Metagenomic Sequencing-Nanopore
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● အရည်အသွေးမြင့် စုဝေးမှု- မျိုးစိတ်ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် လုပ်ငန်းဆောင်သော မျိုးဗီဇခန့်မှန်းမှု တိကျမှုကို မြှင့်တင်ပေးခြင်း
● ပိတ်ထားသော ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ် သီးခြားခွဲထုတ်ခြင်း။
● မတူကွဲပြားသော ဧရိယာများတွင် ပိုမိုအားကောင်းပြီး ယုံကြည်စိတ်ချရသော အပလီကေးရှင်း၊ ဥပမာ- ရောဂါဖြစ်ပွားစေသော အဏုဇီဝသက်ရှိများ သို့မဟုတ် ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးမှုဆိုင်ရာ မျိုးဗီဇများကို ရှာဖွေခြင်း
● နှိုင်းယှဉ် metagenome ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ပလပ်ဖောင်း | Sequencing | အကြံပြုထားသော အချက်အလက် | လှည့်ပတ်ချိန် |
| နာနိုပီးယား | ONT | 6 G/10 G | 65 အလုပ်လုပ်ရက် |
Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● Metagenome စည်းဝေးပွဲ
● မလိုအပ်သော ဗီဇအစုံနှင့် မှတ်ချက်
● မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● မျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်မှု ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● စမ်းသပ်မှုဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆန့်ကျင်ဘက်အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:
| နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ |
| DNA ထုတ်ယူမှုများ | 1-1.5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများအတွက်-
| နမူနာအမျိုးအစား | နမူနာယူခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်ကို အကြံပြုထားသည်။ |
| မြေဆီလွှာ | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ညှိုးနွမ်းနေသော အကြွင်းအကျန်များကို မျက်နှာပြင်မှ ဖယ်ရှားရန် လိုအပ်သည်။ကြီးမားသောအပိုင်းများကိုကြိတ်ပြီး 2 မီလီမီတာ filter ကိုဖြတ်သန်းပါ။ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cyrotube တွင် Aliquot နမူနာများ။ |
| မစင် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် နမူနာများကို စုဆောင်းပြီး aliquot လုပ်ပါ။ |
| အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာများ | နမူနာများကို ပိုးမွှားအခြေအနေအောက်တွင် လုပ်ဆောင်ရန် လိုအပ်သည်။စုဆောင်းထားသော တစ်ရှူးများကို PBS ဖြင့် ဆေးကြောပါ။PBS ကို ဗဟိုပြုပြီး EP-tubes များတွင် မိုးရေစက်များကို စုဆောင်းပါ။ |
| ပိုလစ် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် sludge နမူနာကို စုဆောင်းပြီး aliquot |
| ရေလောင်း | ပိုက်ရေ၊ ရေတွင်းရေစသည်ဖြင့် အကန့်အသတ်ရှိသော အဏုဇီဝနမူနာအတွက်၊ အနည်းဆုံး ရေ 1 L ကိုစုဆောင်းပြီး အမြှေးပါးပေါ်ရှိ ရောဂါပိုးမွှားများကြွယ်ဝစေရန် 0.22 μm ဇကာဖြင့်ဖြတ်သန်းပါ။အမြှေးပါးကို ပိုးမွှားပြွန်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ |
| အရေပြား | အရေပြားမျက်နှာပြင်ကို ပိုးသတ်ထားသော ဂွမ်းစ သို့မဟုတ် ခွဲစိတ်ဓားဖြင့် ဂရုတစိုက်ခြစ်ပြီး ပိုးမွှားပြွန်ထဲတွင် ထည့်ပါ။ |
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
1.Heatmap- ကြွယ်ဝမှုမျိုးစိတ်များ အစုလိုက်အပြုံလိုက်
2.KEGG ဇီဝဖြစ်စဉ်လမ်းကြောင်းများတွင် မှတ်သားထားသော လုပ်ဆောင်နိုင်သော ဗီဇများ
3. မျိုးစိတ်ဆက်နွယ်မှုကွန်ရက်
4.Circos of CARD ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးသော ဗီဇများ
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
Nanopore ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာနည်းပညာများသည် ဘက်တီးရီးယားအောက်ပိုင်းအသက်ရှူလမ်းကြောင်းဆိုင်ရာ ကူးစက်မှုကို လျင်မြန်စွာ ကုသနိုင်စေပါသည်။
ထုတ်ဝေသည်-သဘာဝဇီဝနည်းပညာ၊ 2019
နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာ ပေါ်လွင်ချက်များ
Sequencing- Nanopore MinION
လက်တွေ့ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ဇီဝနည်းပညာများ- DNA ကျဆင်းခြင်း၊ WIMP နှင့် ARMA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
လျင်မြန်စွာသိရှိနိုင်မှု- 6 နာရီ
မြင့်မားသော အာရုံခံနိုင်စွမ်း- 96.6%
အဓိကရလဒ်များ
2006 ခုနှစ်တွင်၊ အသက်ရှူလမ်းကြောင်းအောက်ပိုင်းကူးစက်မှု (LR) သည်တစ်ကမ္ဘာလုံးတွင်လူ 3 သန်းသေဆုံးခဲ့သည်။LR1 ရောဂါပိုးရှာဖွေခြင်းအတွက် ပုံမှန်နည်းလမ်းမှာ အာရုံခံနိုင်စွမ်း ညံ့ဖျင်းခြင်း၊ အလှည့်ကျ အချိန်ကြာကြာ စိုက်ပျိုးခြင်းနှင့် အစောပိုင်း ပဋိဇီဝဆေးကုထုံးများတွင် လမ်းညွှန်ချက်မရှိသော စိုက်ပျိုးခြင်း ဖြစ်သည်။လျင်မြန်တိကျသော အဏုဇီဝရောဂါရှာဖွေရေးသည် အရေးတကြီးလိုအပ်နေသည်မှာ ကြာပါပြီ။University of East Anglia မှ ဒေါက်တာ Justin နှင့် သူ၏လုပ်ဖော်ကိုင်ဖက်များသည် ရောဂါပိုးရှာဖွေခြင်းအတွက် Nanopore-based metagenomic method ကို အောင်မြင်စွာ တီထွင်နိုင်ခဲ့သည်။၎င်းတို့၏လုပ်ငန်းအသွားအလာအရ၊ လက်ခံသူ DNA ၏ 99.99% သည် ကုန်ခမ်းသွားနိုင်သည်။ရောဂါပိုးမွှားများနှင့် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇများကို ထောက်လှမ်းခြင်း ၆ နာရီအတွင်း အပြီးသတ်နိုင်သည်။
အကိုးအကား
Charalampous, T. , Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. , & O'Grady, J.(၂၀၁၉)။Nanopore ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာနည်းပညာများသည် ဘက်တီးရီးယားအောက်ပိုင်းအသက်ရှူလမ်းကြောင်းဆိုင်ရာ ကူးစက်မှုကို လျင်မြန်စွာ ကုသနိုင်စေပါသည်။သဘာဝဇီဝနည်းပညာ၊ ၃၇(၇)၊ ၁။
