2021 मा, BMKGENE ले 31 De novo जीनोम अनुसन्धान सफलतापूर्वक 320 भन्दा बढी प्रभाव कारकहरू सहित उच्च-प्रभाव जर्नलहरूमा प्रकाशित गरेको देख्यो। 15 लेखहरू सह-लेखन गरिएका थिए जसमध्ये 4 BMKGENE द्वारा पहिलो लेखकको रूपमा सह-लेखक थिए।
सन् २०२२ को शुरुवातपछि नै ‘नेचुरल जेनेटिक्स’ र ‘मोलिक्युलर प्लान्ट’ नामक जर्नलमा दुईवटा अनुसन्धान लेख प्रकाशित भइसकेका छन् ।ती हुन्, "अत्यधिक हेटेरोजाइगस लिची जीनोमबाट दुई भिन्न ह्याप्लोटाइपहरूले प्रारम्भिक र ढिलो-परिपक्व खेतीहरूका लागि स्वतन्त्र घरेलु घटनाहरूको सुझाव दिन्छ" (लीची जीनोम अनुसन्धान, बागवानी कलेज, दक्षिण चीन कृषि विश्वविद्यालय, र वैज्ञानिक सहयोगीहरू, प्राकृतिक जीनमा प्रकाशित। ), र "एजिलोप्सका पाँच सिटोप्सिस प्रजातिहरूको जीनोम अनुक्रमहरू र पोलिप्लोइड गहुँको बी-सबजेनोमको उत्पत्ति" (पाँच सिटोप्सिस प्रजातिको जीनोम, उत्तरपूर्वी सामान्य विश्वविद्यालयका प्रोफेसर बाओ लिउको अनुसन्धान टोलीले सञ्चालन गरेको।)।हामी यी दुई लेखहरू पनि समीक्षा गर्नेछौं र हाम्रा पाठकहरूसँग साझा गर्नेछौं।
अब, BMK र हाम्रा सहयोगी सुविधाहरूद्वारा सह-लेखक २०२१ मा प्रकाशित उत्कृष्ट अनुसन्धान लेखहरूमा एक नजर राखौं।
प्लान्ट जीनोम - बहु-प्रजातिहरूमा सफलता।
1. उच्च गुणस्तरको जीनोम एसेम्बलीले राई जीनोमिक विशेषताहरू र कृषि विज्ञानको रूपमा महत्त्वपूर्ण जीनहरू हाइलाइट गर्दछ
सहयोगी सुविधा: हेनान कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: प्राकृतिक आनुवंशिकी
प्रभाव कारक: 38.31
यस परियोजनामा, चिनियाँ राई जातको वाइनिङ राईको जीनोम क्रमबद्ध गरिएको थियो।जम्मा गरिएका कन्टिग्स (7.74 Gb) ले अनुमानित जीनोम साइज (7.86 Gb) को 98.47% का लागि योगदान गर्यो, 93.67% कन्टिगहरू (7.25 Gb) सात क्रोमोजोमहरूलाई तोकिएको थियो।दोहोरिने तत्वहरूले एसेम्बल गरिएको जीनोमको 90.31% गठन गर्यो।वेनिङ एसेम्बलीका थप विश्लेषणहरूले जीनोम-वाइड जीन नक्कलहरू र स्टार्च बायोसिन्थेसिस जीनहरूमा तिनीहरूको प्रभाव, जटिल प्रोलामिन लोकीको भौतिक संगठन, प्रारम्भिक शीर्षक विशेषताहरू अन्तर्निहित जीन अभिव्यक्ति सुविधाहरू र राईमा पोटेटिभ डोमेस्टेसन-सम्बन्धित क्रोमोसोमल क्षेत्रहरू र लोकीहरूमा नयाँ प्रकाश ल्यायो।यो जीनोम अनुक्रमले राई र सम्बन्धित अनाज बालीहरूमा जीनोमिक र प्रजनन अध्ययनलाई गति दिने वाचा गर्दछ।
2. काँटा बिनाको गुलाब: आर्द्रता अनुकूलनसँग जोडिएको जीनोमिक अन्तर्दृष्टि
सहयोगी सुविधा: वनस्पति विज्ञान को कुनमिङ संस्थान, चिनियाँ विज्ञान प्रतिष्ठान
जर्नल: राष्ट्रिय विज्ञान समीक्षा
प्रभाव कारक: 17.273
