GENOME Evolution၊ PANGENOME
Pan-genome ဆိုတာ ဘာလဲ။
စုဆောင်းထားသော အထောက်အထားများသည် မျိုးစိတ်တစ်ခု၏ မတူညီသောမျိုးကွဲများကြား ကွဲလွဲမှုသည် ကြီးမားနိုင်ကြောင်း ပြသနေသည်။မျိုးစိတ်တစ်ခုတည်း၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အချက်အလက်တစ်ခုလုံးကို ရရှိရန် တစ်ခုတည်းသော ဂျီနိုအာနှင့် ဝေးကွာသည်။Pan-genome လေ့လာမှု၏ ရည်ရွယ်ချက်မှာ မျိုးစိတ်တစ်ခု၏ ပိုမိုပြည့်စုံသော မျိုးရိုးဗီဇဂရပ်ဖစ်ကို ရရှိရန်နှင့် မျိုးကွဲများစွာ၏ genome de novo စုဝေးမှုကို ပြုလုပ်ခြင်းဖြင့် စရိုက်များနှင့် မျိုးရိုးဗီဇကုဒ်များကြား ဆက်ဆံရေးကို ကုဒ်ကုဒ်ပြုလုပ်ရန်ဖြစ်ပြီး မျိုးကွဲများကို ပိုမိုနက်ရှိုင်း၍ ကျယ်ပြန့်စွာ တူးဖော်နိုင်စေရန် ဖြစ်သည်။
ပန်ဂျီနိုလေ့လာမှု၏ခေတ်ရေစီးကြောင်း
ပုံ 1 Pan-genome သုတေသနစာတမ်းများ၏ လမ်းကြောင်းများ။
မှတ်ချက်- Nature၊ Cell နှင့် Science စီးရီးဂျာနယ်များတွင် ထုတ်ဝေသည့် ဆောင်းပါးများ၏ ခေါင်းစဉ်များကို ရှာဖွေရန် အဓိကစကားလုံးအဖြစ် "pan-genome" ကို အသုံးပြုရခြင်း၏ ရလဒ်ကို ပုံတွင် ပြသည်
aနမူနာများစွာမှဖတ်ချက်များကို အကိုးအကားတစ်ခုသို့ လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေပြီး မညီညွတ်သောအရာများကို ဝတ္ထုဆက်နွယ်မှုအဖြစ် စုစည်းထားသည်။မူရင်းကိုးကားမှုအစီအစဥ်တွင် ဤဝတ္ထုဆက်တွဲများကို ပေါင်းထည့်ခြင်းဖြင့်၊ pangenome ရည်ညွှန်းချက်ကို တည်ဆောက်နိုင်သည်။Pangenome သို့ ပြန်ဖတ်သည့် အားလုံးကို မြေပုံဆွဲခြင်းအပေါ် အခြေခံ၍ အသုံးပြုနိုင်သော ဒေသများကို ဆုံးဖြတ်သည်။
ခမျိုးစုံပါဝင်မှုရှိသော ဂျီနိုအာများ၏ ဒီနိုဗိုစုဝေးမှုသည် သုံးစွဲနိုင်သော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် ဂျီနိုမိုညှိမှုချဉ်းကပ်မှုတစ်ခုလုံးကို ခွင့်ပြုပေးသည်။
ဂ။pan-genome ဂရပ်ကို ဂရပ်မှတစ်မူထူးခြားသောလမ်းကြောင်းများအဖြစ် dispensable regions ၏ကွဲပြားသောအချက်အလက်များကို ထိရောက်စွာသိမ်းဆည်းပေးသည့် genome alignments တစ်ခုလုံးမှ သို့မဟုတ် de novo ဂရပ်ဖစ်စုစည်းမှုဖြင့် တည်ဆောက်နိုင်ပါသည်။
Pan-genome ကို ဘယ်လိုတည်ဆောက်မလဲ။
ပုံ 2 pan-genome ချဉ်းကပ်မှုများကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်း။၁
aနမူနာများစွာမှဖတ်ချက်များကို အကိုးအကားတစ်ခုသို့ လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေပြီး မညီညွတ်သောအရာများကို ဝတ္ထုဆက်နွယ်မှုအဖြစ် စုစည်းထားသည်။မူရင်းကိုးကားမှုအစီအစဥ်တွင် ဤဝတ္ထုဆက်တွဲများကို ပေါင်းထည့်ခြင်းဖြင့်၊ pangenome ရည်ညွှန်းချက်ကို တည်ဆောက်နိုင်သည်။Pangenome သို့ ပြန်ဖတ်သည့် အားလုံးကို မြေပုံဆွဲခြင်းအပေါ် အခြေခံ၍ အသုံးပြုနိုင်သော ဒေသများကို ဆုံးဖြတ်သည်။
ခမျိုးစုံပါဝင်မှုရှိသော ဂျီနိုအာများ၏ ဒီနိုဗိုစုဝေးမှုသည် သုံးစွဲနိုင်သော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် ဂျီနိုမိုညှိမှုချဉ်းကပ်မှုတစ်ခုလုံးကို ခွင့်ပြုပေးသည်။
ဂ။pan-genome ဂရပ်ကို ဂရပ်မှတစ်မူထူးခြားသောလမ်းကြောင်းများအဖြစ် dispensable regions ၏ကွဲပြားသောအချက်အလက်များကို ထိရောက်စွာသိမ်းဆည်းပေးသည့် genome alignments တစ်ခုလုံးမှ သို့မဟုတ် de novo ဂရပ်ဖစ်စုစည်းမှုဖြင့် တည်ဆောက်နိုင်ပါသည်။
မကြာသေးမီက ထုတ်ဝေခဲ့သော Pan-genomes
● မုဒိမ်းမှုဝေ့ဂျီနိုမ်၂
● ခရမ်းချဉ်သီးဝေ့ဂျီနို 3
● ဆန်ပန်-ဂျီနိုမ်၄
● နေကြာပန်-ဂျီနို၅
● ပဲပုပ်ပန်ဂျီနို 6
● ဆန်ပန်ဂျီနို၇
