-
အရှည်အပြည့် mRNA sequencing-Nanopore
RNA sequence သည် ပြည့်စုံသော စာသားမှတ်တမ်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် အဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။သံသယမရှိပါ၊ ရိုးရာအတိုချုံးဖတ်ခြင်း အစီအစဉ်သည် ဤနေရာတွင် များစွာအရေးကြီးသော ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုကို ရရှိခဲ့သည်မှာ သေချာပါသည်။မည်သို့ပင်ဆိုစေကာမူ၊ ၎င်းသည် full-length isoform identifications, quantification, PCR bias များတွင် ကန့်သတ်ချက်များနှင့် ကြုံတွေ့ရတတ်သည်။
နျူကလီးအိုတဒ်များကို DNA ပေါင်းစပ်ခြင်းမရှိဘဲ တိုက်ရိုက်ဖတ်နိုင်ပြီး ကီလိုဘေ့စ်ဆယ်ဂဏန်းဖြင့် ရှည်လျားသောဖတ်ခြင်းကို ထုတ်ပေးသောကြောင့် နာနိုပရီစီစီခြင်းကို အခြားအစီအမံများနှင့် ခွဲခြားထားသည်။၎င်းသည် အစအဆုံး စာသားမှတ်တမ်းများကို တိုက်ရိုက်ဖတ်ရှုပြီး isoform အဆင့်လေ့လာမှုများတွင် စိန်ခေါ်မှုများကို ကိုင်တွယ်ဖြေရှင်းနိုင်စေပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း:Nanopore PromethION
စာကြည့်တိုက်-cDNA-PCR
-
De novo စာသားမှတ်တမ်း အပြည့်အစုံ-PacBio
ဒီနိုဗိုfull-length transcriptome sequencing ဟုခေါ်သည်။ဒီနိုဗိုIso-Seq သည် PacBio sequencer ၏ အားသာချက်များကို ကွဲလွဲမှုမရှိဘဲ အစအဆုံး cDNA မော်လီကျူးများကို စီစစ်နိုင်စေမည့် Read length ဖြင့် PacBio sequencer ၏ အားသာချက်များကို ရယူသည်။၎င်းသည် စာသားစုစည်းမှု အဆင့်များတွင် ထုတ်ပေးသည့် အမှားအယွင်းများကို လုံးဝရှောင်ရှားပြီး unigene sets များကို isoform-level resolution ဖြင့် တည်ဆောက်သည်။ဤ unigene အစုံများသည် transcriptome-level တွင် "ကိုးကားသောဂျီနိုမ်" အဖြစ် အစွမ်းထက်သော မျိုးရိုးဗီဇအချက်အလက်ကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ထို့အပြင်၊ နောက်မျိုးဆက်တစ်ခုစီဆက်ခြင်းဒေတာနှင့်ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ ဤဝန်ဆောင်မှုသည် isoform-level expression ၏တိကျသောပမာဏကို အားကောင်းစေသည်။
ပလပ်ဖောင်း- PacBio Sequel IIစာကြည့်တိုက်- SMRT ခေါင်းလောင်းစာကြည့်တိုက် -
Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
mRNA စီစစ်ခြင်းသည် တိကျသောအခြေအနေများအောက်တွင် ဆဲလ်များမှကူးယူထားသော mRNA အားလုံးကို ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်နိုင်စေပါသည်။၎င်းသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်၊ မျိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံများနှင့် အချို့သောဇီဝဖြစ်စဉ်များ၏ မော်လီကျူးယန္တရားများကို ထုတ်ဖော်ပြသရန် အစွမ်းထက်နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။ယနေ့အထိ၊ mRNA sequencing ကို အခြေခံကျသော သုတေသန၊ ဆေးခန်းဆိုင်ရာ ရောဂါရှာဖွေမှု၊ ဆေးဝါးဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုစသည်ဖြင့် တွင်ကျယ်စွာ အသုံးပြုခဲ့သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq 6000
-
အကိုးအကားမဟုတ်သော mRNA sequencing-Illumina
