GENOME Evolution
PNAS
ရွှေငါး (Carassius auratus) ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် မျိုးပွားမှုသမိုင်း
PacBio |Illumina |Bionano Genome မြေပုံ |Hi-C Genome Assembly |မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံ |GWAS |RNA-Seq
ပေါ်လွင်သည်။
1.Goldfish ဂျီနိုမ်ကို အရည်အသွေးမြင့် တပ်ဆင်ဗားရှင်းဖြင့် အပ်ဒိတ်လုပ်ထားပြီး contigs များ၏ 95.75% ကို pseudochromosomes 50 (Scaffold N50=31.84 Mb) အဖြစ် ပြုပြင်ထားပါသည်။မျိုးနွယ်ခွဲနှစ်ခုကို ခွဲထုတ်ထားသည်။
2. အိမ်တွင်းနေထိုင်စဉ်အတွင်း ရွေးချယ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ နယ်မြေများကို လူ 201 ဦး၏ အချက်အလက်များကို စီစစ်ပြီး အိမ်တွင်းမှုစရိုက်များနှင့် ဆက်နွှယ်နိုင်ဖွယ်ရှိသည့် ကိုယ်စားလှယ်လောင်း မျိုးဗီဇ 390 ကျော်ကို ဖော်ထုတ်တွေ့ရှိခဲ့သည်။
3. အိမ်မွေးရွှေငါးရှိ အနောက်ဆူးတောင်ပေါ်ရှိ GWAS သည် ဆက်စပ်နိုင်ချေရှိသည့် မျိုးဗီဇ ၃၇၈ ခုကို ပြသခဲ့သည်။tyrosine-protein kinase သတင်းထောက်အား ပွင့်လင်းမြင်သာမှုနှင့်ဆက်စပ်နေသော အကြောင်းရင်းခံမျိုးဗီဇတစ်ခုအဖြစ် ဖော်ထုတ်တွေ့ရှိခဲ့သည်။
နောက်ခံ
Goldfish (Carassius auratus) သည် ရှေးခေတ်တရုတ်နိုင်ငံရှိ crucian ငါးကြင်းမှ မွေးမြူထားသော အရေးအကြီးဆုံး မွေးမြူရေးငါးများထဲမှ တစ်မျိုးဖြစ်သည်။၎င်းတို့ကို Charles Darwin မှ “အရောင်အသွေး အဆုံးမရှိနီးပါး ကွဲပြားမှုကို ကျော်ဖြတ်ခြင်းဖြင့် ကျွန်ုပ်တို့သည် အထူးခြားဆုံးသော ပြုပြင်မွမ်းမံမှုများနှင့် တွေ့ကြုံရမည်” ဟု မှတ်ချက်ပေးခဲ့သည်။အလွန်ကွဲပြားသော အသွင်အပြင်များနှင့် ပြည်တွင်းမွေးမြူခြင်းနှင့် မွေးမြူခြင်း၏ ရှည်လျားသောသမိုင်းကြောင်းသည် ရွှေငါးသည် ငါးဇီဝကမ္မဗေဒနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်အတွက် အကောင်းဆုံးမျိုးရိုးဗီဇစံနမူနာတစ်ခု ဖြစ်လာစေသည်။
အောင်မြင်မှုများ
Goldfish ဂျီနို
JPacBio နှင့် Illumina pair-end sequencing data ၏ oint analysis သည် ကနဦး 1.657 G မူကြမ်း စည်းဝေးပွဲ (Contig N50=474 Kb) ကို ထုတ်ပေးပါသည်။Bionano အလင်းပြမြေပုံကို ထုတ်လုပ်ပြီး စည်းဝေးပွဲကို အရွယ်အစား 1.73 Gb (ခန့်မှန်း ဂျီနိုမ် အရွယ်အစား- 1.8 Gb) အဖြစ် ပြုပြင်ခဲ့သည်။Hi-C အခြေပြု တပ်ဆင်မှုတွင် Scaffold N50 ကို 606 Kb မှ 31.84 Mb သို့ ပိုမိုတိုးတက်ကောင်းမွန်စေပြီး 95.75% (1.65 Gb) ကို ဦးတည်ပြီး ကိုယ်ထူကိုယ်ထ ခိုင်းစေမှုနှုန်းကို ရရှိခဲ့သည်။ဂျီနိုမ်တွင် ကုဒ်ဗီဇ 56,251 ခုနှင့် ရှည်လျားသော ကုဒ်မဟုတ်သော စာသားမှတ်တမ်း 10,098 ပါဝင်သည်။ထို့အပြင်၊ ခရိုမိုဆုန်း 50 မှ အလားအလာရှိသော အလယ်ဗဟိုဒေသ ၃၈ ခုကို ခန့်မှန်းခဲ့သည်။
Fig.1 ရွှေငါးဂျီနိုမ်
Tရှေးခေတ် မျိုးစပ်ခြင်းဖြစ်စဉ်မှ ထွက်ပေါ်လာသော ရွှေငါးခရိုမိုဆုန်း 50 တွင် ရှင်းလင်းသော မျိုးကွဲအုပ်စုခွဲများကို ဖော်ထုတ်တွေ့ရှိခဲ့သည်။goldfish နှင့် Barbinae အကြား လိုက်လျောညီထွေရှိသော ဖတ်ရှုမှုအချိုးအစား ပိုမိုများပြားသော ခရိုမိုဆုအစုစုကို ဂျီနိုမ် A (ChrA01~A25)၊ ဆိုလိုသည်မှာ Barbinae ၏ ဘုံခွဲများဖြစ်ပြီး ကျန်များကို ဂျီနိုမ် B (ChrB01~B25) အဖြစ် သတ်မှတ်သည်။
အိမ်တွင်းရေးနဲ့ ကထာအဟုန်
