जीनोम इभोलुसन, प्यान्जेनोम
प्यान-जीनोम के हो?
संचित प्रमाणहरूले देखाउँदछ कि प्रजातिका विभिन्न प्रकारहरू बीचको भिन्नता ठूलो हुन सक्छ।एउटै जीनोम एउटै प्रजातिको आनुवंशिक जानकारीको सम्पूर्ण तस्वीर प्राप्त गर्न पर्याप्त छैन।प्यान-जीनोम अध्ययनको उद्देश्य एक प्रजातिको अधिक व्यापक जीनोमिक ग्राफ प्राप्त गर्नु र धेरै प्रकारको जीनोम डे नोवो एसेम्बली सञ्चालन गरेर विशेषताहरू र आनुवंशिक कोडहरू बीचको सम्बन्धलाई डिकोड गर्नु हो, जसले भिन्नताहरूको गहिरो र फराकिलो खननलाई अनुमति दिन्छ।
प्यान-जीनोम अध्ययनको प्रवृत्ति
चित्र 1 प्यान-जीनोमको प्रकाशित अनुसन्धान पत्रहरूको प्रवृत्ति।
नोट: चित्रले प्रकृति, सेल र विज्ञान श्रृंखला पत्रिकाहरूमा प्रकाशित लेखहरूको शीर्षक खोज्नको लागि मुख्य शब्दको रूपमा "पान-जीनोम" लिने परिणाम देखाउँछ।
aधेरै नमूनाहरूबाट पठनहरू सन्दर्भमा पङ्क्तिबद्ध हुन्छन् र असंरेखितहरूलाई उपन्यास कन्टिगहरूमा भेला गरिन्छ।मौलिक सन्दर्भ अनुक्रममा यी उपन्यास कन्टिगहरू थपेर, प्यान्जेनोम सन्दर्भ निर्माण गर्न सकिन्छ।डिस्पेन्सेबल क्षेत्रहरू प्यान्जेनोममा सबै पढ्ने म्यापिङको आधारमा निर्धारण गरिन्छ।
bबहु पहुँचहरूको जीनोमहरूको डे नोवो एसेम्बलीले डिस्पेन्सेबल जीनोमिक क्षेत्रहरू पहिचान गर्न सम्पूर्ण जीनोम पङ्क्तिबद्ध दृष्टिकोणहरूलाई अनुमति दिन्छ।
गएक प्यान-जीनोम ग्राफ सम्पूर्ण जीनोम पङ्क्तिबद्धता वा डे नोवो ग्राफ एसेम्बलीबाट निर्माण गर्न सकिन्छ, जसले ग्राफ मार्फत अद्वितीय मार्गहरूको रूपमा डिस्पेन्सेबल क्षेत्रहरूको भिन्न जानकारीलाई कुशलतापूर्वक भण्डारण गर्दछ।
प्यान-जीनोम कसरी निर्माण गर्ने?
