လူသားမျိုးရိုးဗီဇများ
သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ
ရှည်လျားစွာဖတ်ထားသော စီတန်းခြင်းသည် NOTCH2NLC တွင် GGC ထပ်တလဲလဲ ချဲ့ထွင်မှုများကို အာရုံကြောအတွင်း၌ နျူကလီးယားပါဝင်မှုရောဂါနှင့် ဆက်စပ်နေပါသည်။
ONT ပြန်လည်လုပ်ဆောင်နေသည် |Illumina |exome sequence တစ်ခုလုံး |CRISPR-Cas9 ONT ပစ်မှတ်ထားသော sequencing |RNA-seq |ONT 5mC methylation ခေါ်ဆိုခြင်း။
ပေါ်လွင်သည်။
1. ကြီးမားသော NIID မိသားစုအပေါ် ချိတ်ဆက်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် ချိတ်ဆက်ထားသော ဒေသနှစ်ခုကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။
2.ONT-based long-read sequencing နှင့် Cas-9 mediated enrichment ONT sequencing သည် NIID, GGC ၏ 5′ UTR ၏ 5′ UTR ၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အလားအလာကို ရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့သည်။ဤလေ့လာမှုသည် အပိုင်းပိုင်းထပ်ပွားခြင်းမှတစ်ဆင့် ပြောင်းလဲလာသော ပထမဆုံးအကြိမ်အဖြစ် လူတစ်ဦးချင်းအလိုက် မျိုးဗီဇများတွင် ထပ်ခါတလဲလဲ တိုးချဲ့မှုကို အစီရင်ခံခဲ့သည်။
3.RNA စီစစ်ခြင်းသည် အစပိုင်းတွင် ပုံမှန်မဟုတ်သော ဆန့်ကျင်ဘက် စာသားမှတ်တမ်းများကို NOTCH2NLC ရှိ GGC ထပ်တလဲလဲ ချဲ့ထွင်ထားသော ဒေသများအတွင်း၌ ထင်ရှားစေသည်။
နောက်ခံ
Neuronal intranuclear inclusion disease (NIID) သည် အာရုံကြောစနစ်များတွင် eosinophilic hyaline intranuclear ပါဝင်သော eosinophilic hyaline intranuclear ပါဝင်မှုကြောင့် ထင်ရှားပြီး ပြင်းထန်ပြီး သေစေသော အာရုံကြောဆိုင်ရာ ရောဂါတစ်မျိုးဖြစ်သည်။၎င်း၏ အလွန်ပြောင်းလဲနိုင်သော လက်တွေ့လက္ခဏာများသည် အရေပြားအသားစဥ်စစ်ဆေးခြင်းကို နိဒါန်းမစမီအထိ ရောဂါရှာဖွေရာတွင် ကြီးမားသောအခက်အခဲများ ပေါ်ပေါက်စေသည်။သို့ရာတွင်၊ NIID ၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ နားလည်မှုပေးရန် တောင်းဆိုနေသည့် histopathology-based method များသည် misdiagnosis တွင် ခံစားနေရဆဲဖြစ်သည်။
အောင်မြင်မှုများ
ချိတ်ဆက်မှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
SHort-read sequencing ကို အခြေခံထားသော ဂျီနိုမ် ပေါင်းစပ်ခြင်း (WGS) နှင့် တစ်ခုလုံး exome sequencing (WES) ကို NIID မိသားစုကြီး (ထိခိုက်မှု 13 နှင့် ထိခိုက်မှုမရှိသော အဖွဲ့ဝင် 7 ဦး) တွင် လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်။ဤဒေတာမှထုတ်နုတ်ထားသော SNPs ဆိုင်ရာ လင့်ခ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ချိတ်ဆက်ထားသောဒေသနှစ်ခုသာ ဖော်ပြခဲ့သည်- 1p36.31-p36.22 (အမြင့်ဆုံး LOD=2.32) တွင် 3.5 Mb ဒေသ နှင့် 1p22.1-q21.3 တွင် 58.1 Mb ဒေသ (အမြင့်ဆုံး LOD: 4.21 )သို့သော် ဤချိတ်ဆက်ထားသော ဒေသများတွင် ရောဂါဖြစ်စေနိုင်သော SNPs သို့မဟုတ် CNVs များကို မတွေ့ရှိရပါ။
