● အဏုဇီဝအသိုက်အဝန်းပရိုဖိုင်အတွက် အထီးကျန်ခြင်းနှင့် စိုက်ပျိုးခြင်းကင်းစင်ခြင်း။
● ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် ပေါများသောမျိုးစိတ်များကို ရှာဖွေရာတွင် မြင့်မားသော ကြည်လင်ပြတ်သားမှု
● “မက်တာ-” ၏ အယူအဆသည် ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ အင်္ဂါရပ်များအားလုံးကို လုပ်ဆောင်မှုအဆင့်၊ မျိုးစိတ်အဆင့်နှင့် ဗီဇအဆင့်တွင် ပေါင်းစပ်ထားကာ လက်တွေ့နှင့် ပိုမိုနီးစပ်သည့် တက်ကြွသောအမြင်ကို ထင်ဟပ်စေသည်။
● BMK သည် နမူနာအမျိုးအစားပေါင်း 10,000 ကျော်ဖြင့် ကွဲပြားသောနမူနာအမျိုးအစားများတွင် ကြီးမားသောအတွေ့အကြုံကို စုဆောင်းထားသည်။
ပလပ်ဖောင်း | Sequencing | အကြံပြုထားသော အချက်အလက် | လှည့်ပတ်ချိန် |
Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 အလုပ်လုပ်ရက် |
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● Metagenome စုဝေးမှု
● မလိုအပ်သော ဗီဇအစုံနှင့် မှတ်ချက်
● မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● မျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်မှု ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● စမ်းသပ်မှုဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆန့်ကျင်ဘက်အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:
နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ |
DNA ထုတ်ယူမှုများ | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများအတွက်-
နမူနာအမျိုးအစား | နမူနာယူခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်ကို အကြံပြုထားသည်။ |
မြေဆီလွှာ | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ညှိုးနွမ်းနေသော အကြွင်းအကျန်များကို မျက်နှာပြင်မှ ဖယ်ရှားရန် လိုအပ်သည်။ကြီးမားသောအပိုင်းများကိုကြိတ်ပြီး 2 မီလီမီတာ filter ကိုဖြတ်သန်းပါ။ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cyrotube တွင် Aliquot နမူနာများ။ |
မစင် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် နမူနာများကို စုဆောင်းပြီး aliquot လုပ်ပါ။ |
အူလမ်းကြောင်းအကြောင်းအရာများ | နမူနာများကို ပိုးမွှားအခြေအနေအောက်တွင် လုပ်ဆောင်ရန် လိုအပ်သည်။စုဆောင်းထားသော တစ်ရှူးများကို PBS ဖြင့် ဆေးကြောပါ။PBS ကို ဗဟိုပြုပြီး EP-tubes များတွင် မိုးရေစက်များကို စုဆောင်းပါ။ |
ပိုလစ် | နမူနာပမာဏ- ခန့်မှန်းခြေ။5 ဂရမ်;ကြိုတင်မှာကြားရန်အတွက် ပိုးမွှား EP-tube သို့မဟုတ် cryotube တွင် sludge နမူနာကို စုဆောင်းပြီး aliquot |
ရေလောင်း | ပိုက်ရေ၊ ရေတွင်းရေစသည်ဖြင့် အကန့်အသတ်ရှိသော အဏုဇီဝနမူနာအတွက်၊ အနည်းဆုံး ရေ 1 L ကိုစုဆောင်းပြီး အမြှေးပါးပေါ်ရှိ ရောဂါပိုးမွှားများကြွယ်ဝစေရန် 0.22 μm ဇကာဖြင့်ဖြတ်သန်းပါ။အမြှေးပါးကို ပိုးမွှားပြွန်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ |
