मेटाजेनोमिक अनुक्रमण - नानोपोर
सेवा लाभहरू
● उच्च-गुणस्तरको असेंबली-प्रजाति पहिचान र कार्यात्मक जीन भविष्यवाणीको सटीकता बढाउने
● बन्द ब्याक्टेरियल जीनोम अलगाव
● विविध क्षेत्रमा थप शक्तिशाली र भरपर्दो अनुप्रयोग, जस्तै रोगजनक सूक्ष्मजीवहरू वा एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी सम्बन्धी जीनहरू पत्ता लगाउने।
● तुलनात्मक मेटाजेनोम विश्लेषण
सेवा विशिष्टताहरू
| प्लेटफर्म | अनुक्रम | सिफारिस गरिएको डाटा | टर्न अराउंड समय |
| नानोपोर | ONT | 6 G/10 G | 65 काम दिन |
बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण
● कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
● मेटाजेनोम असेंबली
● गैर-रिडन्डन्ट जीन सेट र एनोटेसन
● प्रजाति विविधता विश्लेषण
● आनुवंशिक प्रकार्य विविधता विश्लेषण
● अन्तर-समूह विश्लेषण
● प्रयोगात्मक कारकहरू विरुद्ध संघ विश्लेषण
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू र वितरण
नमूना आवश्यकताहरू:
को लागीडीएनए निकासी:
| नमूना प्रकार | रकम | एकाग्रता | शुद्धता |
| डीएनए निकासी | 1-1.5 μg | 20 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
वातावरणीय नमूनाहरूको लागि:
| नमूना प्रकार | सिफारिस गरिएको नमूना प्रक्रिया |
| माटो | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;बाँकी सुकेको पदार्थ सतहबाट हटाउन आवश्यक छ;ठूला टुक्राहरू पीस्नुहोस् र 2 मिमी फिल्टर मार्फत जानुहोस्;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा साइरोट्यूबमा अलिकोट नमूनाहरू। |
| मल | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट नमूनाहरू सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| आन्द्रा सामग्री | नमूनाहरू एसेप्टिक अवस्था अन्तर्गत प्रशोधन गर्न आवश्यक छ।PBS संग एकत्रित ऊतक धुनुहोस्;PBS लाई सेन्ट्रीफ्यूज गर्नुहोस् र EP-ट्यूबहरूमा प्रिसिपिटेन्ट सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| फोहोर | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट स्लज नमूना सङ्कलन गर्नुहोस् |
| वाटरबडी | ट्यापको पानी, इनारको पानी इत्यादि जस्ता सीमित मात्रामा माइक्रोबियलको नमूनाको लागि, कम्तिमा 1 एल पानी सङ्कलन गर्नुहोस् र झिल्लीमा माइक्रोबियललाई समृद्ध बनाउन 0.22 μm फिल्टरबाट पार गर्नुहोस्।झिल्लीलाई बाँझ नलीमा भण्डार गर्नुहोस्। |
| छाला | बाँझरहित कपास स्वाब वा सर्जिकल ब्लेडले छालाको सतहलाई सावधानीपूर्वक स्क्र्याप गर्नुहोस् र यसलाई बाँझ नलीमा राख्नुहोस्। |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
नमूनाहरूलाई तरल नाइट्रोजनमा 3-4 घण्टाको लागि फ्रिज गर्नुहोस् र तरल नाइट्रोजन वा -80 डिग्री लामो अवधिको आरक्षणमा भण्डार गर्नुहोस्।ड्राई-बरफको साथ नमूना ढुवानी आवश्यक छ।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
1. हीटम्याप: प्रजाति रिचनेस क्लस्टरिङ
2. कार्यात्मक जीनहरू केईजीजी मेटाबोलिक मार्गहरूमा एनोटेट
3. प्रजाति सहसंबंध नेटवर्क
4. CARD एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीनको सर्कोस
BMK केस
नानोपोर मेटाजेनोमिक्सले ब्याक्टेरियल तल्लो श्वासप्रश्वास संक्रमणको द्रुत क्लिनिकल निदानलाई सक्षम बनाउँछ
प्रकाशित:नेचर बायोटेक्नोलोजी, २०१९
प्राविधिक हाइलाइटहरू
अनुक्रमण: Nanopore MinION
क्लिनिकल मेटाजेनोमिक्स बायोइन्फर्मेटिक्स: होस्ट डीएनए कमी, WIMP र ARMA विश्लेषण
द्रुत पत्ता लगाउने: 6 घण्टा
उच्च संवेदनशीलता: 96.6%
प्रमुख परिणामहरू
2006 मा, लोअर रेस्पिरेटरी इन्फेक्सन (LR) ले विश्वव्यापी रूपमा 3 मिलियन मानिसको मृत्यु भयो।LR1 रोगजनक पत्ता लगाउनको लागि विशिष्ट विधि खेती हो, जसमा कमजोर संवेदनशीलता, लामो समय-समय र प्रारम्भिक एन्टिबायोटिक थेरापीमा मार्गदर्शनको अभाव छ।एक द्रुत र सही माइक्रोबियल निदान लामो समय देखि तत्काल आवश्यकता भएको छ।पूर्वी एङ्गलिया विश्वविद्यालयका डा. जस्टिन र उनका साझेदारहरूले रोगजनक पत्ता लगाउन नानोपोरमा आधारित मेटाजेनोमिक विधि सफलतापूर्वक विकास गरे।तिनीहरूको कार्यप्रवाह अनुसार, होस्ट DNA को 99.99% समाप्त हुन सक्छ।रोगजनक र एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीनहरू पत्ता लगाउने काम 6 घण्टामा समाप्त गर्न सकिन्छ।
सन्दर्भ
चारलाम्पस, टी., के, जीएल, रिचर्डसन, एच., आयडिन, ए, र ओ'ग्रेडी, जे।(२०१९)।नानोपोर मेटाजेनोमिक्सले ब्याक्टेरियल तल्लो श्वासप्रश्वासको संक्रमणको द्रुत क्लिनिकल निदानलाई सक्षम बनाउँछ।नेचर बायोटेक्नोलोजी, ३७(७), १.
