ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स
प्रकृति
सञ्चार
पुरानो लिम्फोसाइटिक ल्युकेमियामा SF3B1 उत्परिवर्तनको पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्ट विशेषताले राखिएको इन्ट्रोन्सको डाउनरेगुलेसनलाई प्रकट गर्दछ।
पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्ट |नानोपोर अनुक्रम |वैकल्पिक isoform विश्लेषण
पृष्ठभूमि
Sस्प्लिसिङ कारक SF3B1 मा ओमेटिक उत्परिवर्तनहरू पुरानो लिम्फोसाइटिक ल्युकेमिया (सीएलएल), युभल मेलानोमा, स्तन क्यान्सर, आदि सहित विभिन्न क्यान्सरहरूसँग सम्बद्ध रहेको रिपोर्ट गरिएको छ। यसका अतिरिक्त, छोटो-पढाइ ट्रान्सक्रिप्टोमिक अध्ययनहरूले SF3B1 mutations द्वारा प्रेरित असामान्य स्प्लिसिङ ढाँचाहरू प्रकट गरेको छ।यद्यपि, यी वैकल्पिक स्प्लिसिङ ढाँचाहरूमा अध्ययनहरू लामो समयदेखि घटना-स्तरमा सीमित छन् र छोटो-पढाइएका एसेम्बल ट्रान्सक्रिप्टहरूको सीमितताको कारण आइसोफर्म-स्तरमा ज्ञानको कमी।यहाँ, नानोपोर अनुक्रमणिका प्लेटफर्म पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टहरू उत्पन्न गर्न पेश गरिएको थियो, जसले AS isoforms मा inverstigation लाई सशक्त बनायो।
प्रायोगिक डिजाइन
प्रयोगहरू
समूहीकरण:1. CLL-SF3B1 (WT) 2. CLL-SF3B1 (K700E उत्परिवर्तन);3. सामान्य बी-कोशिकाहरू
अनुक्रम रणनीति:MinION 2D पुस्तकालय अनुक्रमण, PromethION 1D पुस्तकालय अनुक्रमण;समान नमूनाहरूबाट छोटो-पढ्ने डेटा
अनुक्रम प्लेटफर्म:ओएनटी मिनियन;ओएनटी प्रोमेथियन;
जैव सूचनात्मक विश्लेषण
परिणामहरू
एकुल 257 मिलियन रीडहरू 6 सीएलएल नमूनाहरू र 3 बी-सेलहरूबाट उत्पन्न भएका थिए।औसतमा यी पढ्ने मध्ये 30.5% पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टको रूपमा पहिचान गरियो।
FRNA (FLAIR) को पूर्ण-लम्बाइ वैकल्पिक आइसोफर्म विश्लेषण उच्च-विश्वास आइसोफर्महरूको सेट उत्पन्न गर्न विकसित गरिएको थियो।FLAIR को रूपमा संक्षेप गर्न सकिन्छ:
Nएनोपोर पङ्क्तिबद्धता पढ्छ: सन्दर्भ जीनोममा आधारित सामान्य ट्रान्सक्रिप्ट संरचना पहिचान गर्नुहोस्;
Sप्लेस जंक्शन सुधार: सही अनुक्रम त्रुटिहरू (रातो) या त एनोटेटेड इन्ट्रोनहरूबाट, छोटो-पढिएको डेटा वा दुवैबाट स्प्लिस साइटको साथ;
Collapse: स्प्लिस जंक्शन चेन (पहिलो-पास सेट) मा आधारित प्रतिनिधि आइसोफर्महरू संक्षेप गर्नुहोस्।समर्थन पढ्ने संख्याको आधारमा उच्च-विश्वास isofrom चयन गर्नुहोस् (थ्रेसहोल्ड: 3)।
चित्र 1. CLL मा SF3B1 उत्परिवर्तनसँग सम्बन्धित पूर्ण-लेन्थ आइसोफर्महरू पहिचान गर्न FLAIR विश्लेषण
FLAIR पहिचान गरिएको 326,699 उच्च-विश्वास विभाजित आइसोफर्महरू, जसमध्ये 90% उपन्यास आइसोफर्महरू हुन्।यी धेरै जसो अननोटेटेड आइसोफर्महरू ज्ञात स्प्लिस जंक्शनहरू (142,971) को उपन्यास संयोजनहरू फेला परेका थिए, जबकि बाँकी उपन्यास आइसोफर्महरूमा या त राखिएको इन्ट्रोन (21,700) वा उपन्यास एक्सोन (3594) समावेश थियो।