အရေပြား | အရေပြားမျက်နှာပြင်ကို ပိုးသတ်ထားသော ဂွမ်းစ သို့မဟုတ် ခွဲစိတ်ဓားဖြင့် ဂရုတစိုက်ခြစ်ပြီး ပိုးမွှားပြွန်ထဲတွင် ထည့်ပါ။ |
နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။
1.Histogram- မျိုးစိတ်ဖြန့်ချီရေး
2.KEGG ဇီဝဖြစ်စဉ်လမ်းကြောင်းများတွင် မှတ်သားထားသော လုပ်ဆောင်နိုင်သော ဗီဇများ
3.Heat map- မျိုးရိုးဗီဇကြွယ်ဝမှုအပေါ်အခြေခံ၍ ကွဲပြားသောလုပ်ဆောင်ချက်များ4.Circos of CARD ပဋိဇီဝဆေးယဉ်ပါးသော ဗီဇများ
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
မြေဆီလွှာ-ဒီရေတော အမြစ်သန္တာန်တစ်လျှောက်တွင် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇနှင့် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများ အဖြစ်များသည်။
ထုတ်ဝေသည်-အန္တရာယ်ရှိသောပစ္စည်းများဂျာနယ်၊ 2021
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
ပစ္စည်းများ- ဒီရေတော အမြစ်ဆက်စပ်နမူနာ အပိုင်းလေးပိုင်း၏ DNA ထုတ်ယူမှုများ- မစိုက်ပျိုးရသေးသော မြေဆီလွှာ၊ rhizosphere၊ episphere နှင့် endosphere အကွက်များ
ပလပ်ဖောင်း- Illumina HiSeq 2500
ပစ်မှတ်များ- Metagenome
16S rRNA ဗီဇ V3-V4 ဒေသ
အဓိကရလဒ်များ
မြေဆီလွှာမှ ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇ (ARGs) များ ပြန့်ပွားမှုကို လေ့လာရန်အတွက် ဒီရေတောပင်များ၏ မြေဆီလွှာ၏ အမြစ်သန္တာန်တွင် ဇီဝဖြစ်စဉ် ပေါင်းစပ်ခြင်းနှင့် ဇီဝဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းတို့ကို ဆောင်ရွက်ခဲ့ပါသည်။ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာအချက်အလက်များအရ ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသောမျိုးဗီဇများ၏ 91.4% သည် အထက်ဖော်ပြပါမြေလွှာလေးခုစလုံးတွင် အများအားဖြင့်တွေ့ရှိရပြီး စဉ်ဆက်မပြတ်အသွင်အပြင်ကိုပြသသည့်ဖော်ပြခဲ့သည်။16S rRNA amplicon sequencing သည် 29,285 sequence ကိုထုတ်ပေးပြီး 346 မျိုးစိတ်ကိုကိုယ်စားပြုသည်။amplicon sequencing ဖြင့် မျိုးစိတ်များ၏ ပရိုဖိုင်ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်၊ ဤဖြန့်ဝေမှုသည် အမြစ်-ဆက်စပ်နေသော microbiota နှင့် အမှီအခိုကင်းကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သော်လည်း၊ ၎င်းကို မျိုးဗီဇဒြပ်စင်များ၏ မိုဘိုင်းဖုန်းဖြင့် ပံ့ပိုးပေးနိုင်သည်။ဤလေ့လာမှုသည် မြေဆီလွှာမှ ARGs နှင့် ရောဂါပိုးမွှားများ အပြန်အလှန်ဆက်စပ်နေသော မြေဆီလွှာ-အမြစ်သန္တာန်မှတဆင့် အပင်များအတွင်းသို့ စီးဆင်းမှုကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။
အကိုးအကား
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(၂၀၂၀)။မြေဆီလွှာ-ဒီရေတော အမြစ်သန္တာန်တစ်လျှောက်တွင် ပဋိဇီဝဆေးခံနိုင်ရည်ရှိသော မျိုးဗီဇနှင့် ဘက်တီးရီးယားပိုးမွှားများအဖြစ်များသည်။အန္တရာယ်ရှိသော ပစ္စည်းများဂျာနယ်၊ ၄၀၈, 124985 ။