● မုယောပန်-ဂျီနိုအာ၈
● ဂျုံပန်ဂျီနို၉
● Sorghum Pan-genome၁၀
● Phytoplankton ပန်ဂျီနို၁၁
အကိုးအကား
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes များသည် ရည်ညွှန်းချက်အသစ်များဖြစ်သည်။နတ်အပင်များ။2020; 6(8):914-920။doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. သီချင်း JM၊ Guan Z၊ Hu J၊ et al။အရည်အသွေးမြင့် ဂျီနိုမ်ရှစ်ခုသည် Brassica napus ၏ ပန်ဂျီနိုဗိသုကာနှင့် ဂေဟစနစ်ကွဲပြားမှုကို ဖော်ပြသည်။နတ်အပင်များ။2020;၆(၁):၃၄-၄၅။doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L၊ Gonda I၊ Sun H၊ et al။ခရမ်းချဉ်သီး pan-genome သည် မျိုးဗီဇအသစ်များနှင့် သစ်သီးအရသာကိုထိန်းညှိပေးသည့် ရှားပါး allele ကို တွေ့ရှိသည်။နတ် Genet။2019;51(6):1044-1051။doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q၊ Feng Q၊ Lu H၊ et al။Pan-genome ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် စိုက်ပျိုးထားသော နှင့် တောရိုင်းဆန်များတွင် မျိုးဗီဇကွဲလွဲမှု၏ အတိုင်းအတာကို မီးမောင်းထိုးပြသည် [ထုတ်ဝေသော ပြင်ဆင်ချက်ကို Nat Genet တွင် တွေ့ရပါသည်။2018 သြဂုတ်;50(8):1196]။နတ် Genet။2018;50(2):278-284။doi-10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S၊ Bercovich N၊ Todesco M၊ et al။နေကြာပန်း-ဂျီနိုမ် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် မျိုးစပ်ခြင်းမှ မျိုးဗီဇပါဝင်မှုနှင့် ရောဂါခံနိုင်ရည်ကို ပြောင်းလဲစေကြောင်း ပြသသည်။နတ်အပင်များ။2019;5(1:54-62)။doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.တောရိုင်းနှင့် စိုက်ပျိုးထားသော ပဲပိစပ်၏ ပန်ဂျီနိုမီ။ဆဲလ်။2020;182(1):162-176.e13။doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားသော စပါးဝင်ရောက်မှု 33 ခု၏ ပန်ဂျီနိုမ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် လျှို့ဝှက်မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုများကို ဖော်ပြသည် [ပုံနှိပ်အွန်လိုင်းတွင် 2021 ခုနှစ် မေလ 25 ရက်နေ့မတိုင်မီ ထုတ်ပြန်]။ဆဲလ်။2021;S0092-8674(21)00581-X။doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.မုယောစပါး-ဂျီနိုမီသည် မျိုးပွားခြင်း၏ လျှို့ဝှက်ထားသော အမွေအနှစ်များကို ဖော်ပြသည်။သဘာဝ။2020;588(7837):284-289။doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S၊ Gao L၊ Monat C၊ et al။ဂျုံမျိုးရိုးဗီဇအများအပြားသည် ခေတ်မီမျိုးပွားမှုတွင် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာကွဲလွဲမှုကို ဖော်ပြသည်။သဘာဝ။2020;588(7837):277-283။doi-10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y၊ Luo H၊ Xu J၊ et al။စိုက်ပျိုးထားသော စပါးမျိုးနှင့် အရိုင်းဆန်စပါး၏ ပန်ဂျီနိုမိုအတွင်း ကျယ်ပြန့်သော ကွဲပြားမှု [ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေခြင်းမတိုင်မီ အွန်လိုင်း၊ 2021 မေလ 20]။နတ်အပင်များ။2021;10.1038/s41477-021-00925-x။doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X၊ Qiu H၊ Han W၊ et al။Phytoplankton pangenome သည် ကျယ်ပြန့်သော prokaryotic horizontal gene transfer of diverse functions ကိုဖော်ပြသည်။Sci Adv.2020;6(18):eaba0111။ထုတ်ဝေသည့် 2020 ခုနှစ် ဧပြီလ 29 ရက်။ doi:10.1126/sciadv.aba0111
စာတိုက်အချိန်- Jan-04-2022