BMKCloud Log in
条形banner-၀၃

ထုတ်ကုန်များ

Evolutionary မျိုးရိုးဗီဇ

Evolutionary genetics သည် SNPs၊ InDels၊ SVs နှင့် CNVs အပါအဝင် မျိုးရိုးဗီဇကွဲလွဲမှုများအပေါ် အခြေခံ၍ ပေးထားသော ပစ္စည်းများ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအပေါ် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အဓိပ္ပာယ်ပြန်ဆိုပေးရန်အတွက် ထုပ်ပိုးထားသော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဝန်ဆောင်မှုတစ်ခုဖြစ်သည်။၎င်းသည် လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု၊ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေးစသည်ဖြင့် လူဦးရေ၏ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုများနှင့် မျိုးရိုးဗီဇအင်္ဂါရပ်များကို ဖော်ပြရန်အတွက် လိုအပ်သော အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအားလုံးကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ ၎င်းတွင် ထိရောက်သောလူဦးရေအရွယ်အစား၊ ကွဲပြားချိန်ကို ခန့်မှန်းနိုင်စေမည့် ဗီဇစီးဆင်းမှုဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများပါရှိပါသည်။


ဝန်ဆောင်မှုအသေးစိတ်

သရုပ်ပြရလဒ်များ

Case Study

ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ

1 ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးရိုးဗီဇ

Takagi et al.၊အပင်ဂျာနယ်၊ 2013

● nucleotide နှင့် အမိုင်နိုအက်ဆစ်အဆင့်ရှိ မျိုးကွဲများပေါ်မူတည်၍ မျိုးစိတ်ကွဲပြားချိန်နှင့် မြန်နှုန်းကို ခန့်မှန်းခြင်း
● ပေါင်းစည်းထားသော ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် အပြိုင်ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၏ လွှမ်းမိုးမှုအနည်းဆုံးရှိသော မျိုးစိတ်များကြားတွင် ပိုမိုယုံကြည်စိတ်ချရသော ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်စပ်မှုကို ထုတ်ဖော်ပြသခြင်း
● မျိုးရိုးဗီဇပြောင်းလဲမှုများနှင့် မျိုးရိုးဗီဇများအကြား ဆက်စပ်မှုများကို တည်ဆောက်ခြင်း
● မျိုးစိတ်များ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်အလားအလာကို ထင်ဟပ်စေသည့် မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုကို ခန့်မှန်းခြင်း။
● ပိုမိုမြန်ဆန်သောလှည့်ပတ်မှုအချိန်
● ကျယ်ပြန့်သော အတွေ့အကြုံ- BMK သည် 12 နှစ်ကျော် လူဦးရေနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ပရောဂျက်များတွင် အတွေ့အကြုံများစွာ စုဆောင်းထားပြီး ရာနှင့်ချီသော မျိုးစိတ်များအကြောင်း စသဖြင့်၊ Nature Communications၊ Molecular Plants၊ Plant Biotechnology Journal စသည်ဖြင့် ထုတ်ဝေသည့် အဆင့်မြင့် ပရောဂျက် 80 ကျော်တွင် ပံ့ပိုးပေးခဲ့ပါသည်။

ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ

သင်ထောက်ကူပစ္စည်းများ:

ပုံမှန်အားဖြင့် အနည်းဆုံး လူဦးရေခွဲသုံးမျိုး (ဥပမာ- မျိုးကွဲ သို့မဟုတ် မျိုးကွဲ) ကို အကြံပြုထားသည်။လူဦးရေခွဲတစ်ခုစီတွင် လူ ၁၀ ဦးထက်မနည်း ပါဝင်သင့်သည် (အပင်များ >၁၅၊ ရှားပါးမျိုးစိတ်များအတွက် လျှော့ချနိုင်သည်)။

ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-

* WGS ကို အရည်အသွေးမြင့် ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်ပါရှိသော မျိုးစိတ်များအတွက် အသုံးပြုနိုင်သော်လည်း SLAF-Seq သည် ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ် သို့မဟုတ် အရည်အသွေးညံ့ဖျင်းသော ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်မျိုးစိတ်တွင်ဖြစ်စေ SLAF-Seq ကို အသုံးပြုနိုင်သည်။

ဂျီနိုဆိုက် အရွယ်အစားနှင့် သက်ဆိုင်သည်။

WGS

SLAF-Tags (×၁၀၀၀၀)၊

≤ 500 Mb

10×/တစ်ဦးချင်း

WGS က ပိုအကြံပြုထားပါတယ်။

500 Mb - 1 Gb

10

1 Gb - 2 Gb

20

≥2 Gb

30

Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ

● Evolutionary analysis

● ရွေးချယ်ထားသော တံမြက်စည်း

● ဗီဇစီးဆင်းမှု

● လူဦးရေစာရင်းမှတ်တမ်း

● Divergence အချိန်

ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် ၂

နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။

နမူနာလိုအပ်ချက်များ-

 