यस परियोजनामा, 'Basye's Thornless' (BT, Rosa wichuraiana को एक काँटा-रहित खेती), 'ओल्ड ब्लस' (OB, गुलाब डोमेस्टेसनमा एक संस्थापक जीनोटाइप), तिनीहरूको F1 हाइब्रिड र BCF1 को नमूनाहरू संकलन गरिएको थियो।र स्टेम प्रिकल विकाससँग सम्बन्धित आनुवंशिक तत्वहरू पहिचान गर्न उच्च गुणस्तरको सन्दर्भ जीनोम असेंबली उत्पन्न गरिएको थियो।जीनोम आकार लगभग 530.6 Mb छ।एसेम्बल गरिएको जीनोमको गुणस्तर प्रमाणित गर्न, आनुवंशिक नक्सा तुलना, बुस्को, एनजीएस रिड्स रिड्स, ओबी ह्याप्लोटाइपसँग तुलना, सिक्वेन्सिङ बेस एरर रेट कन्ट्रोल र जीनोम-वाइड एलटीआर एसेम्बली इन्डेक्स मूल्य जाँच (LAI=20.03) जस्ता विश्लेषणहरू सञ्चालन गरियो।यस अनुसन्धानले स्टेम प्रिकल्सको जटिल विरासत ढाँचा र नियामक संयन्त्रलाई प्रकट गर्दछ र महत्त्वपूर्ण विशेषताहरूसँग सम्बन्धित गुलाब जीवविज्ञान र खानी आणविक मार्करहरू अध्ययन गर्न हामीलाई आधार र उपन्यास स्रोतहरू प्रदान गर्यो।
3. कुकुमिसमा संश्लेषित एलोपोलिप्लोइडहरूको सम्पूर्ण-जीनोम अनुक्रमले एलोपोलिप्लोइडाइजेशनको जीनोम विकासमा अन्तरदृष्टि प्रकट गर्दछ
सहयोगी सुविधा: नान्जिङ कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: उन्नत विज्ञान
प्रभाव कारक: 16.801
यस अध्ययनले काकडी (C. sativus, 2n = 14) र यसको जंगली सापेक्ष प्रजातिहरू (C. hystrix, 2n = 24) र त्यसपछिको क्रोमोजोम डुप्लिकेशनको बीचमा अन्तरविशिष्ट संकरीकरण प्रयोग गरेर प्राप्त सिंथेटिक allotetraploid को उच्च-गुणस्तरको जीनोम रिपोर्ट गर्यो, जुन पहिलो हो। पूर्ण अनुक्रम सिंथेटिक allopolyploid।जीनोमको एसेम्बलीले "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina" अनुक्रमको कार्यप्रवाह लागू गर्यो, जसको परिणामस्वरूप जीनोमको आकार 530.8Mb र contig N50 = 6.5Mb भयो।पढाइहरू 19 स्यूडोक्रोमोसोम र सबजीनोमहरूलाई तोकिएको थियो।नतिजाहरूले संकेत गरे कि जीनोम डुप्लिकेशनको सट्टा हाइब्रिडाइजेशनले आणविक र सीपी जीनोमहरूमा अधिकांश जीनोमिक परिवर्तनहरू निम्त्याउँछ।यसले सुझाव दिएको छ कि स्थिर हेटरोजाइगोसिटीले तनाव अनुकूलनको साथ C.×hytivus प्रदान गर्दछ।नतिजाहरूले बिरुवा पोलिप्लोइडी विकासमा नयाँ अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ र भविष्यका बालीहरूको लागि सम्भावित प्रजनन रणनीति प्रस्ताव गर्दछ।
4. तुलनात्मक जीनोम विश्लेषण हाइलाइट ट्रान्सपोसन मध्यस्थ जीनोम विस्तार र कपासमा 3D जेनोमिक तहको विकासवादी वास्तुकला
सहयोगी सुविधा: Huazhong कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: आणविक जीवविज्ञान र विकास
प्रभाव कारक: 16.242
