လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြု Bisulfite Sequencing (RRBS)
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
ပလပ်ဖောင်း- NovaSeq ပလပ်ဖောင်း၊ PE150
စာကြည့်တိုက် အမျိုးအစား- 200-400bp တွင် bisulfite ကုသထားသော DNA စာကြည့်တိုက်ကို ထည့်သွင်းပါ။
ပေါင်းစပ်နည်းဗျူဟာ- Paired-End 150 bp
ဒေတာထွက်ရှိမှုကို အကြံပြုရန်- 10 Gb ကုန်ကြမ်းဒေတာ/နမူနာ
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
DNA ပမာဏ- ≥ 2ug
DNA အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥ 20ng/μl။
သန့်ရှင်းမှု- OD260/280 = 1.8 မှ 2.0 အထိ ပျက်စီးခြင်း သို့မဟုတ် RNA ညစ်ညမ်းခြင်းမရှိဘဲ
ဇီဝအချက်အလက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
a.ဂျီနိုမ် ချိန်ညှိမှု ကိန်းဂဏန်းများကို အကိုးအကား
မြေပုံ၏ ကိန်းဂဏန်းများကို ဖတ်ရသည်။
SC site ၏ sequencing အတိမ်အနက်နှင့်လွှမ်းခြုံမှု၏ tatistics
Aစုဆောင်းလွှမ်းခြုံ
Dနမူနာတစ်ခုစီ၏ igestion ထိရောက်မှု
b.Methylation site ကိုထောက်လှမ်းခြင်း။
C site တွင် methylation အဆင့်များစာရင်း
B၎
Methylated cytosine
Methylation အဆင့် ဖြန့်ဖြူးခြင်း။
c.Methylation မြေပုံ
Genome-ကျယ်ပြန့်
Genome ဒြပ်စင်
d.နမူနာများအကြား methylation အဆင့်ကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်း။
Pလေ၀င်လေထွက် CG methylation ၏ဆက်စပ်မှု
PCA-CG methylation
CCG methylation ၏တောက်ပခြင်း။
d.ကွဲပြားသော methylation ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
SDMR ၏စာရင်းအင်းများ
DMR အရှည် ဖြန့်ချီရေး
Hမြေပုံကိုစားပါ။
Dပစ်မှတ်ထားဒေသတွင် MR ဖြန့်ဖြူးမှု