မျိုးစိတ်

 တစ်သျှူး

WGS-NGS

SLAF

တိရစ္ဆာန်

 

  

Visceral တစ်ရှူး

 

0.5 ~ 1g

 

 

0.5g

 

 

 ကြွက်သားတစ်သျှူး

နို့တိုက်သတ္တဝါသွေး

 

1.5 မီလီမီတာ

 

 

1.5 မီလီမီတာ

 

ကြက်/ငါးသွေး

စိုက်တယ်။

  

  လတ်ဆတ်သောသစ်ရွက်    

1~2g

   

0.5 ~ 1g

 ပန်းပွင့်/ပင်စည်
  အမြစ်/အစေ့
 

ဆဲလ်များ

  ယဉ်ကျေးမှု ဆဲလ်    

 

gDNA

အာရုံစူးစိုက်မှု
(ng/ul)

ပမာဏ

(ဂုတ်)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

၁.၆-၂.၅

WGS-NGS

≥1

≥0.1

-

Service Work Flow

နမူနာ QC

စမ်းသပ်ထားတာ

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

နမူနာပေးပို့ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။

စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး

Sequencing

Sequencing

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ

ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ


  • ယခင်-
  • နောက်တစ်ခု:

  • *ဤတွင်ပြသထားသော သရုပ်ပြရလဒ်များသည် BMKGENE ဖြင့်ထုတ်ဝေထားသော ဂျီနိုမ်များမှဖြစ်သည်။

    1.Evolution analysis တွင် phylogenetic သစ်ပင်၊ လူဦးရေတည်ဆောက်ပုံနှင့် မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုများအပေါ်အခြေခံ၍ PCA တည်ဆောက်မှုပါရှိသည်။

    ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်သည် ဘုံဘိုးဘေးများနှင့် မျိုးစိတ်များကြားတွင် အခွန်စည်းကြပ်မှုနှင့် ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုဆိုင်ရာ ဆက်နွယ်မှုကို ကိုယ်စားပြုသည်။
    PCA သည် လူဦးရေခွဲများကြား နီးကပ်မှုကို မြင်သာစေရန် ရည်ရွယ်သည်။
    လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံသည် allele frequencies အရ မျိုးဗီဇကွဲပြားသော လူဦးရေခွဲများ ရှိနေခြင်းကို ပြသသည်။

    3-1Phylogenetic-သစ်ပင် 3-2PCA 3-3 လူဦးရေ-ဖွဲ့စည်းပုံ

    Chen, etအယ်လ်။၊PNAS၊ 2020

    2.Selective sweep

    Selective sweep ဆိုသည်မှာ အားသာချက်ရှိသော ဆိုက်တစ်ခုကို ရွေးချယ်ပြီး ချိတ်ဆက်ထားသော ကြားနေဆိုက်များ၏ ကြိမ်နှုန်းများ တိုးလာကာ လင့်ခ်မချိတ်ထားသော ဆိုက်များ လျော့နည်းသွားကာ ဒေသဆိုင်ရာ လျှော့ချမှုကို ဖြစ်ပေါ်စေသည်။

    ရွေးချယ်ထားသော တံမြက်လှည်းဒေသများရှိ ဂျီနိုမိုကျယ်ပြန့်မှုကို ထောက်လှမ်းခြင်းသည် အချို့သောအဆင့် (10 Kb) ရှိ SNPs အားလုံး၏ မျိုးရိုးဗီဇအညွှန်းကိန်း (π,Fst, Tajima's D) ကို တွက်ချက်ခြင်းဖြင့် လုပ်ဆောင်ပါသည်။

    Nucleotide ကွဲပြားမှု(π)
    4 Nucleotide-ကွဲပြားမှု(π)

    Tajima ၏ D
    5Tajima's-D

    ပြုပြင်မှုအညွှန်းကိန်း(Fst)

    6Fixation-index(Fst)

    Wu, etအယ်လ်။၊မော်လီကျူးစက်ရုံ2018 ခုနှစ်

    3.Gene Flow

    7 မျိုးဗီဇစီးဆင်းမှု

    Wu, etအယ်လ်။၊မော်လီကျူးစက်ရုံ2018 ခုနှစ်

    ၄။လူဦးရေစာရင်း

    8 လူဦးရေစာရင်း-သမိုင်း

    Zhang, et ။အယ်လ်။၊သဘာဝဂေဟဗေဒနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၊ 2021

    5.Divergence အချိန်

    9 Divergence အချိန်

    Zhang, et ။အယ်လ်။၊သဘာဝဂေဟဗေဒနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၊ 2021