Aစုစုပေါင်းရိုင်းအမျိုးအစား crucian ငါးကြင်း ၁၆ ကောင်နှင့် ကိုယ်စားလှယ်ရွှေငါးမျိုးကွဲ ၁၈၅ မျိုးတို့သည် ပျမ်းမျှအားဖြင့် ခန့်မှန်းခြေအားဖြင့် 12.5X ခန့်အတိမ်အနက်ဖြင့် ပြန်လည်ဆက်နွယ်ပြီး ဒေတာ 4.3 terabases ကိုထုတ်ပေးသည်။Phylogenetic ပြန်လည်တည်ဆောက်မှုနှင့် PCA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်သည် မျိုးရိုးနှစ်ခုခွဲထားသည့် အခြားရွှေငါးများထက် သာမာန်ရွှေငါးနှင့် crucian ငါးကြင်းကြား ဆက်စပ်မှုကို အတည်ပြုခဲ့သည်။
Lဃ ပိုးမွှားကွဲခြင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် သားမွေးစဉ်အတွင်း လူဦးရေ မျိုးရိုးဗီဇ ပိတ်ဆို့မှု ရှိနေကြောင်းနှင့် ရွှေငါးတွင် ခိုင်မာသော အတုရွေးချယ်မှုကို ပံ့ပိုးပေးခဲ့သည်။Crucian ငါးကြင်းမှ ဘုံရွှေငါးများအထိ မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု (π) တိုးလာခြင်းသည် ဝမ်ရွှေငါးနှင့် ဥရွှေငါးများအထိ ၎င်းတို့၏ သားအိမ်အတွင်း မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုများ သိသိသာသာ စုဆောင်းခြင်းကို ညွှန်ပြနေသည်။25.2 Mb နှင့် 946 မျိုးဗီဇများပါဝင်သော ရွေးချယ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇနယ်မြေ 50 ကို ကိုယ်စားလှယ်ဒေတာ (ရွှေငါး 33 ကောင်နှင့် crucian crap 16 ကောင်) မှ ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။လူ 201 ဦးကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာပြီး 393 မျိုးဗီဇသည် ပြီးမြောက်သောရွေးချယ်မှု၏နေရာကို ညွှန်ပြသည်။ဤမျိုးဗီဇများကို ရွှေငါး၏ အဓိက အိမ်တွင်းအင်္ဂါရပ်များနှင့် ဆက်စပ်နေသော ဖီနိုအမျိုးအစားများတွင် ပါဝင်နိုင်ဖွယ်ရှိသည့် ကွဲပြားမှုနည်းပါးကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။
Fig.3 Genome-wide domestication-sociated analysis
အိမ်မွေးရွှေငါးတွင် GWAS
Dခံတွင်းမှ ဆူးတောင်သည် ဥရွှေငါးနှင့် ဝမ်ရွှေငါးတို့ကို ခွဲခြားပေးသည့် အဓိကအင်္ဂါရပ်တစ်ခုဖြစ်သည်။96 Wen goldfish နှင့် 87 egg goldfish ပေါ်ရှိ dorsal fin ၏ GWAS မှ ခရိုမိုဆုန်း 13 ခုတွင် ပျံ့နှံ့နေသော မျိုးဗီဇ 378 ခုကို တွေ့ရှိပြီး ဂျီနိုမ်များကြားတွင် အဆိုပါ ဗီဇများ မညီမညာ ပျံ့နှံ့မှုကို လေ့လာတွေ့ရှိခဲ့သည်။ဤကိုယ်စားလှယ်လောင်းမျိုးဗီဇအပေါ် လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် "ဆဲလ်မျက်နှာပြင် အာရုံခံအချက်ပြခြင်း"၊ "အိတ်ပြောင်းပို့ဆောင်ခြင်း"၊ "အရိုးစုစနစ်ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု" စသည်တို့အပါအဝင် ဇီဝဖြစ်စဉ်များကို မီးမောင်းထိုးပြထားသည်။
အိမ်မွေးရွှေငါးပေါ်ရှိ အောက်ခြေဆူးတောင်များ၏ ပုံ.၄ GWAS
In ပွင့်လင်းမြင်သာသောစကေးနှင့်ဆက်စပ်သော လက္ခဏာများ၏ GWAS၊ တစ်ခုတည်းသော အားကောင်းသောအသင်းအဖွဲ့ အထွတ်အထိပ်ကို တွေ့ရှိခဲ့သည်။tyrosine-protein kinase receptor ကို ကိုယ်စားပြုသည့် ဒေသတစ်ခုတွင် ဗီဇကို ကုဒ်လုပ်ထားသည်။
Fig.5 GWAS သည် ပွင့်လင်းမြင်သာသော စကေးဆိုင်ရာ စရိုက်လက္ခဏာများ
အကိုးအကား
Cကြက်မ D et al ။ရွှေငါး (Carassius auratus) ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် ဇာစ်မြစ်နှင့် မွေးရာပါသမိုင်း။PNAS (2020)
သတင်း Biomarker Technologies နှင့် နောက်ဆုံးအောင်မြင်သော ကိစ္စများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပြီး၊ ဆန်းသစ်သော သိပ္ပံနည်းကျ အောင်မြင်မှုများကို ဖမ်းယူကာ လေ့လာမှုအတွင်း အသုံးပြုသည့် ထင်ရှားသော နည်းပညာများကို ဖမ်းယူရန် ရည်ရွယ်သည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-04-2022