-
Metatranscriptome Sequencing
Metatranscriptome sequencing သည် သဘာ၀ပတ်ဝန်းကျင်များ (ဥပမာ မြေဆီလွှာ၊ ရေ၊ ပင်လယ်၊ မစင်များနှင့် အစာအိမ်အတွင်း) အဏုဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ပေးပါသည်။ အထူးအားဖြင့်၊ ဤဝန်ဆောင်မှုများသည် ရှုပ်ထွေးသောအဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ရှုပ်ထွေးသောအဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ဗီဇဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်းတစ်ခုလုံးကို ရရှိနိုင်စေရန် ခွင့်ပြုပေးပါသည်။ မျိုးစိတ်များ၊ ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများ၏ လုပ်ငန်းဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အခြားအရာများ။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
Fungal Genome
Biomarker Technologies သည် တိကျသော သုတေသနပန်းတိုင်ပေါ်မူတည်၍ ဂျီနိုမ်စစ်တမ်း၊ ကောင်းမွန်သော ဂျီနိုမ်နှင့် pene-ပြီးပြည့်စုံသော မှိုမျိုးရိုးဗီဇများကို ပေးဆောင်ပါသည်။အဆင့်မြင့် ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲကို ရရှိရန် မျိုးဆက်သစ် စီစီကိန်း + တတိယမျိုးဆက် စီစစ်ခြင်းကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် ဂျီနိုမ် စည်းလုံးမှု၊ စုဝေးမှုနှင့် လုပ်ဆောင်မှုဆိုင်ရာ မှတ်ချက်များကို ရရှိနိုင်သည်။ခရိုမိုဆုန်းအဆင့်တွင် ဂျီနိုမ်စုဝေးမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေရန် Hi-C နည်းပညာကိုလည်း အသုံးပြုနိုင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း-PacBio နောက်ဆက်တွဲ II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
ကိရိယာအစုံ
BMKCloud သည် ဆေး၊ စိုက်ပျိုးရေး၊ သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်စသည်ဖြင့် နယ်ပယ်အသီးသီးရှိ သုတေသီများက ကျယ်ပြန့်စွာ ယုံကြည်လက်ခံထားသည့် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပရိုဂရမ်များအတွက် တစ်ခုတည်းသော ရပ်တန့်ဖြေရှင်းချက်ပေးသည့် ထိပ်တန်း bioinformatic platform တစ်ခုဖြစ်သည်။ BMKCloud သည် bioinformatic analysis platforms နှင့် tools များအပါအဝင် ပေါင်းစည်းထားသော၊ ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး ထိရောက်သော ဝန်ဆောင်မှုများကို ပံ့ပိုးပေးရန် ကတိပြုပါသည်။ ၊ ကွန်ပြူတာအရင်းအမြစ်များ၊ အများသူငှာဒေတာဘေ့စ၊ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာအွန်လိုင်းသင်တန်းများစသည်ဖြင့် BMKCloud တွင် မကြာခဏအသုံးပြုလေ့ရှိသော bioinformatic tools များပါရှိသည် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း စသည်တို့
-
Bacteria Complete Genome
Biomarker Technologies သည် လုံးဝကွာဟမှုမရှိသော ဘက်တီးရီးယားများ၏ မျိုးရိုးဗီဇကို တည်ဆောက်ရာတွင် စီတန်းခြင်းဝန်ဆောင်မှုကို ဆောင်ရွက်ပေးပါသည်။ဘက်တီးရီးယားများ၏ ပင်မလုပ်ငန်းအသွားအလာတွင် တိကျသောသုတေသနပန်းတိုင်များကိုဖြည့်ဆည်းပေးသည့် တတိယမျိုးဆက် sequencing၊ စုဝေးမှု၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်ချက်များနှင့် အဆင့်မြင့် bioinformatic analysis ပါဝင်သည်။ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်၏ ပိုမိုပြည့်စုံသော ပရိုဖိုင်းသည် ၎င်းတို့၏ ဇီဝဖြစ်စဉ်များကို အခြေခံသည့် အခြေခံ ယန္တရားများကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေသည်၊ ၎င်းသည် မြင့်မားသော eukaryotic မျိုးစိတ်များတွင် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ သုတေသနများအတွက် တန်ဖိုးရှိသော ကိုးကားချက်ကိုလည်း ပေးစွမ်းနိုင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း-Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
