16S/18S/ITS एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ-PacBio
सेवा लाभहरू
● 16S/18S/ITS को पूर्ण-लम्बाइ अनुक्रम प्रकट गर्ने लामो-पढाइहरू
● PacBio CCS मोड अनुक्रमको साथ उच्च सटीक आधार कलिङ
● OTU/ASV एनोटेसनमा प्रजाति-स्तरको रिजोल्युसन
● नवीनतम QIIME2 डाटाबेस, एनोटेसन, OTU/ASV को सन्दर्भमा विविध विश्लेषणहरूको साथ विश्लेषण प्रवाह।
● विविध माइक्रोबियल समुदाय अध्ययनहरूमा लागू
● BMK सँग 100,000 भन्दा बढी नमूनाहरू/वर्ष, माटो, पानी, ग्यास, स्लज, मल, आन्द्रा, छाला, किण्वन ब्रोथ, कीराहरू, बोटबिरुवाहरू, आदि ढाक्ने व्यापक अनुभव छ।
● BMKCloud 45 व्यक्तिगत विश्लेषण उपकरणहरू समावेश डाटा व्याख्या सुविधा
सेवा विशिष्टताहरू
| अनुक्रमप्लेटफर्म | पुस्तकालय | सिफारिस गरिएको डाटा | टर्न अराउंड समय |
| PacBio सिक्वेल II | SMRT-घण्टी | 5K/10K/20K ट्यागहरू | 44 कार्य दिनहरू |
बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण
● कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
● OTU क्लस्टरिङ/डि-आवाज (ASV)
● OTU एनोटेसन
● अल्फा विविधता
● बिटा विविधता
● अन्तर-समूह विश्लेषण
● प्रयोगात्मक कारकहरू विरुद्ध संघ विश्लेषण
● प्रकार्य जीन भविष्यवाणी
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू:
को लागीडीएनए निकासी:
| नमूना प्रकार | रकम | एकाग्रता | शुद्धता |
| डीएनए निकासी | > 1 μg | 20 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
वातावरणीय नमूनाहरूको लागि:
| नमूना प्रकार | सिफारिस गरिएको नमूना प्रक्रिया |
| माटो | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;बाँकी सुकेको पदार्थ सतहबाट हटाउन आवश्यक छ;ठूला टुक्राहरू पीस्नुहोस् र 2 मिमी फिल्टर मार्फत जानुहोस्;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा साइरोट्यूबमा अलिकोट नमूनाहरू। |
| मल | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट नमूनाहरू सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| आन्द्रा सामग्री | नमूनाहरू एसेप्टिक अवस्था अन्तर्गत प्रशोधन गर्न आवश्यक छ।PBS संग एकत्रित ऊतक धुनुहोस्;PBS लाई सेन्ट्रीफ्यूज गर्नुहोस् र EP-ट्यूबहरूमा प्रिसिपिटेन्ट सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| फोहोर | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट स्लज नमूना सङ्कलन गर्नुहोस् |
| वाटरबडी | ट्यापको पानी, इनारको पानी इत्यादि जस्ता सीमित मात्रामा माइक्रोबियलको नमूनाको लागि, कम्तिमा 1 एल पानी सङ्कलन गर्नुहोस् र झिल्लीमा माइक्रोबियललाई समृद्ध बनाउन 0.22 μm फिल्टरबाट पार गर्नुहोस्।झिल्लीलाई बाँझ नलीमा भण्डार गर्नुहोस्। |
| छाला | बाँझरहित कपास स्वाब वा सर्जिकल ब्लेडले छालाको सतहलाई सावधानीपूर्वक स्क्र्याप गर्नुहोस् र यसलाई बाँझ नलीमा राख्नुहोस्। |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
नमूनाहरूलाई तरल नाइट्रोजनमा 3-4 घण्टाको लागि फ्रिज गर्नुहोस् र तरल नाइट्रोजन वा -80 डिग्री लामो अवधिको आरक्षणमा भण्डार गर्नुहोस्।ड्राई-बरफको साथ नमूना ढुवानी आवश्यक छ।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
1. V3+V4(Illumina)-आधारित माइक्रोबियल समुदाय प्रोफाइलिङ बनाम पूर्ण-लम्बाइ (PacBio)-आधारित प्रोफाइलिङको एनोटेसन दर।
(तीस अनियमित रूपमा छानिएका परियोजनाहरूको डाटा तथ्याङ्कका लागि लागू गरिएको थियो)
2. विभिन्न नमूना प्रकारहरूमा प्रजाति-स्तरमा पूर्ण-लम्बाइ एम्प्लिकन अनुक्रमको एनोटेसन दर
3. प्रजाति वितरण
4.फाइलोजेनेटिक रूख
BMK केस
आर्सेनिक एक्सपोजरले आन्द्राको अवरोधलाई क्षति पुर्याउँछ र आन्द्रा-कलेजोको अक्षको सक्रियताले बतखहरूमा कलेजोको सूजन र पाइरोप्टोसिस निम्त्याउँछ।
प्रकाशित:कुल वातावरण विज्ञान,२०२१
अनुक्रम रणनीति:
नमूनाहरू: नियन्त्रण बनाम 8 mg/kg ATO खुला समूह
अनुक्रमण डेटा उपज: कुल 102,583 कच्चा CCS अनुक्रमहरू
नियन्त्रण: 54,518 ± 747 प्रभावकारी CCS
ATO- खुलासा: 45,050 ± 1675 प्रभावकारी CCS
प्रमुख परिणामहरू
अल्फा विविधता:ATO एक्सपोजरले बतखहरूमा आन्द्राको माइक्रोबियल समृद्धि र विविधतामा उल्लेखनीय परिवर्तन ल्यायो।
मेटास्टेट विश्लेषण:
फिलम स्तरमा: 2 ब्याक्टेरियल फाइला केवल नियन्त्रण समूहहरूमा पत्ता लगाइएको छ
जीनस स्तरमा: 6 जेनेरा सापेक्षिक प्रचुरतामा उल्लेखनीय रूपमा फरक पाइयो
प्रजाति स्तरमा: कुल 36 प्रजातिहरू पहिचान गरिएका थिए, तीमध्ये 6 रिलेभिङ प्रचुरतामा उल्लेखनीय रूपमा भिन्न थिए।
सन्दर्भ
Thingholm, LB, et al।"टाइप 2 मधुमेह भएका र बिना मोटो व्यक्तिहरूले आन्द्राको माइक्रोबियल कार्यात्मक क्षमता र संरचना फरक देखाउँछन्।"सेल होस्ट र माइक्रोब२६.२ (२०१९)।
