Hi-C အခြေခံ Genome Assembly
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
Hi-C ၏ ခြုံငုံသုံးသပ်ချက်
(Lieberman-Aiden E et al.၊သိပ္ပံ၂၀၀၉)၊
● contig anchoring အတွက် မျိုးရိုးဗီဇလူဦးရေကို တည်ဆောက်ရန် မလိုအပ်ပါ။
● ပိုမိုမြင့်မားသော အမှတ်အသားသိပ်သည်းဆသည် 90% အထက်တွင် ပိုမိုမြင့်မားသော contigs anchoring ratio ကိုဖြစ်ပေါ်စေသည်;
● ရှိပြီးသား ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲများတွင် အကဲဖြတ်ခြင်းနှင့် အမှားပြင်ဆင်မှုများကို ဖွင့်ပါ။
● ဂျီနိုအာစုဝေးမှုတွင် ပိုမိုတိကျမှုနှင့်အတူ ပိုတိုသော အလှည့်ကျအချိန်၊
● မျိုးစိတ်ပေါင်း 500 ကျော်အတွက် တည်ဆောက်ထားသော Hi-C စာကြည့်တိုက် 1000 ကျော်နှင့် ကြွယ်ဝသောအတွေ့အကြုံ၊
● စုစည်းထုတ်ဝေထားသော သက်ရောက်မှုအချက်ပေါင်း 760 ကျော်ရှိသည့် အောင်မြင်သော အမှုပေါင်း 100 ကျော်၊
● polyploid ဂျီနိုမ်အတွက် Hi-C အခြေခံ ဂျီနိုမ် စည်းဝေးပွဲ၊ ယခင်ပရောဂျက်တွင် 100% ဆူညံမှုနှုန်းကို အောင်မြင်ခဲ့သည်။
● Hi-C စမ်းသပ်မှုများနှင့် ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် အိမ်တွင်းမူပိုင်ခွင့်များနှင့် ဆော့ဖ်ဝဲမူပိုင်ခွင့်များ၊
● ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော မြင်သာထင်သာမြင်သာသော ဒေတာချိန်ညှိဆော့ဖ်ဝဲ၊ လူကိုယ်တိုင် ပိတ်ဆို့ရွေ့လျားခြင်း၊ ပြောင်းပြန်လှန်ခြင်း၊ ရုပ်သိမ်းခြင်းနှင့် ပြန်လည်လုပ်ဆောင်ခြင်းတို့ကို လုပ်ဆောင်ပေးသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
|
စာကြည့်တိုက် အမျိုးအစား
|
ပလပ်ဖောင်း | အရှည်ဖတ်ပါ။ | Strategy ကို အကြံပြုပါ။ |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● Hi-C စာကြည့်တိုက် အရည်အသွေး ထိန်းချုပ်မှု
● Hi-C အခြေခံ ဂျီနိုမ် တပ်ဆင်မှု
● စုဝေးပြီးနောက် အကဲဖြတ်ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
| တိရစ္ဆာန် | မှိုတက်ခြင်း | အပင်များ
|
| အေးခဲသောတစ်ရှူး- စာကြည့်တိုက်တစ်ခုလျှင် 1-2 ဂရမ် ဆဲလ်များ- ဒစ်ဂျစ်တိုက်တစ်ခုလျှင် 1x 10^7 ဆဲလ်များ | အေးခဲသောတစ်ရှူး- စာကြည့်တိုက်တစ်ခုလျှင် 1g | အေးခဲသောတစ်ရှူး- စာကြည့်တိုက်တစ်ခုလျှင် 1-2 ဂရမ်
|
| *Hi-C စမ်းသပ်မှုအတွက် အနည်းဆုံး aliquot 2 ခု (1 g တစ်ခုစီ) ပေးပို့ရန် အကြံပြုအပ်ပါသည်။ | ||
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာအများစုအတွက်၊ အီသနောကို မထိန်းသိမ်းဖို့ အကြံပြုထားပါတယ်။
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- နမူနာများကို တင်ပြသည့်နမူနာအချက်အလက်ဖောင်အတွက် ရှင်းရှင်းလင်းလင်း တံဆိပ်တပ်ထားရန် လိုအပ်ပါသည်။
ပို့ဆောင်မှု- ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင် ဦးစွာထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်၌ မြှုပ်နှံရန် လိုအပ်သည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
DNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
*ဤတွင်ပြသထားသည့် သရုပ်ပြရလဒ်များအားလုံးသည် Biomarker Technologies ဖြင့်ထုတ်ဝေထားသော ဂျီနိုမ်များမှဖြစ်သည်။
1.Hi-C အပြန်အလှန်အပူမြေပုံ၏Camptotheca acuminataဂျီနိုအာ။မြေပုံပေါ်တွင်ပြထားသည့်အတိုင်း၊ အပြန်အလှန်ဆက်သွယ်မှုများ၏ပြင်းထန်မှုသည် linear အကွာအဝေးနှင့် အလွန်တိကျသောခရိုမိုဆုန်းအဆင့်စုဝေးမှုကိုညွှန်ပြသည့်မျဉ်းအကွာအဝေးနှင့်အဆိုးဘက်ဆက်စပ်နေသည်။(ကျောက်ချခြင်းအချိုး: 96.03%)
Kang M et al.၊သဘာဝဆက်သွယ်ရေး၊ 2021