    BMK ဖြစ်ရပ်မှန်

    မျိုးရိုးဗီဇပြောင်းလဲခြင်းမြေပုံသည် Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis) ရွေးချယ်မှု၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပေးပါသည်။

    ထုတ်ဝေသည်- မော်လီကျူးစက်ရုံ2018 ခုနှစ်

    ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-

    ပြန်ဆက်ခြင်း- sequencing အတိမ်အနက်- 10×

    အဓိကရလဒ်များ

    ဤလေ့လာမှုတွင်၊ တရုတ်ဂေါ်ဖီထုပ် 194 ခုကို ပျမ်းမျှအနက် 10× ဖြင့် ပြန်လည်စီစစ်ပြီး 1,208,499 SNPs နှင့် 416,070 InDels တို့ကို ထုတ်ပေးခဲ့သည်။ဤမျဉ်းကြောင်း 194 ခုရှိ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အဆိုပါလိုင်းများကို နွေဦး၊ နွေရာသီနှင့် ဆောင်းဦးဟူ၍ သုံးမျိုးခွဲခြားနိုင်ကြောင်း ပြသထားသည်။ထို့အပြင် လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံနှင့် PCA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်များအရ နွေဦးပေါက် တရုတ်ဂေါ်ဖီထုပ်သည် တရုတ်နိုင်ငံ၊ Shandong ရှိ ဆောင်းဦးဂေါ်ဖီထုပ်မှ ဆင်းသက်လာကြောင်း ဖော်ပြခဲ့သည်။ယင်းတို့ကို နောက်ပိုင်းတွင် ကိုရီးယားနှင့် ဂျပန်တို့ထံ မိတ်ဆက်ခဲ့ပြီး ဒေသတွင်းလိုင်းများနှင့် ဖြတ်ကျော်ကာ ၎င်းတို့ထဲမှ အချို့သော နှောင်းပိုင်းမျိုးကွဲများကို တရုတ်နိုင်ငံသို့ ပြန်လည်မိတ်ဆက်ခဲ့ပြီး နောက်ဆုံးတွင် Spring Chineseဂေါ်ဖီထုပ် ဖြစ်လာခဲ့သည်။

    ရွေးချယ်မှုတွင် နွေဦးပေါက် တရုတ်ဂေါ်ဖီထုပ်နှင့် ဆောင်းဦးဂေါ်ဖီထုပ်များပေါ်တွင် ဂျီနိုအာကျယ်ကျယ်စကင်န်ဖတ်ခြင်းမှ ပြင်းထန်သောရွေးချယ်မှုဖြင့် ဖြတ်သန်းခဲ့သော မျိုးရိုးဗီဇ ၂၃ ခုကို တွေ့ရှိခဲ့ပြီး ၎င်းတို့ထဲမှ နှစ်ခုသည် QTL-mapping ကိုအခြေခံ၍ အချိန်ထိန်းချုပ်မှုနယ်မြေနှင့် ထပ်နေပါသည်။ဤဒေသနှစ်ခုတွင် ပန်းပွင့်ခြင်းကို ထိန်းညှိပေးသည့် အဓိကမျိုးဗီဇ၊ BrVIN3.1 နှင့် BrFLC1 တို့ ပါဝင်သည်ကို တွေ့ရှိခဲ့သည်။ဤမျိုးဗီဇနှစ်ခုသည် transcriptome လေ့လာမှုနှင့် transgenic စမ်းသပ်မှုများအားဖြင့် bolting time တွင်ပါဝင်နေကြောင်း ထပ်မံအတည်ပြုခဲ့သည်။

    PB-အရှည်-RNA-Sequencing-case-လေ့လာမှု

    တရုတ်ဂေါ်ဖီထုပ်အပေါ် လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။

    PB-အရှည်-RNA-အခြားရွေးချယ်စရာ-စပ်ဆက်ခြင်း။

    တရုတ်ဂေါ်ဖီထုပ်ရွေးချယ်ခြင်းဆိုင်ရာ မျိုးရိုးဗီဇအချက်အလက်

     
    အကိုးအကား

    Tongbing, et al."မျိုးရိုးဗီဇပြောင်းလဲခြင်းမြေပုံသည် နွေဦးပေါက်တရုတ်ဂေါ်ဖီထုပ် (Brassica rapa ssp.pekinensis) ရွေးချယ်မှု၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေပါသည်။"မော်လီကျူးအပင်များ၊11(2018):1360-1376။

    ကိုးကားရယူပါ။

    သင့်စာကို ဤနေရာတွင် ရေးပြီး ကျွန်ုပ်တို့ထံ ပေးပို့ပါ။

    သင့်ထံ မက်ဆေ့ချ်ပို့ပါ-