PacBio နောက်ဆက်တွဲ II
-
RNA အသေး
သေးငယ်သော RNA များသည် miRNA၊ siRNA နှင့် piRNA အပါအဝင် ပျမ်းမျှအရှည် 18-30 nt ရှိသော အတိုကောက်မဟုတ်သော RNA အမျိုးအစားဖြစ်သည်။ဤသေးငယ်သော RNA များသည် mRNA ပျက်စီးခြင်း၊ ဘာသာပြန်ခြင်းကို ဟန့်တားခြင်း၊ heterochromatin ဖွဲ့စည်းခြင်းစသည်ဖြင့် အမျိုးမျိုးသော ဇီဝဖြစ်စဉ်များတွင် ကြီးမားစွာပါဝင်ပတ်သက်ကြောင်း အစီရင်ခံထားသည်။ SmallRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကို တိရစ္ဆာန်/အပင်ဖွံ့ဖြိုးမှု၊ ရောဂါ၊ ဗိုင်းရပ်စ်စသည်ဖြင့် လေ့လာမှုများတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အသုံးချခဲ့သည်။ RNA အသေးစား၊ sequencing analysis platform တွင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အဆင့်မြင့်ဒေတာတူးဖော်ခြင်း ပါဝင်သည်။RNA-seq ဒေတာကို အခြေခံ၍ စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် miRNA ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် ခန့်မှန်းခြင်း၊ miRNA ပစ်မှတ်မျိုးရိုးဗီဇခန့်မှန်းခြင်း၊ မှတ်ချက်ပေးခြင်းနှင့် စကားအသုံးအနှုန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းတို့ကို ရရှိနိုင်သည်။အဆင့်မြင့်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်သည် စိတ်ကြိုက် miRNA ရှာဖွေခြင်းနှင့် ထုတ်ယူခြင်း၊ Venn ပုံကြမ်းထုတ်လုပ်ခြင်း၊ miRNA နှင့် ပစ်မှတ်မျိုးရိုးဗီဇကွန်ရက်တည်ဆောက်ခြင်းတို့ကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS သည် Biomarker Technologies တွင် ကြွယ်ဝသော အတွေ့အကြုံများကို အခြေခံ၍ တီထွင်ထားသည့် ဂျီနိုမ်ပြန်လည် စီစစ်ခြင်းဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလတ်ဖောင်းတစ်ခုလုံးဖြစ်သည်။ဤအသုံးပြုရလွယ်ကူသောပလပ်ဖောင်းသည် Illumina ပလပ်ဖောင်းနှင့် BGI စီစစ်ခြင်းပလပ်ဖောင်းနှစ်ခုလုံးမှထုတ်ပေးသော DNA စီစစ်ခြင်းဒေတာအတွက် ကိုက်ညီသည့် အခြေခံဘောင်အနည်းငယ်ကို သတ်မှတ်ခြင်းဖြင့် ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုလုပ်ငန်းအသွားအလာကို အမြန်တင်ပြနိုင်စေပါသည်။ဤပလပ်ဖောင်းကို အချိန်အကန့်အသတ်အတွင်း အလွန်ထိရောက်သော ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို အားကောင်းစေသည့် စွမ်းဆောင်ရည်မြင့် ကွန်ပျူတာဆာဗာတွင် အသုံးပြုထားသည်။မျိုးရိုးဗီဇမေးမြန်းမှု၊ PCR primer ဒီဇိုင်းစသည်တို့အပါအဝင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအပေါ် အခြေခံ၍ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့် ဒေတာတူးဖော်ခြင်းကို ရနိုင်ပါသည်။
-
mRNA(ကိုးကား)
Transcriptome သည် မျိုးရိုးဗီဇအချက်အလက်နှင့် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်မှု၏ proteome အကြားချိတ်ဆက်မှုဖြစ်သည်။ကူးယူဖော်ပြမှုအဆင့် စည်းမျဉ်းသည် အရေးကြီးဆုံးနှင့် သက်ရှိများ၏ အကျယ်ပြန့်ဆုံး လေ့လာထားသော စည်းမျဉ်းပုံစံဖြစ်သည်။စာသားမှတ်တမ်းများ စီစစ်ခြင်းသည် အချိန်အခါ သို့မဟုတ် အခြေအနေတစ်ရပ်ရပ်တွင် တိကျပြတ်သားသော တိကျပြတ်သားမှုတစ်ခုဖြင့် စာသားမှတ်တမ်းကို စီစဥ်နိုင်သည်။ ၎င်းသည် မျိုးရိုးဗီဇမှတ်တမ်း၏အဆင့်ကို ဒိုင်းနမစ်ရောင်ပြန်ဟပ်နိုင်ပြီး ရှားပါးပြီး ပုံမှန်စာသားမှတ်တမ်းများကို တစ်ပြိုင်နက်တည်း ခွဲခြားသတ်မှတ်ကာ ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံဆိုင်ရာ အချက်အလက်များကို ပံ့ပိုးပေးသည်။ နမူနာ သီးသန့် မှတ်တမ်းများ။
