GENOME Evolution
သဘာဝ
ဆက်သွယ်မှု
ဂျီနိုမ်အစီအစဥ်များသည် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာပြန့်ကျဲနေသောလမ်းကြောင်းများကိုဖော်ပြပြီး ပင်လယ်မြင်းများဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်တွင် ပေါင်းစပ်မျိုးဗီဇလိုက်လျောညီထွေဖြစ်မှုများကို အကြံပြုသည်။
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု |လူဦးရေစာရင်းမှတ်တမ်း |Gene Flow
Pacbio sequencing၊ genome de novo assembly နှင့် မှတ်ချက်ပေးခြင်း ဝန်ဆောင်မှုများကို Biomarker Technologies မှ ပံ့ပိုးပေးပါသည်။
ပေါ်လွင်သည်။
1. အရည်အသွေးမြင့် ခရိုမိုဆုန်းအဆင့် ပင်လယ်မြင်း (Hippocampus erectus) ၏ 15.5 Mb ၏ contig N50 ပါသော ဂျီနိုမ်ကို ရရှိခဲ့သည်။
2. ကမ္ဘာတစ်ဝှမ်းရှိ ပင်လယ်မြင်းမျိုးစိတ် 21 မျိုးမှ စုစုပေါင်း 358 ဂျီနိုမ်ကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခဲ့သည်။
3. Oligocene နှောင်းပိုင်းတွင် ဖြစ်ပေါ်လာသော ပင်လယ်မြင်းများနှင့် နောက်ဆက်တွဲ ပတ်၀န်းကျင်-ကမ္ဘာ့ကိုလိုနီပြုခြင်းလမ်းကြောင်းများကို ဖော်ထုတ်ပြီး သမုဒ္ဒရာရေစီးကြောင်းများတွင် ပြောင်းလဲနေသော ဒိုင်းနမစ်များနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။
4. ထပ်တလဲလဲ "အရိုးကျောရိုးများ" ၏မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံသည် သော့ချက်ဖွံ့ ဖြိုးမှုဗီဇတစ်ခုတွင် သီးခြားအစားထိုးမှုများနှင့် ဆက်စပ်နေသည်။
5. သမုဒ္ဒရာရေစီးကြောင်းများမှတဆင့် ဖောင်စီးခြင်းသည် ညံ့ဖျင်းသောပြန့်ကျဲမှုကို လျော်ကြေးပေးပြီး လျင်မြန်စွာလိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် နေထိုင်ရာအသစ်များကို နယ်ချဲ့ရန် ကူညီပေးသည်။
အောင်မြင်မှုများ
ပုံ ၁။
aခရိုမိုဆုန်း 22 ခုရှိ ပင်လယ်မြင်းမျိုးစိတ် 21 မျိုး၏ နူကလီးအိုတိုက်ကွဲပြားမှု (π) ပုံစံများဖြင့် နမူနာယူထားသော ပင်လယ်မြင်းများအတွက် ပထဝီဝင်နမူနာတည်နေရာများ။b genome-wide SNPs များဖြင့် တည်ဆောက်ထားသော အိမ်နီးချင်းသစ်ပင်သည် ပင်လယ်မြင်း ၃၅၈ ကောင်ရှိသည်။(က) ရှိ တည်နေရာ ပင်နံပါတ်သင်္ကေတများနှင့် (ခ) ရှိ ဌာနခွဲနောက်ခံများသည် တစ်ခုနှင့်တစ်ခု ဆက်စပ်နေသည်။
ပုံ 2 ကိုလိုနီပြုခြင်းနှင့် ပင်လယ်မြင်းများ၏ လူဦးရေစာရင်း