यस परियोजनाले तीनवटा कपास प्रजातिहरूको जीनोम जम्मा गर्न नानोपोर सिक्वेन्सिङ प्रयोग गर्यो: Gossypium rotundifolium (K2, genome size = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genome size = 1.62Gb, Mb19Gb, contigN = 160), र। G. raimondii (D5, genome size = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb)।सबै तीन जीनोम मध्ये 99% भन्दा बढी Hi-C मार्फत भेला गरिएको थियो।BUSCO विश्लेषणको नतिजा क्रमशः ९२.५%, ९३.९% र ९५.४% रहेको छ ।यी सबै संख्याहरूले संकेत गरे कि तीनवटा एसेम्बली जीनोमहरू सन्दर्भ-ग्रेड हुन्।तुलनात्मक जीनोम विश्लेषणहरूले वंश-विशिष्ट TE प्रवर्धनको विवरणलाई ठूलो जीनोम आकार भिन्नताहरूमा योगदान पुर्याउँछ।यस अध्ययनले बिरुवाहरूमा उच्च-क्रम क्रोमाटिन संरचनाको विकासमा ट्रान्सपोसन-मध्यस्थ जीनोम विस्तारको भूमिकामा प्रकाश पार्छ।
5. क्रोमोजोम-स्केल असेंबली र बायोमास फसलको विश्लेषण Miscanthus lutarioriparius genome
सहयोगी सुविधा: आणविक वनस्पति विज्ञानमा उत्कृष्टताको लागि CAS केन्द्र
जर्नल: प्रकृति संचार
प्रभाव कारक: 14.912
यो परियोजनाले अक्सफोर्ड नानोपोर सिक्वेन्सिङ र हाई-सी टेक्नोलोजीहरू संयोजन गरेर मिसकान्थस लुटारियोरिपेरियस जीनोमको क्रोमोजोम-स्केल एसेम्बली रिपोर्ट गर्यो।2.07Gb असेंबलीले 96.64% जीनोम कभर गर्दछ, 1.71 Mb को contig N50 सँग।कुल अनुक्रमहरूको लगभग 94.30% 19 स्यूडोक्रोमोसोमहरूमा लंगर गरिएको थियो।BAC अनुक्रम, LAI मूल्याङ्कन, BUSCO मूल्याङ्कन, NGS डेटाको साथ पुन: असेंबली, ट्रान्सक्रिप्टोम डेटाको पुन: असेंबलीसँग तुलना गरेर, जीनोमलाई उच्च गुणस्तर र निरन्तरताको रूपमा मूल्याङ्कन गरियो।M. lutarioriparius को Allotetraploid उत्पत्ति सेन्ट्रोमेरिक उपग्रह दोहोरिने प्रयोग गरेर पुष्टि गरिएको छ।M. lutarioriparius को ट्यान्डेम डुप्लिकेट जीनहरू केवल तनाव प्रतिक्रिया, तर कोशिका पर्खाल बायोसिन्थेसिससँग सम्बन्धित सर्तहरूमा कार्यात्मक समृद्ध हुन्छन्।जीन डुप्लिकेटहरू सायद C4 प्रकाश संश्लेषणमा भूमिका खेल्छन् र कम तापक्रममा Miscanthus C4 प्रकाश संश्लेषणमा योगदान गर्छन्।अनुसन्धानले बारहमासी बिरुवाहरूको अध्ययनको लागि महत्त्वपूर्ण सन्दर्भ प्रदान गर्यो।
6.A क्रोमोजोम-स्तर क्याम्पटोथेका एक्युमिनाटा जीनोम एसेम्बलीले क्याम्पटोथेसिन बायोसिन्थेसिसको विकासवादी उत्पत्तिमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ।
सहयोगी सुविधा: सिचुआन विश्वविद्यालय
जर्नल: प्रकृति संचार
प्रभाव कारक: 14.912