လက်ရှိတွင်၊ တိရိစ္ဆာန်နှင့် အပင်ဖွံ့ဖြိုးမှုဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်း၊ ပတ်ဝန်းကျင်လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင်၊ ကိုယ်ခံအားဆိုင်ရာ အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဒေသသတ်မှတ်မှု၊ မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် အကျိတ်နှင့် မျိုးရိုးဗီဇရောဂါရှာဖွေခြင်းအပါအဝင် အခြားသုတေသနနယ်ပယ်များတွင် မှတ်တမ်းတင်ခြင်းနည်းပညာကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်အသုံးပြုခဲ့သည်။
-
Metagenomics (NGS)
ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပလပ်ဖောင်းသည် အတွေ့အကြုံနှစ်ပေါင်းများစွာကို အခြေခံ၍ သေနတ်ပစ်ဂွန်၏ မက်ဂနို ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။၎င်းတွင် ဒေတာလုပ်ဆောင်ခြင်း၊ မျိုးစိတ်အဆင့်လေ့လာမှုများ၊ ဗီဇလုပ်ဆောင်မှုအဆင့်လေ့လာမှုများ၊ metagenome binning စသည်တို့အပါအဝင် အများအားဖြင့် လိုအပ်သော ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအမျိုးမျိုးပါဝင်သော ပေါင်းစပ်လုပ်ငန်းအသွားအလာတွင် ပါဝင်ပါသည်။ ထို့အပြင်၊ မျိုးရိုးဗီဇနှင့် မျိုးစိတ်ဆိုင်ရာ မေးမြန်းမှုအပါအဝင် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ရရှိနိုင်ပါသည်။ ကန့်သတ်ချက် ဆက်တင်၊ စိတ်ကြိုက် ပုံထုတ်ပေးခြင်း စသည်
-
LncRNA
ရှည်လျားသော coding မဟုတ်သော RNAs (lncRNA) သည် ပရိုတင်းများကို ကုဒ်လုပ်၍မရသော အရှည် 200 nt ထက် ပိုရှည်သော စာသားမှတ်တမ်းများဖြစ်သည်။စုဆောင်းအထောက်အထားများအရ lncRNAs အများစုသည် လုပ်ဆောင်နိုင်ဖွယ်ရှိကြောင်း သက်သေပြနေသည်။မြင့်မားသောဆင့်ကဲဆင့်ကဲနည်းပညာများနှင့် ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကိရိယာများသည် lncRNA အတွဲလိုက်များနှင့် သတင်းအချက်အလက်များကို ပိုမိုထိရောက်စွာဖော်ထုတ်နိုင်စေရန်နှင့် အရေးကြီးသောစည်းမျဉ်းဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်ချက်များဖြင့် lncRNA များကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန် ကျွန်ုပ်တို့အား ပို့ဆောင်ပေးပါသည်။BMKCloud သည် ကျွန်ုပ်တို့၏ဖောက်သည်များအား lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းကို မြန်ဆန်စွာ၊ ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး လိုက်လျောညီထွေရှိသော lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ရရှိရန်အတွက် ဂုဏ်ယူပါသည်။
-
GWAS
မျိုးရိုးဗီဇကျယ်ပြန့်သောအသင်းအဖွဲ့လေ့လာမှု (GWAS) သည် တိကျသောလက္ခဏာများ (phenotype) နှင့်ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲများ (genotype) ကို ဖော်ထုတ်ရန် ရည်ရွယ်သည်။GWA လေ့လာမှုများသည် လူအများအပြား၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ဖြတ်ကျော်ကာ မျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများကို စုံစမ်းပြီး လူဦးရေအဆင့်တွင် စာရင်းအင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် genotype-phenotype ဆက်စပ်မှုများကို ခန့်မှန်းပေးသည်။ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်ဆက်ခြင်းသည် မျိုးရိုးဗီဇမျိုးကွဲအားလုံးကို