-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chip-Seq သည် histone ပြုပြင်မွမ်းမံမှု၊ စာသားမှတ်တမ်းအချက်များနှင့် အခြား DNA-ဆက်စပ်ပရိုတိန်းများအတွက် DNA ပစ်မှတ်များ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ပရိုဖိုင်ကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။၎င်းသည် ပြန်လည်ရယူထားသော DNA ၏ မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲလုပ်ဆောင်မှုအတွက် မျိုးဆက်သစ် စီစစ်ခြင်း (NGS) ၏ စွမ်းအားဖြင့် သီးခြားပရိုတင်း-DNA ရှုပ်ထွေးမှုများကို ပြန်လည်ရယူရန် chromatin immuno-precipitation (ChIP) ၏ ရွေးချယ်နိုင်စွမ်းကို ပေါင်းစပ်ထားသည်။ထို့အပြင်၊ ပရိုတိန်း-DNA ရှုပ်ထွေးမှုများကို သက်ရှိဆဲလ်များမှ ပြန်လည်ရရှိသောကြောင့်၊ ချိတ်ဆက်ထားသောနေရာများကို မတူညီသောဆဲလ်အမျိုးအစားများနှင့် တစ်ရှူးများတွင် သို့မဟုတ် မတူညီသောအခြေအနေများတွင် နှိုင်းယှဉ်နိုင်သည်။အပလီကေးရှင်းများသည် ကူးယူဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းများမှ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုလမ်းကြောင်းများအထိ ရောဂါယန္တရားများအထိ နှင့် အခြားအရာများ ပါဝင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
ဂျီနိုမ် ဘီဆာလ်ဖိုက်တစ်ခုလုံးကို စီစစ်ခြင်း။
cytosine (5-mC) တွင် ပဉ္စမမြောက် အနေအထားတွင် DNA methylation သည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဆဲလ်များ၏လုပ်ဆောင်မှုအပေါ် အခြေခံသြဇာသက်ရောက်မှုရှိပါသည်။ပုံမှန်မဟုတ်သော methylation ပုံစံများသည် ကင်ဆာကဲ့သို့သော အခြေအနေများနှင့် ရောဂါများစွာနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။WGBS သည် အခြေခံ resolution တစ်ခုတည်းတွင် genome-wide methylation ကိုလေ့လာရန်အတွက် ရွှေစံနှုန်းဖြစ်လာသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
High Throughput Sequencing (ATAC-seq) ဖြင့် Transposase-Accessible Chromatin အတွက် စစ်ဆေးမှု
ATAC-seq သည် ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ခရိုမာတင် ဝင်ရောက်နိုင်မှုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ပွားနည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်ပြီး၊ ၎င်းသည် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှု ထိန်းချုပ်မှုအတွက် အရေးကြီးသော ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ခရိုမာတင်သုံးစွဲနိုင်မှုကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန်ဖြစ်သည်။ဆက်တိုက်လုပ်ဆောင်နေသော အဒက်တာများကို hyperactive Tn5 transposase ဖြင့် ဖွင့်ထားသော chromatin ဧရိယာများတွင် ထည့်သွင်းထားသည်။PCR ချဲ့ထွင်ပြီးနောက်၊ အတွဲလိုက် စာကြည့်တိုက်တစ်ခုကို တည်ဆောက်သည်။ဖွင့်ထားသော chromatin ဒေသများအားလုံးကို သီးခြားနေရာ-အချိန်အခြေအနေတစ်ခုအောက်တွင် ရရှိနိုင်သည်၊ စာသားမှတ်တမ်းတစ်ခု၏ binding sites များ သို့မဟုတ် အချို့ histone ပြုပြင်ထားသော ဒေသကို ကန့်သတ်ထားရုံသာမက၊
-
လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြု Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA methylation သုတေသနသည် ရောဂါ သုတေသနတွင် အမြဲတမ်း အရေးအကြီးဆုံး အကြောင်းအရာဖြစ်ပြီး မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဖီနိုအမျိုးအစား စရိုက်များနှင့် နီးကပ်စွာ ဆက်စပ်နေသည်။RRBS သည် DNA methylation သုတေသနအတွက် တိကျသော၊ ထိရောက်ပြီး ချွေတာသောနည်းလမ်းဖြစ်သည်။Bisulfite sequencing နှင့် ပေါင်းစပ်ထားသော enzymatic cleavage (Msp I) ဖြင့် enzymatic cleavage (Msp I) ဖြင့် မြှင့်တင်ခြင်းနှင့် CpG ကျွန်းဒေသများကို ကြွယ်ဝစေခြင်းသည် မြင့်မားသော resolution DNA methylation detection ကို ပေးပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