mRNA sequencing သည် အချို့သော အထူးလုပ်ဆောင်ချက်များကို အသက်ဝင်နေသော သတ်သတ်မှတ်မှတ်ကာလတွင် messenger RNA(mRNA) ပုံစံ Eukaryote ကိုဖမ်းယူရန် မျိုးဆက်သစ်ဆက်ဆက်ခြင်းနည်းပညာ (NGS) ကို လက်ခံပါသည်။အရှည်လျားဆုံး စာသားတွဲစပ်ခြင်းကို 'Unigene' ဟုခေါ်ပြီး နောက်ဆက်တွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် ကိုးကားမှုအစီအစဥ်အဖြစ် အသုံးပြုကာ ကိုးကားစရာမလိုဘဲ မျိုးစိတ်များ၏ မော်လီကျူးယန္တရားနှင့် စည်းမျဉ်းကွန်ရက်ကို လေ့လာရန် ထိရောက်သောနည်းလမ်းဖြစ်သည်။
စာသားမှတ်တမ်းပြီးနောက် စုစည်းမှုနှင့် unigene functional မှတ်ချက်
(1) SNP ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ SSR ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ CDS ခန့်မှန်းမှုနှင့် မျိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံတို့ကို ကြိုတင်ပြင်ဆင်မည်ဖြစ်သည်။
(2) နမူနာတစ်ခုစီရှိ ယူနီဂျင်အသုံးအနှုန်း၏ အရေအတွက်ကို ဆောင်ရွက်ပေးပါမည်။
(၃) နမူနာ (သို့မဟုတ်) အုပ်စုများကြားတွင် ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော ယူနီဂျင်များကို တွေ့ရှိမည်
(4) ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော ယူနီဂျင်များ၏ အစုအစည်းများ၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်ချက်များနှင့် ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို လုပ်ဆောင်ပါမည်။
-
ရှည်လျားသော coding sequencing-Illumina
Long-coding မဟုတ်သော RNAs (lncRNAs) သည် အရှည် 200 nt ထက်ကျော်လွန်သော RNA မော်လီကျူး အမျိုးအစားဖြစ်ပြီး၊ အလွန်နည်းသော coding အလားအလာဖြင့် လက္ခဏာရပ်များဖြစ်သည်။LncRNA သည် ကုဒ်မဟုတ်သော RNAs တွင် အဓိကအဖွဲ့ဝင်အဖြစ်၊ အဓိကအားဖြင့် နျူကလိယနှင့် ပလာစမာတွင် တွေ့ရပါသည်။စီတန်းခြင်းနည်းပညာနှင့် ဇီဝသတင်းနည်းပညာများတွင် ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုသည် မြောက်မြားစွာသော LncRNAs များကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေပြီး ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်မှုများနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။စုဆောင်းအထောက်အထားများအရ lncRNA သည် epigenetic regulation၊ transcription regulation နှင့် post-transcription regulation တို့တွင် ကျယ်ပြန့်စွာပါဝင်နေကြောင်း ညွှန်ပြနေသည်။
-
သေးငယ်သော RNA sequencing-Illumina
Small RNA သည် micro RNA (miRNA)၊ သေးငယ်သောဝင်ရောက်စွက်ဖက်မှု RNA (siRNA) နှင့် piwi-interacting RNA (piRNA) အပါအဝင် အရှည် 200nt အောက်ရှိသော ပုံမှန်အားဖြင့် 200nt အောက်ရှိသော မော်လီကျူးများကို ရည်ညွှန်းသည်။
MicroRNA (miRNA) သည် 20-24nt ခန့် အရှည်ရှိသော endogenous RNA အမျိုးအစားဖြစ်ပြီး ဆဲလ်များတွင် အရေးကြီးသော ထိန်းညှိမှုဆိုင်ရာ အခန်းကဏ္ဍအမျိုးမျိုးကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။miRNA သည် တစ်ရှူးများ- သီးခြားနှင့် အဆင့်- သီးခြားဖော်ပြပြီး မျိုးစိတ်အမျိုးမျိုးတွင် အလွန်ထိန်းသိမ်းထားသော တစ်သျှူးများကို ဖော်ထုတ်ပေးသည့် သက်ရှိဖြစ်စဉ်များစွာတွင် ပါ၀င်သည်။
-
circRNA sequencing-Illumina