ရှာဖွေတွေ့ရှိနိုင်ချေရှိသည်။phenotypic data နှင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ GWAS သည် ခေတ်မီတိရိစ္ဆာန်/အပင်များ မွေးမြူခြင်းကို ခိုင်ခိုင်မာမာ ကျောထောက်နောက်ခံပေးသည့် ဖီနိုအမျိုးအစား ဆက်စပ်သော SNPs၊ QTLs နှင့် ကိုယ်စားလှယ် genes များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် လုပ်ဆောင်နိုင်သည်။SLAF သည် ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ဖြန့်ဝေမှုအမှတ်အသားများ၊ SNP ကို ရှာဖွေတွေ့ရှိသည့် ရိုးရှင်းသော ဂျီနိုမ် စီစစ်ခြင်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။ဤ SNPs များကို မော်လီကျူးမျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများအဖြစ် ပစ်မှတ်ထားသော စရိုက်လက္ခဏာများနှင့် ဆက်စပ်လေ့လာမှုများအတွက် လုပ်ဆောင်နိုင်ပါသည်။၎င်းသည် မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုများနှင့် ဆက်စပ်နေသော ရှုပ်ထွေးသော စရိုက်လက္ခဏာများကို ဖော်ထုတ်ရာတွင် စရိတ်သက်သာသော နည်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။
-
Nanopore အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း
သက်ရှိများတွင် ရှုပ်ထွေးပြီး ပြောင်းလဲနိုင်သော အခြား isoforms များသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ပရိုတင်းကွဲပြားမှုကို ထိန်းညှိရန်အတွက် အရေးကြီးသော မျိုးဗီဇယန္တရားများဖြစ်သည်။စာသားမှတ်တမ်းဖွဲ့စည်းပုံများကို တိကျစွာဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းပုံစံများကို အတွင်းကျကျလေ့လာမှုအတွက် အခြေခံဖြစ်သည်။Nanopore sequencing platform သည် transcriptomic study ကို isoform-level သို့ အောင်မြင်စွာ ယူဆောင်လာခဲ့ပါသည်။ဤခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပလပ်ဖောင်းသည် ဗီဇအဆင့်နှင့် စာသားမှတ်တမ်းအဆင့်နှစ်ခုစလုံးတွင် အရည်အသွေးနှင့် အရေအတွက်ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာမှုကို ရရှိသည့် ကိုးကားဂျီနိုမ်အခြေခံပေါ်အခြေခံ၍ Nanopore ပလပ်ဖောင်းပေါ်တွင် ထုတ်လုပ်သည့် RNA-Seq ဒေတာကို ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။
-
circ-RNA
Circular RNA(circRNA) သည် မကြာသေးမီက တွေ့ရှိခဲ့သော ကုဒ်မဟုတ်သော RNA အမျိုးအစားတစ်ခုဖြစ်ပြီး၊ ဖွံ့ဖြိုးဆဲ၊ ပတ်ဝန်းကျင် ခုခံမှုစသဖြင့် ပါဝင်သည့် စည်းကမ်းကွန်ရက်များတွင် အရေးပါသော အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်နေပါသည်။ linear RNA မော်လီကျူးများ ဥပမာ mRNA၊ lncRNA၊ 3′ နှင့် 5′ တို့နှင့် ကွဲပြားပါသည်။ circRNA ၏ အဆုံးပိုင်းများသည် exonuclease ၏ အစာခြေခြင်းမှ ကယ်တင်ပြီး linear RNA အများစုထက် ပိုမိုတည်ငြိမ်သော စက်ဝိုင်းပုံသဏ္ဍာန်တစ်ခုအဖြစ် ပေါင်းစပ်ထားသည်။CircRNA သည် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုကို ထိန်းညှိရာတွင် ကွဲပြားသောလုပ်ဆောင်ချက်များရှိကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။CircRNA သည် miRNA sponge ဟုခေါ်သော miRNA ကို အပြိုင်အဆိုင် ချိတ်ဆက်ပေးသော ceRNA အဖြစ် လုပ်ဆောင်နိုင်သည်။CircRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းသည် circRNA ဖွဲ့စည်းပုံနှင့် ထုတ်ဖော်ပြောဆိုမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ ပစ်မှတ်ခန့်မှန်းခြင်းနှင့် အခြား RNA မော်လီကျူးအမျိုးအစားများနှင့် ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို အားကောင်းစေသည်။
