उच्च-थ्रुपुट जीनोटाइपिङ, विशेष गरी ठूलो मात्रामा जनसंख्यामा, आनुवंशिक एसोसिएशन अध्ययनहरूमा एक आधारभूत चरण हो, जसले कार्यात्मक जीन खोज, विकासवादी विश्लेषण, इत्यादिको लागि आनुवंशिक आधार प्रदान गर्दछ। गहिरो सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमणको सट्टा, कम प्रतिनिधित्व जीनोम अनुक्रमण (RGS)। ) प्रति नमूना अनुक्रम लागत कम गर्न को लागी पेश गरिएको छ, जबकि आनुवंशिक मार्कर खोज मा उचित दक्षता कायम राख्दै।यो सामान्यतया दिइएको साइज दायरा भित्र प्रतिबन्ध टुक्रा निकालेर प्राप्त गरिन्छ, जसलाई कम प्रतिनिधित्व पुस्तकालय (RRL) नाम दिइएको छ।स्पेसिफिक-लोकस एम्प्लीफाइड फ्र्याग्मेन्ट सिक्वेन्सिङ (SLAF-Seq) डे नोवो SNP खोज र ठूलो जनसंख्याको SNP जीनोटाइपिङको लागि एक आत्म-विकसित रणनीति हो।
प्राविधिक कार्यप्रवाह
SLAF बनाम अवस्थित RRL विधिहरू
SLAF को फाइदाहरू
उच्च आनुवंशिक मार्कर खोज दक्षता- उच्च-थ्रुपुट सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीको साथ संयुक्त, SLAF-Seq ले विभिन्न अनुसन्धान परियोजनाहरूको अनुरोध पूरा गर्न सम्पूर्ण जीनोम भित्र पत्ता लगाइएको सयौं हजार ट्यागहरू प्राप्त गर्न सक्छ, या त सन्दर्भ जीनोमसँग वा बिना।
अनुकूलित र लचिलो प्रयोगात्मक डिजाइन- विभिन्न अनुसन्धान लक्ष्य वा प्रजातिहरूको लागि, एकल-इन्जाइम, दोहोरो-इन्जाइम र बहु-इन्जाइम पाचन सहित विभिन्न इन्जाइम्याटिक पाचन रणनीतिहरू उपलब्ध छन्।इष्टतम इन्जाइम डिजाइन सुनिश्चित गर्न सिलिकोमा पाचन रणनीतिको पूर्व-मूल्याङ्कन गरिनेछ।
इन्जाइमेटिक पाचनमा उच्च दक्षता- पूर्व-डिजाइन गरिएको इन्जाइम्याटिक पाचनले क्रोमोजोममा थप समान रूपमा वितरित SLAFs प्रदान गर्दछ।टुक्रा सङ्कलन कुशल 95% भन्दा बढी हासिल गर्न सक्छ।
दोहोरिने क्रमबाट बच्नुहोस्- SLAF-Seq डेटामा दोहोरिने क्रमको प्रतिशत 5% भन्दा कममा घटाइएको छ, विशेष गरी उच्च स्तरको दोहोरिने तत्वहरू जस्तै गहुँ, मकै, इत्यादि भएका प्रजातिहरूमा।
आत्म-विकसित जैव सूचनात्मक कार्यप्रवाह- BMK ले अन्तिम आउटपुटको विश्वसनीयता र शुद्धता सुनिश्चित गर्न SLAF-Seq प्रविधिमा लागू हुने एकीकृत जैव सूचनात्मक कार्यप्रवाह विकास गर्यो।
SLAF को आवेदन
जेनेटिक लिंकेज नक्शा
उच्च घनत्व आनुवंशिक नक्सा निर्माण र क्रिसेन्थेमम (क्रिस्यान्थेमम एक्स मोरिफोलियम रमाट।) मा स्थानीय नियन्त्रण गर्ने फूल-प्रकार लक्षणहरूको पहिचान
जर्नल: बागवानी अनुसन्धान प्रकाशित: 2020.7
GWAS
जीनोम-वाइड एसोसिएशन र लिंकेज म्यापिङ प्रयोग गरेर सोयाबीनको बीउमा आइसोफेभोन सामग्रीसँग सम्बन्धित उम्मेद्वार जीनको पहिचान
जर्नल: प्लान्ट जर्नल प्रकाशित: 2020.08
इभोलुसनरी जेनेटिक्स
जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण र डे नोवो एसेम्ब्लीले विकासवादी खेलको रूपमा झारपातको धानको उत्पत्ति प्रकट गर्दछ।
जर्नल: मोलिक्युलर प्लान्ट प्रकाशित: २०१९.५
बल्क सेग्रेगेन्ट एनालिसिस (BSA)
GmST1, जसले सल्फोट्रान्सफेरेजलाई एन्कोड गर्दछ, सोयाबीन मोज़ेक भाइरस स्ट्रेन G2 र G3 लाई प्रतिरोध प्रदान गर्दछ।
जर्नल: प्लान्ट, सेल र वातावरण प्रकाशित: २०२१.०४
सन्दर्भ
सन एक्स, लिउ डी, झांग एक्स, आदि।SLAF-Seq: उच्च-थ्रुपुट अनुक्रम [J] को प्रयोग गरेर ठूलो स्केल डे नोवो SNP खोज र जीनोटाइपिङ को एक कुशल विधि।एक, 2013, 8(3): e58700
गीत X, Xu Y, Gao K, et al।उच्च-घनत्व आनुवंशिक नक्सा निर्माण र क्रिसेन्थेमम (क्रिस्यान्थेमम × मोरिफोलियम रमाट।) मा फूल-प्रकार लक्षणहरू नियन्त्रण गर्ने स्थानको पहिचान।Hortic Res.२०२०; ७:१०८।
Wu D, Li D, Zhao X, et al।जीनोम-वाइड एसोसिएशन र लिंकेज म्यापिङ प्रयोग गरेर सोयाबीनको बीउमा आइसोफ्लाभोन सामग्रीसँग सम्बन्धित उम्मेद्वार जीनको पहिचान।प्लान्ट जे. २०२०;१०४(४): ९५०-९६३।
Sun J, Ma D, Tang L, et al।जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण र डे नोवो एसेम्बलीले विकासवादी खेलको रूपमा वीडी राइसको उत्पत्ति प्रकट गर्दछ।मोल प्लान्ट।2019;12(5):632-647।मोल प्लान्ट।2018;११(११):१३६०-१३७६।
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al।GmST1, जसले सल्फोट्रान्सफेरेजलाई एन्कोड गर्दछ, सोयाबीन मोज़ेक भाइरस स्ट्रेन G2 र G3 लाई प्रतिरोध प्रदान गर्दछ।प्लान्ट सेल वातावरण।2021; 10.1111/pce.14066
पोस्ट समय: जनवरी-०४-२०२२