စာသားမှတ်တမ်း အတွဲလိုက် တစ်ခုလုံးသည် ကုဒ် (mRNA) နှင့် ကုဒ်မဟုတ်သော RNAs (lncRNA၊ circRNA နှင့် miRNA အပါအဝင်) အပါအဝင် RNA မော်လီကျူး အမျိုးအစားအားလုံးကို ပရိုဖိုင်းအတွက် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။"စုစုပေါင်း RNA စီစစ်ခြင်း" ဟုလည်းလူသိများသော စာသားမှတ်တမ်းစနစ်တစ်ခုလုံးသည် စာသားမှတ်တမ်းအဆင့်တွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ထိန်းချုပ်ထားသောကွန်ရက်များကိုဖော်ပြရန် ရည်ရွယ်သည်။NGS နည်းပညာကို အခွင့်ကောင်းယူပြီး၊ စာသားမှတ်တမ်း ထုတ်ကုန်တစ်ခုလုံး၏ အတွဲများကို ceRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပူးတွဲ RNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအတွက် ရရှိနိုင်ပါသည်။circRNA-miRNA-mRNA အခြေပြု ceRNA ၏ စည်းမျဥ်းစည်းကမ်းကွန်ရက်ကို ဖော်ထုတ်ခြင်း။
-
စာသားမှတ်တမ်းတစ်ခုလုံးကို စီစစ်ခြင်း – Illumina
စာသားမှတ်တမ်း အတွဲလိုက် တစ်ခုလုံးသည် ကုဒ် (mRNA) နှင့် ကုဒ်မဟုတ်သော RNAs (lncRNA၊ circRNA နှင့် miRNA အပါအဝင်) အပါအဝင် RNA မော်လီကျူး အမျိုးအစားအားလုံးကို ပရိုဖိုင်းအတွက် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။"စုစုပေါင်း RNA စီစစ်ခြင်း" ဟုလည်းလူသိများသော စာသားမှတ်တမ်းစနစ်တစ်ခုလုံးသည် စာသားမှတ်တမ်းအဆင့်တွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ထိန်းချုပ်ထားသောကွန်ရက်များကိုဖော်ပြရန် ရည်ရွယ်သည်။NGS နည်းပညာကို အခွင့်ကောင်းယူပြီး၊ စာသားမှတ်တမ်း ထုတ်ကုန်တစ်ခုလုံး၏ အတွဲများကို ceRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပူးတွဲ RNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအတွက် ရရှိနိုင်ပါသည်။circRNA-miRNA-mRNA အခြေပြု ceRNA ၏ စည်းမျဥ်းစည်းကမ်းကွန်ရက်ကို ဖော်ထုတ်ခြင်း။
-
Prokaryotic RNA စီစစ်ခြင်း။
Prokaryotic RNA sequencing သည် ပြောင်းလဲနေသော cellular transcriptome ကို ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် RNA ၏တည်ရှိမှုနှင့် ပမာဏကို ဖော်ပြရန်အတွက် နောက်မျိုးဆက် sequencing (NGS) ကို အသုံးပြုသည်။ကျွန်ုပ်တို့၏ကုမ္ပဏီ၏ prokaryotic RNA စီစစ်ခြင်းသည် သင့်အား အကိုးအကား ဂျီနိုမ်များပါရှိသော ပရိုကာရီရိုတင်းများကို ရည်ညွှန်းသည်၊ အထူးသဖြင့် သင့်အား transcriptome profileing၊ gene structure analysis စသည်တို့ကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ ၎င်းကို အခြေခံသိပ္ပံသုတေသန၊ ဆေးဝါးသုတေသနနှင့် ဖွံ့ဖြိုးရေးနှင့် အခြားအရာများတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်အသုံးပြုထားသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq 6000
-
Metatranscriptome Sequencing
Metatranscriptome စီစစ်ခြင်းသည် သဘာဝပတ်၀န်းကျင်များ (ဥပမာ မြေဆီလွှာ၊ ရေ၊ ပင်လယ်၊ မစင်များနှင့် အစာအိမ်အတွင်း) အဏုဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုကို သက်သေပြပြီး ရှုပ်ထွေးသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှု ပရိုဖိုင်း၊ စည်းကြပ်မှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတို့ကို ရယူနိုင်ပါသည်။ မျိုးစိတ်များ၊ ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများ၏ လုပ်ငန်းဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အခြားအရာများ။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq 6000
