GENOME Evolution
Genome De novo
စည်းဝေးပွဲ|လိင်ပိုင်းဆိုင်ရာ ဆုံးဖြတ်ခြင်း စီစစ်ခြင်းလုပ်ငန်းတစ်ခုလုံးနှင့် တစ်စိတ်တစ်ပိုင်း ဇီဝအချက်အလက်ဆိုင်ရာ ဝန်ဆောင်မှုများကို Biomarker Techonologies မှ ပံ့ပိုးပေးပါသည်။
စိတ္တဇ
“ပင်လယ်နဂါးများ၏ အထင်ကရ အမျိုးအစားတွင် အရွက်သဏ္ဍာန်ရှိသော အဆက်အတက်များ၊ သွားပြွန်ပါးစပ်နှင့် အပွင့်ရှိသော “သားပေါက်စဥများ” တွင် မျိုးအောင်ထားသော ဥများပေါက်ဖွားခြင်း ပါဝင်သည့် အထီးကိုယ်ဝန်များ ပါဝင်သည်။ကျွန်ုပ်တို့သည် ဘုံပင်လယ်နဂါး (Phyllopteryx taeniolatus) ၏ နိုဗို-အထီးအမ မျိုးဆက်ပွား မျိုးရိုးဗီဇများနှင့် ၎င်း၏ အနီးကပ်ဆက်နွယ်သော မျိုးစိတ်ဖြစ်သည့် မိကျောင်းပိုက်ငါး (Syngnathoides biaculeatus) ဖြစ်သည်။ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုအသစ်အဆန်းတစ်ခုဖြစ်သည့် အရွက်ကဲ့သို့သောအဆက်အစပ်များမှ ကူးယူဖော်ပြသည့် ပရိုဖိုင်များသည် ဆူးတောင်များဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုတွင် ပါ၀င်လေ့ရှိသော ဗီဇအစုံကို တွဲဖက်ရွေးချယ်ထားပြီး ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော တစ်သျှူးများပြုပြင်ခြင်းနှင့် ကိုယ်ခံအားကာကွယ်ရေးဗီဇများအတွက် tran scripts များ ကြွယ်ဝလာကြောင်းပြသသည်။syngnathids များအားလုံးတွင် ဆုံးရှုံးသွားသော scpp5 အတွက် zebrafish mutants များသည် pharyngeal သွားများ ချို့တဲ့ခြင်း သို့မဟုတ် ပုံပျက်နေကြောင်း တွေ့ရှိရပြီး scpp5 ဆုံးရှုံးခြင်းသည် syngnathids များတွင် သွားများဆုံးရှုံးစေသည်ဟူသော အယူအဆကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။သာမန် seadragon နှင့် alligator pipefish တို့မှ မျှဝေထားသော အမျိုးသားသီးသန့် amhr2y မျိုးဗီဇကို ကုဒ်သွင်းသည့် သပ်ရပ်သောလိင်-သတ်မှတ်ခြင်းတည်နေရာကို ဖော်ထုတ်တွေ့ရှိခဲ့သည်။ ”
ကုန်ကြမ်းနှင့်နည်းစနစ်များ:
သင်ထောက်ကူပစ္စည်းများ
Fကျွန်ုပ်တို့၏ဘုံပင်လယ်နဂါး (P. taniolatus) နှင့် မိလ္လာပိုက်ငါးနှစ်ကောင် (S. biaculetus) နမူနာများ။ဘုံတူညီသော ပင်လယ်နဂါးနှစ်ကောင် (အထီးတစ်ကောင်နှင့် အမျိုးသမီးတစ်ဦး) နှင့် မိလ္လာပိုက်ငါးနှစ်ကောင် (အထီးတစ်ဉီးနှင့် အမျိုးသမီးတစ်ဦး) တစ်ဦးချင်းစီကို ဂျီနိုမ်အစီအစဥ်ပြုလုပ်ရန်အတွက် အသုံးပြုခဲ့ပြီး အခြားအထီးဘုံ seadragon တစ်ဦးချင်းစီကို ဂျီနိုမ်ပြန်ဆက်ခြင်းအတွက် အသုံးပြုခဲ့သည်။
Genome Sequence ဗျူဟာ
၂70/350 bp စာကြည့်တိုက် (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) သို့မဟုတ် Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000)) တို့ကို စီစစ်ခြင်းနှင့် ဂျီနိုမ်ပြန်ဆက်ခြင်းအတွက် အခြားအထီးဘုံပင်လယ်နဂါးတစ်ကောင်ချင်းစီကို အသုံးပြုခဲ့သည်။
စာသားအစီအမံများ
Fသို့မဟုတ် အများအားဖြင့် seadragon၊ ဦးနှောက်၊ မျက်လုံး၊ ပါးဟက်၊ အသည်း၊ နှလုံး၊ ကျောက်ကပ်၊ mesentery၊ အူ၊ ကြွက်သား၊ ဆူးတောင်၊ အရေပြား၊ အရွက်ကဲ့သို့သော အဆက်များ၊ ဝှေးစေ့နှင့် သားဥအိမ်တို့ကို စုဆောင်းထားသည်။
Genome de novo ပရိသတ်ဗျူဟာ
Canu (အမှားပြင်ဆင်ခြင်း) + WTDBG2 (စည်းဝေးပွဲ) + Pilon (ပိုလန်) + Lachesis (Hi-C)။
အဓိကရလဒ်များ
ပုံ ၁။ ဘုံပင်လယ်နဂါး (P. taeniolatus) နှင့် မိကျောင်းပိုက်ငါး (S. biaculeatus) တို့၏ အဓိကအင်္ဂါရပ်များနှင့် ၎င်းတို့၏ ဇီဝကမ္မဆိုင်ရာ အနေအထားများ။
ပုံ ၂။ သာမန်ပင်လယ်နဂါး (P. taeniolatus) ရှိ အရွက်နှင့်တူသော အဆက်အနွယ်များ၏ ရုပ်ပုံသဏ္ဍာန်နှင့် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ မိတ်ကပ်။
ပုံ ၃။ ဘုံပင်လယ်နဂါး (P. taeniolatus) နှင့် မိလ္လာပိုက်ငါး (S. biaculeatus) တို့တွင် လိင်ပိုင်းဆိုင်ရာသတ်မှတ်ခြင်းမျိုးဗီဇ။
ပုံ။ 4. zebrafish scpp5 မျိုးတူရိုးတူသားပေါက်မျိုးကွဲများတွင်ရှိသော pharyngeal tooth phenotypes။
စာတိုက်အချိန်- Jan-08-2022