aပင်လယ်မြင်းမျိုးစိတ် ၂၁ မျိုးအတွက် ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်နှင့် ကွဲပြားသည့်အချိန်ကို ခန့်မှန်းသည်။အကိုင်းအခက်မျဉ်းအထူသည် လူဦးရေ အရွယ်အစား ခန့်မှန်းချက် (Ne) နှင့် ကိုက်ညီပြီး အရောင်များသည် မျိုးရိုးအလိုက် ကွဲပြားသည်။သင်္ကေတများ I–III သည် ချိန်ညှိခြင်းအမှတ်များကို ညွှန်ပြသည်။b–d ကွဲပြားသည့်အချိန်၊ ဖြန့်ဖြူးမှု၊ ကွဲလွဲမှုဖြစ်ရပ်များနှင့် သမုဒ္ဒရာရေစီးကြောင်းများ (မြှားဖြူများ) ကို အခြေခံ၍ ပင်လယ်မြင်းများ၏ ကိုလိုနီပြုလမ်းကြောင်းများ (ရောင်စုံမြှားများ) ကို ခန့်မှန်းထားသည်။b Indo-Australian ကျွန်းစုသည် ပင်လယ်မြင်းများ 18-23 Ma တွင် ကွဲပြားပြီး တစ်ကမ္ဘာလုံးသို့ ပြန့်ကျဲမသွားမီတွင် Hippocampus မျိုးစု၏ မူလအစ (အနီရောင် အမှတ်အသား) ဖြစ်ခဲ့သည်။c ပင်လယ်မြင်းများသည် အစပိုင်းတွင် အတ္တလန္တိတ်သမုဒ္ဒရာကို အဖွင့် Tethyan ပင်လယ်လမ်းဖြင့် နယ်ချဲ့ခဲ့ပြီး၊ ၎င်းပိတ်သိမ်းပြီးနောက် (7-13 Ma အတွင်း) သည် ဤ Tethyan မျိုးရိုးကို ၎င်း၏ အိန္ဒိယသမုဒ္ဒရာညီအစ်မမျိုးရိုးမှ ခွဲထုတ်ခဲ့သည်။နောက်ပိုင်းတွင်၊ နောက်ပိုင်းတွင် အာရေဗျပင်လယ်တွင် လျင်မြန်စွာ ကွဲပြားခြားနားသော (အဝါရောင်အမှတ်အသား) သည် ပင်လယ်မြင်းများ ကွဲပြားခြင်း၏ ဒုတိယဗဟိုချက်ကို တည်ထောင်ခဲ့သည်။ဃ အတ္တလန္တိတ်သမုဒ္ဒရာ၏ ဒုတိယမြောက် ပင်လယ်မြင်းကိုလိုနီပြုခြင်းဖြစ်စဉ်သည် 5Ma ခန့် အိန္ဒိယသမုဒ္ဒရာမှ တောင်အာဖရိကစွန်းပိုင်းကို ဖြတ်ကာ နောက်ဆုံးတွင် ပွင့်လင်းဆဲ ပနားမားပင်လယ်လမ်းကိုဖြတ်၍ 3.6 Ma ခန့် အရှေ့ပစိဖိတ်သမုဒ္ဒရာသို့ ရောက်ရှိခဲ့သည်။
ပုံ 3 ထိရောက်သောလူဦးရေအရွယ်အစားရှိ မျိုးရိုးဗီဇစီးဆင်းမှုနှင့် အတက်အကျများ
aတောင်အတ္တလန္တိတ်သမုဒ္ဒရာတွင် နေထိုင်သည့် မျိုးစိတ်များကြားတွင် မျိုးဗီဇစီးဆင်းမှုကို တွေ့ရှိခဲ့သည်။G-PhoCS မှနုတ်ယူထားသော ရွှေ့ပြောင်းမှုနှုန်းအဖြစ် မျိုးရိုးဗီဇစီးဆင်းမှုကို အဖြူရောင်မျဉ်းများအနီးတွင် ပြသထားသည်။မြှားများ၏အထူနှင့်ဦးတည်ချက်သည် မျိုးရိုးဗီဇစီးဆင်းမှုနှုန်းနှင့် ဦးတည်ချက်တို့နှင့် သက်ဆိုင်ပါသည်။b PSMC ၏ထိရောက်သောလူဦးရေပမာဏအတက်အကျများ။x ဝင်ရိုးသည် လက်ရှိအချိန်မတိုင်မီ နှစ်များကို ကိုယ်စားပြုပြီး y ဝင်ရိုးသည် ထိရောက်သော လူဦးရေအရွယ်အစားကို ကိုယ်စားပြုသည်။ဇယားများကို မျိုးစိတ်တစ်ခုစီအတွက် ပထဝီဝင် ဖြန့်ဖြူးမှုအရ အဓိကအားဖြင့် ကွဲပြားသော ဖြန့်ဖြူးရေးနယ်မြေများရှိသည်။c လွန်ခဲ့သည့်နှစ်ပေါင်း ၁ ဒသမ ၃၃ အတွင်း ပင်လယ်ရေမျက်နှာပြင် ပြောင်းလဲမှု။အဝါရောင်မျဉ်းသည် နောက်ဆုံးကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာကြားမှ တောင်ထွတ်ကို ညွှန်ပြသော်လည်း စိမ်းပြာရောင်သည် နောက်ဆုံးရေခဲပြင်အများဆုံးကာလကို ညွှန်ပြသည်။
ပုံ 4 ကျောရိုးများ၏ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်။