GGC သည် NOTCH2NLC တွင် ထပ်ခါထပ်ခါ တိုးချဲ့မှုများ
Nထိခိုက်မှု 13 ခုနှင့် မိသားစု 8 ခုမှ ထိခိုက်မှုမရှိသော အဖွဲ့ဝင် 4 ဦး (အခြားထိခိုက်မှုအဖွဲ့ဝင်ကို Pacbio long read sequencing platform ဖြင့် စီစစ်ထားပါသည်။)ရှည်လျားစွာဖတ်ထားသောဒေတာသည် 58.1 Mb ချိတ်ဆက်ထားသောဒေသသို့ NOTCH2NLC မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံ၏ 5′ UTR တွင် GGC နှင့်ဆက်စပ်သောရောဂါကို ထပ်ခါတလဲလဲချဲ့ထွင်ဖော်ပြခဲ့သည် (ပုံ 1)။RP-PCR မှ စမ်းသပ်ထားသော ကြိုကြားကြိုကြား NIID အမှုပေါင်း 40 တွင် ဤထပ်တလဲလဲ ချဲ့ထွင်မှုများကိုလည်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။
CNOTCH2NLC ထပ်ခါထပ်ခါ (100 X-1,795 X) တွင် ပိုမိုမြင့်မားသော ဖတ်ရှုလွှမ်းခြုံမှုရရှိစေရန် နာနိုပလတ်ဖောင်းပေါ်တွင် ဖျန်ဖြေပေးသောပစ်မှတ်ကို စီတန်းခြင်းအဖြစ်-9 ကို အသုံးပြုခဲ့သည်။GGC တွင် ထပ်ခါတလဲလဲ ချဲ့ထွင်ခြင်းဆိုင်ရာ ယခင်တွေ့ရှိချက်များနှင့် ဤသဘောတူညီချက်သည် ကောင်းစွာသဘောတူပါသည်။ထို့အပြင်၊ {(GGA)n (GGC)n}n အထပ်ထပ်များကို အားနည်း-လွှမ်းမိုးသော ဖီနိုအမျိုးအစားအတွက် ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားတစ်ခုအဖြစ် သတ်မှတ်ခဲ့သည် (ပုံ 2)။
ပုံ 1. NOTCH2NLC isoforms ၏ exon 1 တွင် ခွဲခြားသတ်မှတ်ထားသော ထပ်ခါတလဲလဲ ချဲ့ထွင်မှုဆိုင်ရာ ရောဂါဆက်စပ်။
ပုံ 2။ NPTCH2NLC ၏ သဘောတူညီမှု လုပ်ငန်းစဉ်များသည် NIID လူနာများတွင် (*) သို့မဟုတ် အားနည်း-ကြီးစိုးသော ဖီနိုအမျိုးအစားမရှိဘဲ ထပ်တလဲလဲ၊
NOTCH2NL မျိုးဗီဇများသည် လူ့ဦးနှောက်ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် အာရုံကြောဆိုင်ရာရောဂါများတွင် အရေးပါသောအခန်းကဏ္ဍမှပါဝင်သည်ဟု ယူဆရသည့် လူသားသီးသန့်ဗီဇများဖြစ်သည်။သို့သော်၊ 99.1% sequence အထောက်အထားရှိသော NOTCH2 ဆက်စပ်သော ဗီဇသုံးမျိုး (NOTCH2NLA၊ NOTCH2NLB နှင့် NOTCH2NLC) သည် နောက်ဆုံးလူသားဂျီနိုမ်စုစည်းမှုအထိ မဖြေရှင်းနိုင်ပါ။နာနိုပရီပလက်ဖောင်းပေါ်တွင် ပေါင်းစပ်ခြင်းမရှိဘဲ ရှည်လျားစွာဖတ်နိုင်သော ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် မြင့်မားသောဆင်တူမှုရှိသော ဒေသများကို ဖြေရှင်းရာတွင် ထင်ရှားသော အားသာချက်များကို ပြသခဲ့ပြီး (GGC)n သည် 100% GC ကြွယ်ဝသဖြင့် ထပ်ခါတလဲလဲ ပြုလုပ်ခဲ့သည်။
GGC သည် NOTCH2NLC တွင် ထပ်ခါထပ်ခါ တိုးချဲ့မှုများ
Transcriptome sequencing ကို ထိခိုက်သူ 2 ဦးနှင့် ထိခိုက်မှုမရှိသော အဖွဲ့ဝင် 2 ဦးတွင် လုပ်ဆောင်ခဲ့သည်။Normalized read depth ကို NOTCH2NL paralog များ၏ ပထမ exons ၏ အထက်တွင် အာရုံနှင့် antisense strands ဖြင့် တွက်ချက်ပါသည်။ပုံမှန်မဟုတ်သော အာရုံခံစားမှုဆိုင်ရာ စာသားမှတ်တမ်းများကို အစပိုင်း သို့မဟုတ် ထပ်ခါထပ်ခါ ချဲ့ထွင်သည့်နေရာအတွင်း၌သာ တွေ့ရသည် (ပုံ 3 တွင် ခရမ်းရောင်အထွတ်အထိပ်များကို F1-14 နှင့် F1-16 တွင် တွေ့ရသည်)။ထို့အပြင်၊ 54 DEG များကို ဖော်ထုတ်ခဲ့ပြီး အာရုံကြောဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်ချက်များနှင့် ဆက်စပ်သော GO နှင့် MPO ဝေါဟာရများဖြင့် ကြွယ်ဝလာပါသည်။
