အပင်/တိရိစ္ဆာန်တစ်ခုလုံး ဂျီနိုမ် စီစစ်ခြင်း။
1.Service အားသာချက်များ
မျိုးစိတ်ပေါင်း 1000 ကျော်အတွက် genome sequencing တွင် ကျယ်ပြန့်သော အတွေ့အကြုံ။
စုစည်းသက်ရောက်မှုအချက် 4000 ကျော်ရှိသည့် ထုတ်ဝေမှု 800 ကျော်။
ပြောင်းလဲခြင်းခေါ်ဆိုခြင်းနှင့် လုပ်ဆောင်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဆိုင်ရာ ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
2. ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ပလပ်ဖောင်း | စာကြည့်တိုက် | seq အတိမ်အနက်ကိုအကြံပြုထားသည်။ | |
| Illumina | PE 150 | SNP အတွက်၊ InDel ခေါ်ဆိုမှု ≥ 10x SV အတွက်၊ CNY ≥ 30x ခေါ်ဆိုခြင်း။
| |
| နာနိုပီးယား
| 8 kb | SV အတွက်၊ CNY ခေါ်ဆိုမှု ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | SNP၊ InDel၊ SV၊ CNY ခေါ်ဆိုမှုအတွက် ≥ 10x |
3. နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| ပလပ်ဖောင်း | Conc.(ng/μL)
| ပမာဏ (ng)
| သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။
| Agarose ဂျယ်
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. ပင်မတီးဝိုင်းကို အကန့်အသတ်မရှိ သို့မဟုတ် ရှင်းပါ။ဂျယ်လ်ပေါ်တွင် ပြိုကျပျက်စီးမှုကို တွေ့ရှိရသည်။ 2. ကန့်သတ် RNA သို့မဟုတ် ပရိုတင်း ညစ်ညမ်းမှု မရှိပါ။
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| နာနိုပီးယား
| ≥30 | ဒေတာအထွက်နှုန်းပေါ် မူတည် 10μg/ဆဲလ် | ၁.၇-၂.၂ | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | ၁.၇-၂.၂ | ၁.၈-၂.၅ | ||
4. ဇီဝအချက်အလက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
5. Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
DNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ဒေတာပေးပို့ခြင်း။
1) Genome Mapping ၏စာရင်းအင်းများ
ဇယား 1 မြေပုံ၏ရလဒ်စာရင်းဇယား
ပုံ 1 တွင် ထည့်သွင်းအရွယ်အစားကို ဖြန့်ဝေခြင်းနှင့် လွှမ်းခြုံဖတ်ခြင်း
2) Variate Detection
ပုံ 2 နမူနာများထဲမှ SNP/INDEL/SV ၏ ကိန်းဂဏန်းများ နှင့် မှတ်ချက်
ပုံ 3 ဂျီနိုမ် ကျယ်ပြန့်သော vatiations များ ဖြန့်ဖြူးခြင်း။
3) Functional အမျိုးမျိုးသောမှတ်ချက်
| 2019 ခုနှစ် | သဘာဝဆက်သွယ်ရေး | ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် Brassica napus ဇာစ်မြစ်နှင့် ၎င်း၏တိုးတက်မှုတွင် ပါဝင်သော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာနေရာများကို ဖော်ပြသည် |
| 2020 ခုနှစ် | PNAS | ရွှေငါး (Carassius auratus) ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် မျိုးပွားမှုသမိုင်း |
| ၂၀၂၁ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | စိုက်ပျိုးထားသော ဂုန်လျှော်မျိုးစိတ်နှစ်ခု၏ ဂျီနိုမ်များကို ကိုးကားသည်။ |
| ၂၀၂၁ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | ဟင်းသီးဟင်းရွက်နှင့် ဆီထွက်သီးနှံ allopolyploid Brassicajuncea နှင့် glucosinolates စုဆောင်းမှုကို ထိန်းချုပ်သည့် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာနေရာများ |
| 2019 ခုနှစ် | မော်လီကျူးစက်ရုံ | ကမ္ဘာတစ်ဝှမ်းရှိ rapeseed ပေါင်းစည်းမှု၏ ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် ၎င်းတို့၏ ecotype ကွဲပြားခြင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံကို ဖော်ပြသည်။ |
| ၂၀၂၂ | ပန်းမာန်သုတေသန | Genome-wide ပေါင်းစည်းမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် ဖရဲသီးအစေ့ အရွယ်အစား၏ သဘာဝ ကွဲလွဲမှုကို မော်လီကျူးဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပေးသည် |
| ၂၀၂၁ | စမ်းသပ်ရုက္ခဗေဒဂျာနယ် | Genome-wide Association လေ့လာမှုသည် ဝါဂွမ်းတွင် အအေးဒဏ်ခံနိုင်ရည်အား ပေးဆောင်သည့် GhSAD1 ၏ မျိုးကွဲများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်သည် |
| ၂၀၂၁ | စမ်းသပ်ရုက္ခဗေဒဂျာနယ် | Genome-wide ပေါင်းစည်းလေ့လာမှုနှင့် စာသားမှတ်တမ်း နှိုင်းယှဉ်ချက်သည် rapeseed တွင် ပွင့်ချပ်အရွယ်အစားကို ထိန်းချုပ်သည့် ဝတ္ထု QTL နှင့် ကိုယ်စားလှယ်မျိုးဗီဇတို့ကို ဖော်ပြသည်။ |
