မြင့်မားသော အမှတ်အသား ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု ထိရောက်မှု- High-throughput sequencing technology သည် SLAF-Seq သည် genome တစ်ခုလုံးအတွင်း tags ထောင်ပေါင်းများစွာကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန် ကူညီပေးသည်။
ဂျီနိုအာအပေါ် မှီခိုမှုနည်းသည်။- ၎င်းကိုရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်ဖြင့်ဖြစ်စေ သို့မဟုတ် မပါဘဲ မျိုးစိတ်များတွင် အသုံးချနိုင်သည်။
Flexible scheme ဒီဇိုင်း- Single-enzyme၊ dual-enzyme၊ multi-enzyme အစာခြေခြင်းနှင့် အမျိုးမျိုးသော အင်ဇိုင်းအမျိုးအစားများ အားလုံးသည် မတူညီသော သုတေသနပန်းတိုင် သို့မဟုတ် မျိုးစိတ်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးရန်အတွက် ရွေးချယ်နိုင်ပါသည်။ဆီလီကိုတွင် အကြိုအကဲဖြတ်ခြင်းသည် အကောင်းဆုံး အင်ဇိုင်းဒီဇိုင်းကို သေချာစေရန် အသုံးပြုပါသည်။
ထိရောက်သော enzymatic အစာခြေခြင်း။- တရားဝင်စမ်းသပ်မှုကို တည်ငြိမ်စေပြီး ယုံကြည်စိတ်ချရသော အခြေအနေများကို အကောင်းဆုံးဖြစ်အောင် ပြုလုပ်ရန် အကြိုစမ်းသပ်မှုကို လုပ်ဆောင်ခဲ့ပါသည်။အပိုင်းအစများ စုဆောင်းမှု ထိရောက်မှု 95% ကျော် ရရှိနိုင်သည်။
SLAF တဂ်များကို အညီအမျှ ဖြန့်ဝေသည်။- SLAF တဂ်များကို ခရိုမိုဆုန်းအားလုံးတွင် အညီအမျှ ဖြန့်ဝေထားပြီး ပျမ်းမျှ 1 SLAF 4 kb လျှင် ရရှိသည်။
ထပ်ခါထပ်ခါ ရှောင်ရှားခြင်းတို့ကို ထိရောက်စွာ ရှောင်ကြဉ်ပါ။- SLAF-Seq ဒေတာရှိ ထပ်တလဲလဲအစီအစဥ်ကို အထူးသဖြင့် ဂျုံ၊ ပြောင်းစသည်ဖြင့် ထပ်တလဲလဲအဆင့်မြင့်သောမျိုးစိတ်များတွင် 5% အောက်သို့ လျှော့ချထားသည်။
ကျယ်ပြန့်သောအတွေ့အကြုံ- အပင်များ၊ နို့တိုက်သတ္တဝါများ၊ ငှက်များ၊ အင်းဆက်များ၊ ရေနေသတ္တဝါများ စသည်တို့ကို ဖုံးအုပ်ထားသော မျိုးစိတ်ရာပေါင်းများစွာအတွက် SLAF-Seq ပရောဂျက်ပေါင်း 2000 ကျော်ကို ပိတ်ထားသည်။
ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော bioinformatic အလုပ်အသွားအလာ- SLAF-Seq အတွက် ပေါင်းစပ် bioinformatic workflow ကို BMKGENE မှ နောက်ဆုံးထွက်ရှိမှု၏ ယုံကြည်စိတ်ချရမှုနှင့် တိကျမှုကို သေချာစေရန် တီထွင်ခဲ့သည်။
ပလပ်ဖောင်း | Conc.(ng/gl) | စုစုပေါင်း (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | > ၃5 | >၁.၆(အတွဲ>၁၅μl) | ၁.၆-၂.၅ |
Sequencing အတိမ်အနက်- 10X/Tag
Genome အရွယ်အစား | SLAF တဂ်များကို အကြံပြုထားသည်။ |
< 500 Mb | 100K သို့မဟုတ် WGS |
500 Mb- 1 Gb | ၁၀၀ ကျပ် |
1 Gb -2 Gb | ၂၀၀ ကျပ် |
ကြီးမားသော သို့မဟုတ် ရှုပ်ထွေးသော ဂျီနိုမ်များ | 300 - 400K |
လျှောက်လွှာများ
| အကြံပြုသည်။ လူဦးရေစကေး
| ဗျူဟာနှင့် နက်နဲမှုတို့ကို စီစစ်ခြင်း။
| |
အတိမ်အနက်
| Tag နံပါတ်
| ||
GWAS
| နမူနာနံပါတ် ≥ 200
| 10X
|
အရ ဂျီနိုဆိုဒ်အရွယ်အစား
|
မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်
| တစ်ဦးချင်းစီ၏ အုပ်စုခွဲ ≥ 10; စုစုပေါင်းနမူနာ ≥ 30
| 10X
|
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge ပြွန်
နမူနာအများစုအတွက်၊ အီသနောကို မထိန်းသိမ်းဖို့ အကြံပြုထားပါတယ်။
