High-throughput genotyping၊ အထူးသဖြင့် ကြီးမားသောလူဦးရေတွင်၊ သည် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်စပ်လေ့လာမှုများ အတွက် အခြေခံအဆင့်ဖြစ်ပြီး လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇရှာဖွေတွေ့ရှိမှု၊ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုစသည်တို့အတွက် မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ နက်နဲသော ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံး ပြန်လည်စီစစ်ခြင်းအစား၊ လျှော့ချထားသော ဂျီနိုမ် ကိုယ်စားပြုမှု (RRGS) မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားရှာဖွေတွေ့ရှိမှုတွင် ကျိုးကြောင်းဆီလျော်သော စွမ်းဆောင်ရည်ကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ် နမူနာတစ်ခုလျှင် စီတန်းခြင်းကုန်ကျစရိတ်ကို လျှော့ချရန် ) ကို မိတ်ဆက်ပေးခဲ့သည်။လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြုစာကြည့်တိုက် (RRL) ဟု အမည်ပေးထားသည့် အရွယ်အစားအပိုင်းအခြားအတွင်း ကန့်သတ်ချက်အပိုင်းအစကို ထုတ်ယူခြင်းဖြင့် ၎င်းကို ယေဘုယျအားဖြင့် ရရှိနိုင်သည်။Specific-locus amplified fragment sequencing(SLAF-Seq) သည် de novo SNP ရှာဖွေတွေ့ရှိမှုနှင့် ကြီးမားသောလူဦးရေ၏ SNP genotyping အတွက် ကိုယ်တိုင်ဖန်တီးထားသော နည်းဗျူဟာတစ်ခုဖြစ်သည်။
နည်းပညာဆိုင်ရာလုပ်ငန်းအသွားအလာ
SLAF နှင့် လက်ရှိ RRL နည်းလမ်းများ
SLAF ၏အားသာချက်များ
မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသား ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု စွမ်းဆောင်ရည် မြင့်မားသည်။- မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲနည်းပညာဖြင့် ပေါင်းစပ်ထားသော SLAF-Seq သည် မတူကွဲပြားသော သုတေသနပရောဂျက်များ၏ တောင်းဆိုချက်ကို ဖြည့်ဆည်းရန်အတွက် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးတွင် ရှာဖွေတွေ့ရှိထားသည့် တံဆိပ်ပေါင်းရာပေါင်းများစွာကို ရရှိနိုင်သည်။
စိတ်ကြိုက် & ပြောင်းလွယ်ပြင်လွယ် စမ်းသပ်ထားသော ဒီဇိုင်း- မတူညီသော သုတေသန ရည်မှန်းချက် သို့မဟုတ် မျိုးစိတ်များအတွက်၊ မတူညီသော အင်ဇိုင်းအစာချေမှုဗျူဟာများကို single-enzyme၊ dual-enzyme နှင့် multi-enzyme digestion အပါအဝင် ရရှိနိုင်ပါသည်။အကောင်းဆုံးအင်ဇိုင်းပုံစံကို သေချာစေရန်အတွက် အစာချေမှုဗျူဟာကို ဆီလီကိုတွင် ကြိုတင်အကဲဖြတ်ပါမည်။
အင်ဇိုင်းဖြင့် အစာချေရာတွင် ထိရောက်မှု မြင့်မားသည်။- ကြိုတင်ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသော အင်ဇိုင်းအစာခြေခြင်းသည် ခရိုမိုဆုန်းပေါ်ရှိ SLAF များကို အညီအမျှခွဲဝေပေးပါသည်။အပိုင်းအစများ စုဆောင်းမှု ထိရောက်မှု 95% ကျော် အောင်မြင်နိုင်သည်။
ထပ်တလဲလဲ အစီအစဥ်ကို ရှောင်ကြဉ်ပါ။- SLAF-Seq ဒေတာရှိ ထပ်တလဲလဲအစီအစဥ်၏ ရာခိုင်နှုန်းကို အထူးသဖြင့် ဂျုံ၊ ပြောင်း စသည်ဖြင့် ထပ်တလဲလဲဒြပ်စင်များ အဆင့်မြင့်မားသောမျိုးစိတ်များတွင် 5% အောက်သို့ လျှော့ချထားသည်။
ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော bioinformatic အလုပ်အသွားအလာ- BMK သည် နောက်ဆုံးထွက်ရှိမှု၏ ယုံကြည်စိတ်ချရမှုနှင့် တိကျမှုကိုသေချာစေရန် SLAF-Seq နည်းပညာအတွက် ပေါင်းစပ်ထားသော bioinformatic workflow ကို တီထွင်ခဲ့သည်။
SLAF ၏လျှောက်လွှာ
မျိုးရိုးဗီဇချိတ်ဆက်မှုမြေပုံ
သိပ်သည်းဆမြင့်သော မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံတည်ဆောက်မှုနှင့် Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat ။)
ဂျာနယ်- ပန်းမာန်သုတေသန ထုတ်ဝေသည်- 2020.7
GWAS
ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ပေါင်းစည်းမှုနှင့် ချိတ်ဆက်မှုမြေပုံထုတ်ခြင်းကို အသုံးပြု၍ ပဲပုပ်စေ့များတွင် isofavone ပါဝင်မှုနှင့် ဆက်စပ်နေသော ဗီဇကို ဖော်ထုတ်ခြင်း
ဂျာနယ်- the Plant Journal ထုတ်ဝေသည်- 2020.08
Evolutionary မျိုးရိုးဗီဇ
လူဦးရေ မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ဒီနိုဗိုစုဝေးမှုသည် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဂိမ်းတစ်ခုအဖြစ် ပေါင်းပင်၏မူလအစကို ဖော်ပြသည်။
ဂျာနယ်- မော်လီကျူးအပင် ထုတ်ဝေမှု- 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
Sulfotransferase ကို ကုဒ်လုပ်သည့် GmST1 သည် ပဲပုပ် mosaic virus မျိုးကွဲ G2 နှင့် G3 ကို ခံနိုင်ရည်ရှိစေသည်
ဂျာနယ်- အပင်၊ ဆဲလ်နှင့် ပတ်ဝန်းကျင် ထုတ်ဝေမှု- 2021.04
အကိုးအကား
Sun X၊ Liu D၊ Zhang X၊ et al။SLAF-Seq- high-throughput sequencing[J] ကို အသုံးပြု၍ ကြီးမားသော de novo SNP ရှာဖွေတွေ့ရှိမှုနှင့် မျိုးရိုးလိုက်ခြင်း၏ ထိရောက်သောနည်းလမ်း။Plos one၊ 2013၊ 8(3):e58700
သီချင်း X၊ Xu Y၊ Gao K၊ et al။သိပ်သည်းဆမြင့်သော မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံတည်ဆောက်မှုနှင့် Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat။) ရှိ ပန်းအမျိုးအစား စရိုက်များကို ထိန်းချုပ်သည့် loci ကို ဖော်ထုတ်ခြင်း။Hortic Res2020; ၇:၁၀၈။
Wu D၊ Li D၊ Zhao X၊ et al။ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သောအသင်းအဖွဲ့နှင့် ချိတ်ဆက်မှုမြေပုံထုတ်ခြင်းတို့ကို အသုံးပြု၍ ပဲပုပ်စေ့များတွင် isoflavone ပါဝင်မှုနှင့် ဆက်စပ်နေသော ဗီဇကို ဖော်ထုတ်ခြင်း။စက်ရုံ J. 2020;104(4): 950-963။
Sun J, Ma D, Tang L, et al.လူဦးရေ မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် De Novo စည်းဝေးပွဲသည် Weedy Rice ၏ မူလအစကို ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဂိမ်းတစ်ခုအဖြစ် ဖော်ပြသည်။Mol စက်ရုံ။2019;12(5):632-647။Mol စက်ရုံ။2018;၁၁(၁၁):၁၃၆၀-၁၃၇၆။
Zhao X၊ Jing Y၊ Luo Z၊ et al။sulfotransferase ကို ကုဒ်လုပ်သည့် GmST1 သည် ပဲပုပ် mosaic virus မျိုးကွဲ G2 နှင့် G3 ကို ခံနိုင်ရည်ရှိစေပါသည်။အပင်ဆဲလ်ပတ်ဝန်းကျင်။2021;10.1111/pce.14066
စာတိုက်အချိန်- Jan-04-2022