यस परियोजनाले 414.95Mb को जीनोम साइज र 1.47Mb सम्मको N50 को साथ उच्च गुणस्तरको, क्रोमोजोम-स्तर C. एक्युमिनाटा जीनोम एसेम्बली रिपोर्ट गरेको छ।हामीले फेला पार्यौं कि सी. एक्युमिनाटाले एक स्वतन्त्र पूर्ण-जीनोम नक्कल अनुभव गर्दछ र यसबाट व्युत्पन्न धेरै जीनहरू क्याम्पटोथेसिन बायोसिन्थेसिससँग सम्बन्धित छन्।LAMT जीनको कार्यात्मक भिन्नता र दुई SLAS जीनको सकारात्मक विकास, यसैले, दुवैले C. acuminata मा क्याम्पटोथेसिन बायोसिन्थेसिसमा ठूलो योगदान पुर्यायो।परिणामहरूले माध्यमिक मेटाबोलाइटको विकासवादी उत्पत्तिमा आनुवंशिक परिवर्तनहरू पहिचान गर्न उच्च-गुणस्तरको जीनोम असेंबलीको महत्त्वलाई जोड दिए।
7. एलेल-परिभाषित जीनोमले कासावा विकासको क्रममा बायलेलिक भिन्नता प्रकट गर्दछ
सहयोगी सुविधा: चाइनिज एकेडेमी अफ ट्रपिकल एग्रीकल्चरल साइन्सेस
जर्नल: आणविक प्लान्ट
प्रभाव कारक: 13.162
यस परियोजनाले प्यासिफिक बायोसाइन्सेस (PacBio) सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्म प्रयोग गरेर contigN50 1.1Mb कासाभाको लागि सन्दर्भ जीनोम भेला गर्यो।BUSCO, LAI सूचकांक, र उच्च घनत्व आनुवंशिक नक्सा द्वारा मूल्याङ्कन पछि, संकलन गरिएको जीनोम सन्दर्भ-ग्रेडको रूपमा पुष्टि हुन्छ।अनावश्यक क्षेत्रहरू पहिचान गरियो र हाई-सी लिङ्कहरू प्रयोग गरेर 18 स्यूडोक्रोमोसोमहरूमा कन्टिगहरू लंगर गरियो।कासावाको लागि यो उच्च-गुणस्तर र एलेल-परिभाषित सन्दर्भ जीनोम होमोलोगस क्रोमोसोमहरूमा भिन्न-भिन्न द्वि-एलेलहरू पहिचान गर्न मूल्यवान छ, जसले द्वि-एलेलहरू र तिनीहरूको अन्तर्निहित विकासवादी ड्राइभिङ फोर्सहरूको भिन्नता र अभिव्यक्ति प्रभुत्व अन्वेषण गर्न अनुमति दिन्छ।यसले कासावा र अन्य उच्च विषम बालीहरूमा प्रजनन रणनीतिहरू नवाचार गर्न सहज बनायो।
8. Paulownias को द्रुत बृद्धि र Paulownia witches' broom को गठन मा जीनोमिक अन्तर्दृष्टि
सहयोगी सुविधा: हेनान कृषि विश्वविद्यालय
जर्नल: आणविक प्लान्ट
प्रभाव कारक: 13.162
यस परियोजनाले 511.6 Mb आकारको Paulownia fortunei को उच्च-गुणस्तरको आणविक जीनोम भेला गर्यो, जसको 93.2% अनुक्रमहरू 20 स्यूडोक्रोमोसोमहरूमा लंगरिएको थियो।उच्च फोटोसिन्थेटिक दक्षता C3 प्रकाश संश्लेषण र क्रास्युलेशियन एसिड मेटाबोलिज्म मार्गलाई एकीकृत गरेर प्राप्त गरिन्छ, जसले पाउलोनिया रूखहरूको अत्यन्त द्रुत वृद्धि बानीमा योगदान गरेको हुन सक्छ।PaWB फाइटोप्लाज्मा को अतिरिक्त जीनोम अनुक्रम, कार्यात्मक विश्लेषण संग संयुक्त, संकेत गर्दछ कि प्रभावकर्ता PaWB-SAP54 प्रत्यक्ष रूपमा Paulownia PfSPla सँग अन्तरक्रिया गर्दछ, जसले फलस्वरूप ubiquitin-मध्यस्थ मार्ग द्वारा PfSPLa को गिरावट निम्त्याउँछ र witches को गठन को लागी नेतृत्व गर्दछ।डेटाले paulownias को जीवविज्ञान र PaWB को गठन को लागी नियामक संयन्त्र मा महत्वपूर्ण अन्तरदृष्टि प्रदान गर्यो।
पशु जीनोम - प्रजाति विकासको गहिरो अन्तर्दृष्टि
