Fungal Genome
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
● မတူညီသော သုတေသနပန်းတိုင်များအတွက် ရရှိနိုင်သော ပေါင်းစပ်ဗျူဟာများစွာ
● pene-complete genome ပေါင်း 10,000 ကျော်ဖြင့် မှိုဂျီနိုမ် စုဝေးမှုတွင် အတွေ့အကြုံ မြင့်မားသည်။
● ပိုမိုတိကျသော သုတေသနလိုအပ်ချက်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးသည့် ပရော်ဖက်ရှင်နယ် ရောင်းပြီးနောက်ပိုင်း နည်းပညာဆိုင်ရာ ပံ့ပိုးကူညီမှုအဖွဲ့။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ဝန်ဆောင်မှု | Sequencing ဗျူဟာ | အရည်အသွေးအာမခံပါသည်။ | အလှည့်ကျ ခန့်မှန်းချိန် |
| ဖန်းဂတ်စ်ဒဏ်ငွေမြေပုံ | Illumina 50X+Nanopore 100X | ဆက်သွယ်မှု N50≥2 Mb | 35 အလုပ်လုပ်ရက် |
| PacBio HiFi 30X | |||
| ဖန်းဂတ်စ် pene-ပြီးပြည့်စုံသောမြေပုံ | Illumina 50X+Nanopore 100X(Pacbio HiFi 30X)+Hi-C 100X | ခရိုမိုဆုန်း အချိုးအစား > 90% | 45 အလုပ်လုပ်ရက် |
Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● ဂျီနိုမ် စည်းဝေးပွဲ
● Genome အစိတ်အပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● ဗီဇလုပ်ဆောင်မှု မှတ်ချက်
● နှိုင်းယှဉ်မျိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
ဘို့DNA ထုတ်ယူမှုများ:
| နမူနာအမျိုးအစား | ပမာဏ | အာရုံစူးစိုက်မှု | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ |
| DNA ထုတ်ယူမှုများ | ＞ 1.2 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
တစ်ရှူးနမူနာများအတွက်
| နမူနာအမျိုးအစား | နမူနာကုသမှုကို အကြံပြုထားသည်။ | နမူနာသိမ်းဆည်းခြင်းနှင့် တင်ပို့ခြင်း။ |
| Unicellular မှို | အဏုကြည့်မှန်ဘီလူးအောက်တွင် တဆေးကို စောင့်ကြည့်ပြီး ၎င်းတို့၏ ထပ်ကိန်းအဆင့်တွင် ၎င်းတို့ကို စုဆောင်းပါ။ (အနီးစပ်ဆုံး 3-4.5e9 ဆဲလ်များပါရှိသော) ယဉ်ကျေးမှုကို 1.5 သို့မဟုတ် 2 ml eppendorf သို့ လွှဲပြောင်းပါ။(ရေခဲထားပါ) 14000 g တွင် ဘက်တီးရီးယားများ စုဆောင်းကာ လွန်ကဲသော အရာကို ဂရုတစိုက် ဖယ်ရှားရန် ပြွန်ကို အာရုံစူးစိုက်ပါ။ ပြွန်ကိုပိတ်ပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည်ထဲတွင် ဘက်တီးရီးယားများကို အနည်းဆုံး 1-3 နာရီကြာ အေးခဲထားပါ။ပြွန်ကို -80 ℃ ရေခဲသေတ္တာထဲတွင် သိမ်းဆည်းပါ။ | နမူနာများကို နိုက်ထရိုဂျင်အရည်တွင် ၃-၄ နာရီကြာ အေးခဲပြီး နိုက်ထရိုဂျင်အရည် သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီမှ ရေရှည်တွင် သိမ်းဆည်းပါ။ရေခဲခြောက်ဖြင့် နမူနာပို့ဆောင်ရန် လိုအပ်ပါသည်။ |
| Macro မှို | တက်ကြွစွာကြီးထွားနေသောအဆင့်တွင်တစ်ရှူးကိုအကြံပြုထားသည်။ တစ်ရှူးကို endotoxin ကင်းစင်သောရေဖြင့် ဆေးကြောပြီးနောက် 70% Ethonal။ နမူနာကို cryo-tubes တွင်သိမ်းဆည်းပါ။ |
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
1.Circos မှိုဂတ်စ်မျိုးရိုးဗီဇအစိတ်အပိုင်းများပေါ်ရှိ Circos ပုံကြမ်း
2.Comparative genomics ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ- ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်