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- နမူနာများကို တင်ပြသည့်နမူနာအချက်အလက်ဖောင်အတွက် ရှင်းရှင်းလင်းလင်း တံဆိပ်တပ်ထားရန် လိုအပ်ပါသည်။
ပို့ဆောင်မှု- ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင် ဦးစွာထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်၌ မြှုပ်နှံရန် လိုအပ်သည်။
1. မြေပုံရလဒ်စာရင်းဇယား
2. SLAF အမှတ်အသား ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု
3. ပြောင်းလဲခြင်း မှတ်စာ
တစ်နှစ် | ဂျာနယ် | IF | ခေါင်းစဥ် | လျှောက်လွှာများ |
၂၀၂၂ | သဘာဝဆက်သွယ်ရေး | ၁၇,၆၉၄ | သစ်ပင် peony ၏ giga-chromosomes နှင့် Giga-genome တို့၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံ Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 | ဇီဝဗေဒပညာရှင်အသစ် | ၇.၄၃၃ | အိမ်တွင်းမှုခြေရာများသည် စိုက်ပျိုးရေးအတွက် အရေးကြီးသော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ကျောက်ချထားသည်။ ပဲပိစပ် | SLAF-GWAS |
၂၀၂၂ | အဆင့်မြင့်သုတေသနဂျာနယ် | ၁၂,၈၂၂ | G. hirsutum သို့ Gossypium barbadense ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော အတုအယောင် ကျူးကျော်ဝင်ရောက်မှုများ ဝါဂွမ်းမျှင်များ၏ အရည်အသွေးနှင့် အထွက်နှုန်းကို တစ်ပြိုင်နက်တည်း တိုးတက်စေရန်အတွက် သာလွန်ကောင်းမွန်သော နေရာတစ်ခုကို ဖော်ထုတ်ပါ။ စရိုက်များ | SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ |
2019 ခုနှစ် | မော်လီကျူးစက်ရုံ | ၁၀.၈၁ | လူဦးရေမျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် De Novo ညီလာခံ Weedy ၏မူလအစကိုဖော်ပြသည်။ Evolutionary Game အဖြစ် ဆန် | SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ |
2019 ခုနှစ် | သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ | ၃၁၊၆၁၆ | ဘုံငါးကြင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုနှင့် Cyprinus carpio | SLAF-Linkage မြေပုံ |
၂၀၁၄ | သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ | ၂၅,၄၅၅ | စိုက်ပျိုးမြေပဲ၏ ဂျီနိုမီသည် ပဲပင် karyotypes၊ polyploid တို့ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် သီးနှံစိုက်ပျိုးရေး။ | SLAF-Linkage မြေပုံ |
၂၀၂၂ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | ၉.၈၀၃ | ST1 ကို ဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးစေ့ပုံသဏ္ဍာန်ဆိုင်ရာ အထွတ်အထိပ်သို့ တက်ခြင်း ပါ၀င်သော ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်။ ပဲပိစပ်မွေးချိန်တွင် ဆီပါဝင်မှု | SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု |
၂၀၂၂ | နိုင်ငံတကာ မော်လီကျူးသိပ္ပံဂျာနယ် | ၆။၂၀၈ | Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) အတွက် ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် DNA အမှတ်အသား ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု Disomic Chromosome အစားထိုးခြင်း။ | SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု |