फेनोटाइपहरू।
पोस्ट समय: जनवरी-08-2022