-
Metagenomic अनुक्रमण (NGS)
मेटाजेनोम भन्नाले जीवहरूको मिश्रित समुदायको कुल आनुवंशिक सामग्रीको सङ्कलनलाई जनाउँछ, जस्तै वातावरणीय मेटाजेनोम, मानव मेटाजेनोम, इत्यादि। यसले खेती गर्न मिल्ने र खेती गर्न नसक्ने दुवै सूक्ष्मजीवहरूको जीनोमहरू समावेश गर्दछ।मेटाजेनोमिक अनुक्रमण एक आणविक उपकरण हो जुन वातावरणीय नमूनाहरूबाट निकालिएको मिश्रित जीनोमिक सामग्रीहरूको विश्लेषण गर्न प्रयोग गरिन्छ, जसले प्रजाति विविधता र प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक सम्बन्ध, कार्यात्मक जीन र वातावरणीय कारकहरूसँगको सम्बन्ध नेटवर्कमा विस्तृत जानकारी प्रदान गर्दछ।
प्लेटफर्म:Illumina NovaSeq6000
-
मेटाजेनोमिक अनुक्रमण - नानोपोर
मेटाजेनोमिक्स एक आणविक उपकरण हो जुन वातावरणीय नमूनाहरूबाट निकालिएका मिश्रित जीनोमिक सामग्रीहरू विश्लेषण गर्न प्रयोग गरिन्छ, जसले प्रजाति विविधता र प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक सम्बन्ध, कार्यात्मक जीन र वातावरणीय कारकहरूसँग सहसंबंध सञ्जाल इत्यादिमा विस्तृत जानकारी प्रदान गर्दछ। नानोपोर अनुक्रमणिका प्लेटफर्महरूले हालै प्रस्तुत गरेको छ। मेटाजेनोमिक अध्ययन गर्न।पढ्ने लम्बाइमा यसको उत्कृष्ट प्रदर्शनले ठूलो मात्रामा डाउन स्ट्रिम मेटाजेनोमिक विश्लेषण, विशेष गरी मेटाजेनोम असेंबलीलाई बढायो।पढ्ने-लम्बाइको फाइदा उठाउँदै, नानोपोरमा आधारित मेटाजेनोमिक अध्ययनले शट-गन मेटाजेनोमिक्सको तुलनामा थप निरन्तर असेम्बली हासिल गर्न सक्षम छ।यो प्रकाशित गरिएको छ कि नानोपोर-आधारित मेटाजेनोमिक्सले माइक्रोबायोमहरू (Moss, EL, et. al., बाट पूर्ण र बन्द ब्याक्टेरियल जीनोमहरू सफलतापूर्वक उत्पन्न गर्यो।नेचर बायोटेक, २०२०)
प्लेटफर्म:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-PacBio
16S र 18S rRNA मा रहेको सबयुनिट दुबै उच्च संरक्षित र हाइपर-भेरिएबल क्षेत्रहरू प्रोकारियोटिक र युकेरियोटिक जीवहरूको पहिचानको लागि एक उत्तम आणविक फिंगरप्रिन्ट हो।अनुक्रमणको फाइदा उठाउँदै, यी एम्प्लिकनहरूलाई संरक्षित भागहरूको आधारमा लक्षित गर्न सकिन्छ र माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण, वर्गीकरण, फाइलोजेनी, इत्यादि समावेश गर्ने अध्ययनहरूमा योगदान पुर्याउने माइक्रोबियल पहिचानको लागि हाइपर-भेरिएबल क्षेत्रहरूलाई पूर्ण रूपमा चित्रण गर्न सकिन्छ। सिंगल-मोलिक्युल रियल-टाइम (SMRT)। ) PacBio प्लेटफर्मको अनुक्रमले पूर्ण-लम्बाइ एम्प्लिकनहरू (लगभग 1.5 Kb) कभर गर्न सक्ने उच्च सटीक लामो पढाइहरू प्राप्त गर्न सक्षम बनाउँछ।आनुवंशिक क्षेत्रको फराकिलो दृश्यले ब्याक्टेरिया वा फंगी समुदायमा प्रजाति एनोटेसनमा रिजोलुसनलाई धेरै बढायो।
प्लेटफर्म:PacBio सिक्वेल II
-
16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-एनजीएस