ပုံ 3။ ထိခိုက်မှုမရှိသော (အထက်) နှင့် ထိခိုက်မှု (အောက်) ကိစ္စရပ်များတွင် NOTCH2NLC ၏ ပထမ exon ၏ အထက်တွင် ပုံမှန်ဖတ်ရှုမှုအတိမ်အနက်။
နည်းပညာ
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Nanopore sequencing သည် အခြားသော sequencing platform များနှင့် ကွဲပြားပြီး nucleotides များကို DNA ပေါင်းစပ်ခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်မပါဘဲ တိုက်ရိုက်ဖတ်နိုင်သောကြောင့်ဖြစ်သည်။ကြိုးမျှင် DNA တစ်ခုတည်းသည် နာနိုအရွယ် ပရိုတင်းပေါက် (nanopore) မှတဆင့် ဖြတ်သန်းသွားသောအခါ၊ မတူညီသော nucleotides များသည် ဖမ်းယူနိုင်ပြီး bases ၏ အစီအရီအဖြစ်သို့ ကူးပြောင်းနိုင်သော မတူညီသော nucleotides များကို ထုတ်ပေးပါသည်။ONT sequencing platform ကိုယ်တိုင်က DNA ဖတ်ခြင်း၏ အရှည်အပေါ် သိသာထင်ရှားသော နည်းပညာဆိုင်ရာ ကန့်သတ်ချက်ကို မပြပါ။ထို့ကြောင့်၊ Ultra-long reads (ULRs) ကို အရည်အသွေးမြင့် genome assembly အတွက် ရနိုင်ပါသည်။ထို့အပြင်၊ ရှုပ်ထွေးသော sequence features သို့မဟုတ် structural variation ကိုဖြတ်ကျော်ရန် လုံလောက်သော အလွန်ရှည်လျားသော ဤစာတိုဖတ်ခြင်းများသည် ဤနေရာတွင် short-read sequencing ၏ ကန့်သတ်ချက်များကို ကျော်လွှားရန် ကူညီပေးပါသည်။
နာနိုပရီ အစီအမံ
Structure variation (SV) ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း။
Sပုံစံပလိတ်ပေါ်ရှိ ကြီးမားစွာထိန်းသိမ်းထားသော DNA methylation အချက်အလက်ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းမရှိဘဲ ပေါင်းစပ်ခြင်း။မီသီလိတ် A၊ T၊ C နှင့် G သည် မီသိုင်းမပြုလုပ်ထားသော အိုင်ယွန်လျှပ်စီးကြောင်းများမှ ကွဲပြားသော အိုင်ယွန်လျှပ်စီးကြောင်းများကို ထုတ်လုပ်ပြီး ပလက်ဖောင်းမှ တိုက်ရိုက်ဖတ်နိုင်သည်။Nanopore စီစစ်ခြင်းသည် single-nucleotide resolution တွင် 5mC နှင့် 6mA နှစ်ခုလုံး၏ ဂျီနိုမ်ပရိုဖိုင်ကို အားကောင်းစေသည်။
အကိုးအကား
Jun Sone, et.အယ်လ်။ရှည်လျားသော စီတန်းဖတ်ခြင်း သည် NOTCH2NLC တွင် NOTCH2NLC တွင် GGC ထပ်တလဲလဲ ချဲ့ထွင်မှုများကို ဖော်ထုတ်ပေးပါသည်။သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ (2019)
နည်းပညာနှင့် ပေါ်လွင်ချက်များ သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ မတူညီသောအဆင့်မြင့်ဆင့်ကဲနည်းပညာများကို မကြာသေးမီက အောင်မြင်သောအသုံးချပလီကေးရှင်းများကို မျှဝေရန်နှင့် စမ်းသပ်ဒီဇိုင်းရေးဆွဲခြင်းနှင့် ဒေတာတူးဖော်ခြင်းတွင် တောက်ပသောစိတ်ကူးစိတ်သန်းများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပါသည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-06-2022