1. नॉटिलस पोम्पिलियसको जीनोमले आँखाको विकास र जैव खनिजीकरणलाई उज्यालो बनाउँछ
सहयोगी सुविधा: साउथ चाइना सी इन्स्टिच्युट अफ ओशनोलॉजी, CAS
जर्नल: प्राकृतिक पारिस्थितिकी र विकास
प्रभाव कारक: 15.462
यो परियोजनाले Nautilus pompilius को लागि पूर्ण जीनोम प्रस्तुत गर्यो।यससँग अनुक्रमित सेफालोपोडहरू बीचको न्यूनतम जीनोम छ, जुन 730.58Mb को साथ contigN50 = 1.1Mb छ।BUSCO मूल्याङ्कन परिणाम 91.31% छ।ट्रान्सक्रिप्टोम, प्रोटोम, जीन परिवार र फाइलोजेनेटिक विश्लेषणको साथ संयुक्त, यो जीनोमले पिनहोल आँखा र बायोमिनरलाइजेसन जस्ता सेफालोपोड आविष्कारहरूमा आधारभूत सन्दर्भ प्रदान गर्यो।अनुसन्धानले संकेत गर्यो कि Hox जीन क्लस्टरको पूर्णतामा क्षति मोलस्कको खोल गायबसँग सम्बन्धित हुन सक्छ।महत्त्वपूर्ण रूपमा, जीन हानि, स्वतन्त्र संकुचन र विशिष्ट जीन परिवारहरूको विस्तार र तिनीहरूसँग सम्बन्धित नियामक सञ्जालहरू सहित बहु जीनोमिक आविष्कारहरूले नॉटिलस पिनहोल आँखाको विकासलाई ढाल्न सक्छ।नॉटिलस जीनोमले विकासवादी परिदृश्यहरू र जीनोमिक आविष्कारहरू पुनर्निर्माण गर्नको लागि एक बहुमूल्य स्रोत गठन गर्यो जसले विद्यमान सेफालोपोडहरूलाई आकार दिन्छ।
2.Seadragon जीनोम विश्लेषणले यसको फेनोटाइप र लिंग निर्धारण स्थानमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ
सहयोगी सुविधा: साउथ चाइना सी इन्स्टिच्युट अफ ओशनोलॉजी, CAS
जर्नल: विज्ञान प्रगति
प्रभाव कारक: 14.132
यो परियोजना डे नोवो-सामान्य सीड्रागन (फाइलोप्टेरिक्स टेनियोलाटस) र यससँग नजिकका सम्बन्धित प्रजातिहरू, एलिगेटर पाइपफिस (सिन्ग्नाथोइड्स बायकुलेटस) को पुरुष र महिला जीनोमहरू क्रमबद्ध गरिएको छ।Phyllopteryx taeniolatus को लागि जीनोम साइज ~ 659 Mb（♂） र ~ 663 Mb（♀）, 10.0Mb र 12.1mb को contigN50 सँग।Phyllopteryx taeniolatus को लागि जीनोम साइज 637 Mb（♂） र ~648 Mb（♀）, 18.0Mb र 21.0Mb को contigN50 सँग।फाइलोजेनेटिक विश्लेषणको माध्यमबाट, साझा सिड्र्यागन र एलिगेटर पाइपफिस सिन्ग्नाथिनेको भगिनी वर्ग हुन्, र लगभग 27.3 मा पहिले भिन्न हुन्छन्।एक विकासवादी नवीनताबाट ट्रान्सक्रिप्शन प्रोफाइलहरू, पात-जस्तै एपेन्डेजहरू, देखाउँछन् कि सामान्यतया फिन विकासमा संलग्न जीनहरूको सेटलाई सह-अप्टेड गरिएको छ साथै सम्भावित ऊतक मर्मत र प्रतिरक्षा रक्षा जीनहरूको लागि ट्रान्स-स्क्रिप्टहरूको संवर्धन।सामान्य सीड्रागन र एलिगेटर पाइपफिसद्वारा साझा गरिएको पुरुष-विशिष्ट amhr2y जीन एन्कोडिङ गर्ने एक पुटेटिभ लिङ्ग-निर्धारण लोकस पहिचान गरिएको थियो।यस परियोजनाले अनुकूली विकासको अध्ययनको लागि महत्वपूर्ण प्रमाण प्रदान गर्यो।
पोस्ट समय: सेप्टेम्बर-19-2022