16S/18S/ITS एम्प्लिकन अनुक्रमणिकाको उद्देश्य माइक्रोबियल समुदायमा फाइलोजेनी, वर्गीकरण, र प्रजातिहरूको प्रचुरता प्रकट गर्नु हो जसमा हाउसकीपिंग आनुवंशिक मार्करहरूको PCR उत्पादनहरूको अनुसन्धान गरी दुबै अत्यधिक कुराकानी गरिएको र हाइपरभेरिएबल भागहरू छन्।Woeses et al, (1977) द्वारा यी उत्तम आणविक फिंगरप्रिन्टको परिचयले अलगाव-मुक्त माइक्रोबायोम प्रोफाइलिङलाई सशक्त बनाउँछ।16S (ब्याक्टेरिया), 18S (फङ्गी) र इन्टरनल ट्रान्सक्रिप्ड स्पेसर (आईटीएस, फङ्गि) को अनुक्रमले प्रचुर मात्रामा रहेका प्रजातिहरूका साथै दुर्लभ र अज्ञात प्रजातिहरूको पहिचान गर्न अनुमति दिन्छ।यो प्रविधि मानव मुख, आन्द्रा, मल, आदि जस्ता विभिन्न वातावरणमा भिन्नता माइक्रोबियल संरचना पहिचान गर्न व्यापक रूपमा लागू र प्रमुख उपकरण बन्न पुगेको छ।
प्लेटफर्म:Illumina NovaSeq6000
-
ब्याक्टेरियल र फंगल सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण
ब्याक्टेरिया र फङ्गल सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण ज्ञात ब्याक्टेरियम र फङ्गसको जीनोमहरू पूरा गर्न, साथै धेरै जीनोमहरू तुलना गर्न वा नयाँ जीवहरूको जीनोमहरू नक्सा गर्न एक महत्वपूर्ण उपकरण हो।सही सन्दर्भ जीनोमहरू उत्पन्न गर्न, माइक्रोबियल पहिचान गर्न र अन्य तुलनात्मक जीनोम अध्ययनहरू गर्न ब्याक्टेरियम र फंगीको सम्पूर्ण जीनोमहरू अनुक्रम गर्न यो धेरै महत्त्वपूर्ण छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq 6000
-
फंगल जीनोम
बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूले विशेष अनुसन्धान लक्ष्यको आधारमा जीनोम सर्वेक्षण, फाइन जीनोम र फंगलको पेन-पूर्ण जीनोम प्रदान गर्दछ।जीनोम सिक्वेन्सिङ, एसेम्बली र फंक्शनल एनोटेशनलाई नेक्स्ट जेनेरेसन सिक्वेन्सिङ + थर्ड जेनेरेसन सिक्वेन्सिङ मिलाएर उच्च स्तरको जीनोम एसेम्बली हासिल गर्न सकिन्छ।हाई-सी टेक्नोलोजी पनि क्रोमोजोम स्तरमा जीनोम एसेम्बलीलाई सहज बनाउन प्रयोग गर्न सकिन्छ।
प्लेटफर्म:PacBio सिक्वेल II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
ब्याक्टेरिया पूर्ण जीनोम
बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूले शून्य अन्तरमा ब्याक्टेरियाको पूर्ण जीनोम निर्माण गर्न अनुक्रमण सेवा प्रदान गर्दछ।ब्याक्टेरिया पूर्ण जीनोम निर्माणको मुख्य कार्यप्रवाहमा तेस्रो पुस्ताको अनुक्रम, असेंबली, कार्यात्मक एनोटेशन र विशिष्ट अनुसन्धान लक्ष्यहरू पूरा गर्ने उन्नत जैव सूचनात्मक विश्लेषण समावेश छ।ब्याक्टेरिया जीनोमको थप व्यापक प्रोफाइलिंगले तिनीहरूको जैविक प्रक्रियाहरू अन्तर्निहित आधारभूत संयन्त्रहरूको खुलासा गर्न सशक्त बनाउँछ, जसले उच्च युकेरियोटिक प्रजातिहरूमा जीनोमिक अनुसन्धानहरूको लागि मूल्यवान सन्दर्भ पनि प्रदान गर्न सक्छ।
प्लेटफर्म:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio सिक्वेल II
