अनुक्रम मोड | पुस्तकालय आकार | सैद्धान्तिक डाटाउपज (प्रति सेल) | एकल आधारशुद्धता | अनुप्रयोगहरू |
CLR | 20Kb, 30Kb, आदि। | 80 Gb देखि 130 Gb | लगभग।८५% | नयाँ, SV कलिङ, आदि। |
CCS | 15-20 Kb | 14 देखि 40 जीबी/सेल (सिक्वल II) ७० देखि ११० जीबी/सेल (रिभियो) नमूनाहरूमा निर्भर गर्दछ | लगभग।९९% | नयाँ, SNP/Indel/SV कलिङ, Iso-Seq, |
सर्तहरू | सिक्वेल II प्रणाली | Revio प्रणाली | बढ्नु |
उच्च घनत्व | 8 मिलियन ZMWs | 25 मिलियन ZMWs | 3x |
स्वतन्त्र चरणहरू | 1 | 4 | 4x |
छोटो दौड समय | ३० घण्टा | 24 घण्टा | 1.25x |
30X HiFi मानव जीनोम / वर्ष | 88 | १,३०० | 15x समग्र |
● PacBio सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्ममा विभिन्न प्रजातिका हजारौं बन्द परियोजनाहरूसँग ८ वर्षभन्दा बढीको अनुभव।
● पर्याप्त अनुक्रमण थ्रुपुटको ग्यारेन्टी गर्न नवीनतम PacBio अनुक्रमणिका प्लेटफर्महरू, Revio सँग पूर्ण रूपमा सुसज्जित।
● छिटो घुम्ने समय, उच्च डाटा उपज र थप सटीक डाटा।
● सयौं उच्च-प्रभाव PacBio-आधारित प्रकाशनहरूमा योगदान।
नमूना प्रकार | रकम | एकाग्रता (Qubit®) | भोल्युम | शुद्धता | अरू |
जीनोमिक डीएनए | डाटा आवश्यकता मा निर्भर गर्दछ | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; 260 nm मा खाली शिखर,कुनै प्रदुषण छैन | एकाग्रता Qubit र Qubit/Nanopore = ०.८-२.५ द्वारा मापन गर्न आवश्यक छ |
कुल आरएनए | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;कुनै प्रदुषण छैन | RIN मान ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
1. इन-हाउस डाटा उपज
63 सीसीएस कक्षहरूबाट उत्पन्न डाटा (२६ प्रजातिहरूबाट)
डाटा-PacBio-CCS-15 Kb | औसत | अधिकतम | न्यूनतम | मध्य |
उपज (Gb) | ४२१.१२ | ५४४.२७ | २२१.३८ | ४२६.५८ |
Yiled - CCS(Gb) | २५.९३ | ३८.५९ | १०.८६ | २५.४३ |
पोलिमरेज N50 | १४५,६५१ | १७५,४३० | ११८,११८ | १४४,६८९ |
सबब्रेड N50 | १७,५०९ | २३,९२४ | १२,४८५ | १७,५८४ |
CCS N50 | १४,४९० | १९,०३४ | ९,८७६ | १४,७४७ |
औसत लम्बाइ - पोलिमरेज | ६७,९९५ | ८९,३७९ | ४९,६६४ | ६६,४३३ |
औसत लम्बाइ-सबब्रेडहरू | १५,८६६ | २१,०३६ | ११,६५७ | १६,०१२ |
औसत लम्बाइ-CCS | १४,४८९ | १९,०७४ | ८,५७५ | १४,६५५ |
16 CLR कक्षहरू (७६ प्रजातिहरूबाट) बाट उत्पन्न डाटा
DATA-PacBio-CLR-30Kb | औसत | अधिकतम | न्यूनतम | मध्य |
उपज (Gb) | १४२.२० | २९१.४० | ५०.५५ | १४२.४९ |
पोलिमरेज N50 | ३९,४५६ | १२१,१९१ | १५,३८९ | 35,231 |
सबब्रेड N50 | २८,४९० | ४१,०१२ | १४,४३० | २९,०६३ |
औसत लम्बाइ - पोलिमरेज | २२,०६३ | ४८,८८६ | ८,७४७ | २१,५५५ |
औसत लम्बाइ-सबब्रेडहरू | १७,७२० | २७,२२५ | ८,२९३ | १७,७७९ |
2. डेटा QC - डेमोडाटा उपज मा तथ्याङ्क
नमूना | ccs पढेको संख्या | कुल सीसीएस आधारहरू (bp) | ccs पढ्छ N50 (bp) | ccs औसत लम्बाइ (bp) | ccs सबैभन्दा लामो पढाइ (bp) | सबरीड आधारहरू (bp) | सीसीएस दर (%) |
PB_BMKxxx | ३,४४४,१५९ | ५४,१६४,१२२,५८६ | १५,७२८ | १५,७२६ | 36,110 | ८६३,३२६,३३०,४६५ | ६.२७ |