चित्र 2 प्यान-जीनोम दृष्टिकोणहरूको तुलना१
aधेरै नमूनाहरूबाट पठनहरू सन्दर्भमा पङ्क्तिबद्ध हुन्छन् र असंरेखितहरूलाई उपन्यास कन्टिगहरूमा भेला गरिन्छ।मौलिक सन्दर्भ अनुक्रममा यी उपन्यास कन्टिगहरू थपेर, प्यान्जेनोम सन्दर्भ निर्माण गर्न सकिन्छ।डिस्पेन्सेबल क्षेत्रहरू प्यान्जेनोममा सबै पढ्ने म्यापिङको आधारमा निर्धारण गरिन्छ।
bबहु पहुँचहरूको जीनोमहरूको डे नोवो एसेम्बलीले डिस्पेन्सेबल जीनोमिक क्षेत्रहरू पहिचान गर्न सम्पूर्ण जीनोम पङ्क्तिबद्ध दृष्टिकोणहरूलाई अनुमति दिन्छ।
गएक प्यान-जीनोम ग्राफ सम्पूर्ण जीनोम पङ्क्तिबद्धता वा डे नोवो ग्राफ एसेम्बलीबाट निर्माण गर्न सकिन्छ, जसले ग्राफ मार्फत अद्वितीय मार्गहरूको रूपमा डिस्पेन्सेबल क्षेत्रहरूको भिन्न जानकारीलाई कुशलतापूर्वक भण्डारण गर्दछ।
भर्खरै प्रकाशित प्यान-जीनोमहरू
● बलात्कार प्यान-जीनोमहरू२
● टमाटर प्यान-जीनोमहरू 3
● राइस प्यान - जीनोम४
● सूर्यमुखी प्यान-जीनोम५
● सोयाबीन प्यान-जीनोम 6
● चामल प्यान-जीनोम७
● जौ प्यान-जीनोम८
● गहुँ प्यान-जीनोम९
● ज्वार प्यान-जीनोम१०
● फाइटोप्लाङ्क्टन प्यान-जीनोम११
सन्दर्भ
1. बेयर पीई, गोलिक्ज एए, शेबेन ए, ब्याटले जे, एडवर्ड्स डी। प्लान्ट प्यान-जीनोमहरू नयाँ सन्दर्भ हुन्।Nat बिरुवाहरू।२०२०;६(८):९१४-९२०।doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. गीत JM, Guan Z, Hu J, et al।आठ उच्च गुणस्तरको जीनोमहरूले प्यान-जीनोम वास्तुकला र ब्रासिका नापसको इकोटाइप भिन्नता प्रकट गर्दछ।Nat बिरुवाहरू।२०२०;६(१):३४-४५।doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al।टमाटर प्यान-जीनोमले नयाँ जीन र फलको स्वादलाई विनियमित गर्ने दुर्लभ एलिल पत्ता लगाउँदछ।नेट जेनेट।2019;51(6):1044-1051।doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al।प्यान-जीनोम विश्लेषणले खेती गरिएको र जंगली धानमा जीनोमिक भिन्नताको हदलाई हाइलाइट गर्दछ [प्रकाशित सुधार Nat Genet मा देखिन्छ।2018 अगस्ट; 50 (8): 1196]।नेट जेनेट।2018;50(2):278-284।doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al।सूर्यमुखी प्यान-जीनोम विश्लेषणले देखाउँछ कि हाइब्रिडाइजेसनले जीन सामग्री र रोग प्रतिरोधात्मक क्षमतामा परिवर्तन गर्यो।Nat बिरुवाहरू।२०१९;५(१):५४-६२।doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al।जंगली र खेती गरिएको सोयाबीनको प्यान-जीनोम।सेल।2020;182(1):162-176.e13।doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. किन पी, लु एच, डु एच, एट अल।33 आनुवंशिक रूपमा विविध चामलको पहुँचको प्यान-जीनोम विश्लेषणले लुकेका जीनोमिक भिन्नताहरू प्रकट गर्दछ [प्रिन्ट अगाडी अनलाइन प्रकाशित, २०२१ मे २५]।सेल।2021;S0092-8674(21) 00581-X।doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. जयकोडी एम, पद्मरासु एस, हबेरर जी, आदि।जौ प्यान-जीनोमले उत्परिवर्तन प्रजननको लुकेको विरासत प्रकट गर्दछ।प्रकृति।२०२०; ५८८(७८३७): २८४-२८९।doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al।धेरै गहुँ जीनोमले आधुनिक प्रजननमा विश्वव्यापी भिन्नता प्रकट गर्दछ।प्रकृति।२०२०; ५८८(७८३७): २७७-२८३।doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al।खेती गरिएको र जंगली सोर्घमको प्यान-जीनोम भित्र व्यापक भिन्नता [प्रिन्ट अघि अनलाइन प्रकाशित, २०२१ मे २०]।Nat बिरुवाहरू।2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x।doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. फ्यान X, Qiu H, Han W, et al।Phytoplankton pangenome ले विविध प्रकार्यहरूको व्यापक प्रोकारियोटिक तेर्सो जीन स्थानान्तरण प्रकट गर्दछ।विज्ञान अधिवक्ता।2020; 6(18): eaba0111।प्रकाशित अप्रिल 2020 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
पोस्ट समय: जनवरी-०४-२०२२