aဘယ်ဘက်၊ ပင်လယ်မြင်းများတွင် ကျောရိုးများ၏ သီးခြားဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကို ပြသသည့် မျိုးစိတ်သစ်ပင်။အကိုင်းအခက်အရှည်သည် ဆိုက်တစ်ခုလျှင် အစားထိုးမှုအရေအတွက်ကို ဖော်ပြသည်။ကျောရိုးရှိသော ပင်လယ်မြင်းမျိုးစိတ်လေးမျိုးကို အပြာရောင်ဖြင့် မီးမောင်းထိုးထားသည်။ပိုထူသောအကိုင်းအခက်များသည် bmp3 မျိုးဗီဇအတွက် အဓိပ္ပါယ်တူမဟုတ်သော တူညီသောအစားထိုးမှုများ (dN/dS) ၏ မြင့်မားသောနှုန်းထားများနှင့် ကိုက်ညီပါသည်။bmp3 မျိုးဗီဇအတွက် Canonical and generalized McDonald and Kreitman test (MKT) သည် ကွဲပြားသောကျောရိုးနှင့် ကျောရိုးမဟုတ်သောအင်္ဂါရပ်များဖြင့် နောက်ခံအရောင်များဖြင့် မီးမောင်းထိုးပြထားသည့်အတွဲလိုက်ညီအစ်မမျိုးစိတ်သုံးမျိုးအတွက် လုပ်ဆောင်ခဲ့ပြီး အဓိပ္ပာယ်အဆင့်များကို အပြာနှင့်အနီဖောင့်ဖြင့် အသီးသီးဖော်ပြခဲ့သည်။မှန်သည်၊ bmp3 ပရိုတိန်းတွင် အမိုင်နိုအက်ဆစ်အစားထိုးမှုများ၊ ကျောရိုးပင်လယ်မြင်းများရှိ ပိုလီမိုရစ်နှင့် ပုံသေအစားထိုးမှုများကို အနီရောင်နှင့် အပြာရောင် စက်ဝိုင်းများဖြင့် ဖော်ပြထားသည်ကို တွေ့ရပါသည်။b ကျောရိုးမဟုတ်သောမျိုးစိတ်များနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက ကျောရိုးပင်လယ်မြင်းများတွင် bmp3 တွင် dN/dS တန်ဖိုးများ ဖြန့်ဝေခြင်း။c bmp3 ဖြင့် ကုဒ်လုပ်ထားသော ပရိုတင်းအတွက် ပြန်လည်တည်ဆောက်ထားသော ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်တွင် အမှီအခိုကင်းသော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်။d Hippocampus erectus ရှိ bmp3 ၏ ပေါင်းစပ်ဖွဲ့စည်းမှုတွင် situ ရှိ တောင်တစ်ခုလုံး။
အကိုးအကား
Li C et al ။ဂျီနိုမ်အစီအစဥ်များသည် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ ပြန့်ကျဲနေသောလမ်းကြောင်းများကို ဖော်ပြပြီး ပင်လယ်မြင်းများဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်တွင် ပေါင်းစပ်မျိုးဗီဇလိုက်လျောညီထွေဖြစ်မှုများကို အကြံပြုသည်။နတ်ကွန်မြူန။2021 ဖေဖော်ဝါရီ 17;12(1):1094။
သတင်းများနှင့် ပေါ်လွင်ချက်များ Biomarker Technologies နှင့် နောက်ဆုံးအောင်မြင်သော ကိစ္စများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပြီး၊ ဆန်းသစ်သော သိပ္ပံနည်းကျ အောင်မြင်မှုများကို ဖမ်းယူကာ လေ့လာမှုအတွင်း အသုံးပြုသည့် ထင်ရှားသော နည်းပညာများကို ဖမ်းယူရန် ရည်ရွယ်သည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-06-2022