Lओन्ग-पढ्ने अनुक्रमहरूले म्युट्यान्ट SF3B1-K700E को पहिचानलाई सशक्त बनाउँछ - isoform-स्तरमा परिवर्तन गरिएका स्प्लिस साइटहरू।35 वैकल्पिक 3'SSs र 10 वैकल्पिक 5'SS हरू SF3B1-K700E र SF3B1-WT को बीचमा उल्लेखनीय रूपमा विभाजित भएको पाइयो।35 मध्ये 33 परिवर्तनहरू लामो-पढिएका अनुक्रमहरूद्वारा नयाँ पत्ता लगाइएका थिए।Nanopore डेटामा, SF3B1-K700E-परिवर्तित 3'SSs को क्यानोनिकल साइट शिखरहरू बीचको दूरीको वितरण लगभग -20 bp छ, जुन CLL छोटो-पढ्ने अनुक्रमहरूमा रिपोर्ट गरिएको जस्तै नियन्त्रण वितरणबाट महत्त्वपूर्ण रूपमा फरक छ।ERGIC3 जीनको Isoforms को विश्लेषण गरियो, जहाँ SF3B1-K700E मा प्रोक्सिमल स्प्लिस साइट भएको उपन्यास आइसोफर्म अधिक प्रचुर मात्रामा पाइयो।दुबै समीपस्थ र डिस्टल 3'SS धेरै आइसोफर्महरू उत्पन्न गर्ने विशिष्ट AS ढाँचाहरूसँग सम्बन्धित थिए।
चित्र 2. न्यानोपोर अनुक्रमण डेटाको साथ पहिचान गरिएको वैकल्पिक 3′ स्प्लिसिङ ढाँचाहरू
IR घटना उपयोग विश्लेषण IR पहिचान र परिमाणमा विश्वासको कारण छोटो-पढ्ने आधारित विश्लेषणमा लामो समयसम्म सीमित छ।SF3B1-K700E र SF3B1-WT मा IR isoforms को अभिव्यक्ति नानोपोर अनुक्रमको आधारमा परिमाण गरिएको थियो, SF3B1-K700E मा IR isoforms को विश्वव्यापी डाउन-रेगुलेसन प्रकट गर्दै।
चित्र 4. कृषि तीव्रता र तीन खेती प्रणाली (A र B) मा सञ्जाल जडान;अनियमित वन विश्लेषण (C) र कृषि तीव्रता र AMF उपनिवेश (D) बीचको सम्बन्ध
चित्र 3. CLL SF3B1-K700E मा इन्ट्रोन भाडामा लिने घटनाहरू अझ कडा रूपमा डाउनरेगुलेट गरिएको छ।
प्रविधि
नानोपोर लामो-पढ्ने अनुक्रम
Nएनोपोर सिक्वेन्सिङ एक एकल अणु वास्तविक समय विद्युतीय संकेत अनुक्रमण प्रविधि हो।
Double-stranded DNA वा RNA बायोफिल्ममा एम्बेडेड न्यानोपोरस प्रोटीनसँग बाँधिन्छ र मोटर प्रोटिनको नेतृत्वमा अनवाइन्ड हुन्छ।
DNA/RNA स्ट्र्यान्डहरू भोल्टेज भिन्नताको कार्य अन्तर्गत निश्चित दरमा नानोपोर च्यानल प्रोटीन मार्फत जान्छ।
Molecules रासायनिक संरचना अनुसार विभिन्न विद्युत संकेत उत्पन्न गर्दछ।
Rअनुक्रमहरूको ई-टाइम पत्ता लगाउने आधार कलिंग द्वारा प्राप्त गरिन्छ।
पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमको प्रदर्शन
√ डाटा संतृप्ति
तुलनात्मक डेटा संतृप्तिमा पुग्न 7-गुना कम पढ्न आवश्यक छ।
√ ट्रान्सक्रिप्ट संरचना पहिचान
प्रत्येक ट्रान्सक्रिप्टको पूर्ण-लम्बाइको सहमतिको साथ विविध संरचनात्मक भेरियन्टहरूको पहिचान
√ ट्रान्सक्रिप्ट-स्तर विभेदक विश्लेषण - छोटो-पढाइहरू द्वारा लुकेका परिवर्तनहरू प्रकट गर्नुहोस्
सन्दर्भ
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al।पुरानो लिम्फोसाइटिक ल्युकेमियामा SF3B1 उत्परिवर्तनको पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्ट विशेषताले राखिएको इन्ट्रोन्स [J] को डाउनरेगुलेसन प्रकट गर्दछ।प्रकृति संचार।
प्राविधिक र हाइलाइटहरू विभिन्न रिसर्च एरेनामा विभिन्न उच्च-थ्रुपुट सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीहरूको सबैभन्दा भर्खरको सफल अनुप्रयोगको साथसाथै प्रयोगात्मक डिजाइन र डाटा माइनिङमा शानदार विचारहरू साझेदारी गर्ने उद्देश्य छ।
पोस्ट समय: जनवरी-08-2022