2.Hi-C သည် ကြားရှိ ပြောင်းပြန်များကို တရားဝင်အောင် ကူညီပေးသည်။Gossypium hirsutumL. TM-1 A06 နှင့်G. ပြတိုက်Chr06
Yang Z et al.၊သဘာဝဆက်သွယ်ရေး၊ 2019
3. ပီလောပီနံဂျီနိုမ် SC205 ၏ စည်းဝေးမှုနှင့် biallelic ကွဲပြားမှု။Hi-C အပူပြမြေပုံသည် တူညီသောခရိုမိုဆုန်းတွင် ကွဲကြောင်းရှင်းလင်းပြသထားသည်။
Hu W et al.၊မော်လီကျူးစက်ရုံ၊ 2021
4.Hi-C အပူပြမြေပုံသည် Ficus မျိုးစိတ်နှစ်ခု၏ ဂျီနိုမ်စည်းဝေးပွဲ-F.microcarpa(anchoring ratio: 99.3%) နှင့်F.hispida (ကျောက်ချခြင်းအချိုး: 99.7%)
Zhang X et al.၊ဆဲလ်၊ 2020
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
ညောင်ပင်၏ မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဝတ်မှုန်ကူးသူ ဖားကောင်သည် သင်္ဘောသဖန်းပင်၏ ပေါင်းစပ်ပြောင်းလဲမှုဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပံ့ပိုးပေးသည်
ထုတ်ဝေသည်- ဆဲလ်၊ 2020
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
F. microcarpa ဂျီနိုမ်- အနီးစပ်ဆုံး84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaဂျီနိုမ်- အနီးစပ်ဆုံး97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataဂျီနိုမ်- အနီးစပ်ဆုံး170 X PacBio RSII (65 Gb)
အဓိကရလဒ်များ
1. ညောင်ပင်မျိုးရိုးဗီဇနှစ်ခုနှင့် ဝတ်မှုန်ကူးသည့် နကျယ်ဂျီနိုမ်တစ်မျိုးကို PacBio sequencing၊ Hi-C နှင့် linkage map အသုံးပြု၍ တည်ဆောက်ခဲ့သည်။
(၁)F. microcarpaဂျီနိုမ်- 426 Mb (ခန့်မှန်းဂျီနိုဆိုက်အရွယ်အစား၏ 97.7%) ကို 908 Kb ၏ contig N50၊ BUSCO ရမှတ် 95.6% ဖြင့် တည်ဆောက်ထားသည်။စုစုပေါင်း 423 Mb စီးရီးများကို Hi-C မှ ခရိုမိုဆုန်း 13 ခုတွင် ကျောက်ချထားသည်။ဂျီနိုမ်မှတ်ချက်တွင် ပရိုတင်းကုဒ်ဗီဇ ၂၉,၄၁၆ ခုကို ထုတ်ပေးသည်။
(၂)F. Hispidaဂျီနိုမ်- 360 Mb (ခန့်မှန်းဂျီနိုမ်အရွယ်အစား၏ 97.3%) သည် 492 Kb ၏ contig N50 နှင့် BUSCO ရမှတ် 97.4% ဖြင့် အထွက်နှုန်းရှိသည်။စုစုပေါင်း 359 Mb စီးရီးများကို Hi-C ဖြင့် ခရိုမိုဆုန်း 14 ခုတွင် ကျောက်ချထားပြီး သိပ်သည်းဆမြင့်သော ချိတ်ဆက်မှုမြေပုံနှင့် အလွန်ဆင်တူပါသည်။
(၃)Eupristina verticillataဂျီနိုမ်- 387 Mb (ခန့်မှန်းဂျီနိုမ်အရွယ်အစား- 382 Mb) ကို 3.1 Mb ၏ contig N50 နှင့် BUSCO ရမှတ် 97.7% ဖြင့် တည်ဆောက်ထားသည်။
2.Comparative genomics analysis သည် နှစ်ခုကြားရှိ ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံ ကွဲလွဲမှုများကို များစွာဖော်ပြသည်။Ficusလိုက်လျောညီထွေရှိသော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်လေ့လာမှုများအတွက် အဖိုးမဖြတ်နိုင်သော မျိုးရိုးဗီဇအရင်းအမြစ်များကို ပံ့ပိုးပေးသည့် ဂျီနိုမ်များ။ဤလေ့လာမှုသည် ပထမဆုံးအကြိမ်အဖြစ် မျိုးရိုးဗီဇအဆင့်တွင် Fig-wap ပေါင်းစပ်ဖြစ်စဉ်ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေပါသည်။
 နှစ်ခု၏ မျိုးဗီဇအင်္ဂါရပ်များအပေါ် Circos ပုံကြမ်းFicusခရိုမိုဆုန်းများ၊ အပိုင်းပွားများ (SDs)၊ transposons (LTR၊ TEs၊ DNA TEs)၊ မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ပေါင်းစပ်မှုများ အပါအဝင် ဂျီနိုမ်များ |  Y ခရိုမိုဆုန်းကို ဖော်ထုတ်ခြင်းနှင့် လိင်သတ်မှတ်ခြင်း ကိုယ်စားလှယ်လောင်း ဗီဇ |
Zhang, X., et al."ညောင်ပင်၏မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဝတ်မှုန်ကူးသူ ဖားကောင်သည် သင်္ဘောသဖန်းကောင်၏ ပေါင်းစပ်ပြောင်းလဲမှုကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည်။"ဆဲလ် 183.4(2020)။
