GWAS
शीर्षक: सम्पूर्ण-जीनोम रिस्वेन्सिङले यसको सुधारमा संलग्न ब्रासिका नेपस उत्पत्ति र आनुवंशिक लोकी प्रकट गर्दछ
जर्नल: प्रकृति संचार
NGS |WGS |अनुगमन |GWAS |ट्रान्सक्रिप्टम |RNAseq |ब्रासिका नापस |विकास |घरपालुवा
यस अध्ययनमा, बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूले NGS अनुक्रमणिका सेवाहरू, साथै डेटा अनुक्रमणिकामा बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषणमा प्राविधिक सहयोग प्रदान गर्यो।
पृष्ठभूमि
ब्रासिका नापस(रेपसीड) एक महत्त्वपूर्ण तिलहन बाली हो र पोलीप्लोइड प्रजाति, विकास र चयन प्रक्रियाहरूको अनुसन्धानको लागि उत्कृष्ट मोडेल हो।यद्यपि, जंगली प्रजातिहरू वा घरपालुवा दाताहरू आमाबाबुका पूर्वजहरू थिए र रेपसीडमा घरपालन र सुधारमा योगदान पुर्याउने जीनहरू अझै अज्ञात छन्।
सामग्री र विधिहरू
सामग्री:५८८B. नापसयस अध्ययनमा एसियाबाट ४६६, युरोपबाट १०२, उत्तर अमेरिकाबाट १३ र अष्ट्रेलियाबाट ७ जना समावेश गरिएको थियो।बृद्धि बानी रेकर्डको आधारमा, यी सामग्रीहरूलाई तीन इकोटाइपहरूमा विभाजन गरिएको थियो;वसन्त (86 पहुँच), जाडो (74 पहुँच), र अर्ध-जाडो (428 पहुँचहरू)।
अनुक्रम:औसत लगभग।५× (३.३७× देखि ७.७१× सम्म)
अनुक्रम प्लेटफर्म:इलुमिना हिसेक 4000
डाटा उत्पादन:4.03 Tb सफा डाटा
SNP कल:BWA + GATK।5,294,158 SNPs र 1,307,151 InDels प्राप्त गरियो।
परिणामहरू
बी नापसको उत्पत्ति
B. नापसएउटा सबजीनोम युरोपेली शलजमको पुर्खाबाट विकसित भयो।युरोपेली शलजमबाट जीन प्रवाह घटनाबि नापुs एक subgenome ~ 106-1170 वर्ष पहिले भएको थियो।B. नापसC subgenome यी वंशहरूको साझा पूर्वजबाट विकसित भएको हुन सक्छ।को पुर्खाB. नापसचार बी ओलेरेसिया उप-प्रजातिहरूको साझा पूर्वजबाट विभाजित, हालसालै जीन प्रवाहमाB. नापस~ 108-898 वर्ष पहिले।B. नापसC subgenome को A Subgenome भन्दा धेरै जटिल उत्पत्ति छ।एक बलियो बाधा दुवै दुई subgenomes समयमा विकसितB. नापसविकास।जाडो र अर्ध जाडोB. नापसइकोटाइपहरू ~ 60 वर्ष पहिले भिन्न भए, जबकि जाडो र वसन्तB. नापस~ 416 वर्ष पहिले, र तिलहन र गैर-तेलबीन अलग भयोB. नापस~ 277 वर्ष पहिले अलग भयो।
चित्र 2 588 B. napus Accessions र B. rapa Access को 199 को जनसंख्या संरचना।
चित्र 3 588 B. napus Accessions र B. oleracea accessions को 119 को जनसंख्या संरचना
चयन संकेतहरू र जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन।
सुधारको पहिलो चरण (FSI) को समयमा, A subgenome भन्दा B. napus C subgenome मा धेरै आनुवंशिक विविधता हराएको थियो।सुधारको दोस्रो चरण (SSI) को तुलनामा FSI को समयमा कम आनुवंशिक भिन्नता देखा पर्यो।SSI- चयन संकेत क्षेत्रहरूमा जीनहरू तनाव सहिष्णुता, विकास र मेटाबोलिक मार्गहरूमा समृद्ध थिए।बीउ उत्पादनसँग सम्बन्धित ५, सिलिक लम्बाइ ३, तेलको मात्रा ४ र बीउको गुणस्तरमा ४८ लगायत १० लक्ष्य विशेषताहरूसँग ६० स्थानहरू उल्लेख्य रूपमा सम्बन्धित छन्।
Fig. 4 B. napus को SSI को समयमा चयन गरिएका क्षेत्रहरूको जीनोम-वाइड स्क्यानिङ र एनोटेसनहरू
ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषण
उच्च-तेल-सामग्री र डबल-लो कल्टिभर र कम-तेल-सामग्री र डबल-उच्च खेतीबाट 11 टिश्यूहरूको RNAseq डेटा ग्लुकोसिनोलेट बायोसिंथेटिक प्रक्रियासँग सम्बन्धित पहिचान गरिएका जीनहरू उल्लेखनीय रूपमा अत्यधिक प्रतिनिधित्व गरिएको थियो।
Fig. 5 B. napus को इकोटाइप सुधार को चयन अन्तर्गत फूल फुल्ने-समय नियमन को सिंहावलोकन
छलफल
यस अध्ययनले को उत्पत्ति र सुधार इतिहास बुझ्नको लागि एक बहुमूल्य स्रोत प्रदान गर्योB. नापसर महत्त्वपूर्ण एग्रोनोमिक जटिल लक्षणहरूको आनुवंशिक आधारहरूको विच्छेदनलाई सहज बनाउनेछ।अनुकूल भेरियन्टहरू, चयन सङ्केतहरू र उम्मेद्वार जीनहरूसँग सम्बन्धित महत्त्वपूर्ण SNPs ले भविष्यमा विशेष गरी हालको एलोपोलाइप्लोइड बाली र यसका आफन्तहरूको उत्पादन, बीउको गुणस्तर, तेलको सामग्री र अनुकूलन क्षमतामा सुधार गर्नमा ठूलो मात्रामा योगदान गर्नेछ।
सन्दर्भ
सम्पूर्ण-जीनोम रिस्वेन्सिङले यसको सुधारमा संलग्न ब्रासिका नेपस उत्पत्ति र आनुवंशिक लोकी प्रकट गर्दछ [J]।प्रकृति संचार, 2019, 10(1)।
समाचार र हाइलाइटहरू बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूसँग नवीनतम सफल केसहरू साझेदारी गर्ने उद्देश्य, उपन्यास वैज्ञानिक उपलब्धिहरू र अध्ययनको क्रममा लागू गरिएका प्रमुख प्रविधिहरू क्याप्चर गर्ने।
पोस्ट समय: जनवरी-05-2022