● အလိုအပ်ဆုံး ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ရှစ်ခု ပါဝင်သော ပြည့်စုံသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပက်ကေ့ချ်
● ရလဒ်များအပေါ် အသေးစိတ်နားလည်လွယ်သော အဓိပ္ပာယ်ဖွင့်ဆိုချက်ဖြင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ယုံကြည်စိတ်ချရမှု မြင့်မားသည်။
● ကောင်းစွာ ဒီဇိုင်းထုတ်ထားပြီး ထုတ်ဝေရန် အသင့်ရှိ ကိန်းဂဏန်းများ
● ကျွမ်းကျင်သော ဇီဝနည်းပညာအဖွဲ့သည် မတူကွဲပြားသော ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု တောင်းဆိုချက်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးသည်။
● ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ပိုမိုတိကျမှုနှင့်အတူ အလှည့်ကျအချိန်ပိုတိုသည်။
● 900 ကျော်အထိ စုစည်းထုတ်ဝေထားသော အကျိုးသက်ရောက်မှုအချက်ဖြင့် အောင်မြင်သော အမှုပေါင်း 90 ကျော်နှင့် ကြွယ်ဝသော အတွေ့အကြုံ
အလှည့်ကျ ခန့်မှန်းချိန် | မျိုးစိတ်အရေအတွက် | ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာသည်။ |
အလုပ်လုပ်ရက် 30 | ၆ - ၁၂ | မျိုးရိုးဗီဇအစုအဝေး မျိုးရိုးဗီဇ ချဲ့ထွင်ခြင်းနှင့် ကျုံ့ခြင်း။ Phylogenetic သစ်ပင်တည်ဆောက်မှု ခြားနားချိန် ခန့်မှန်းချက် ( Fossil calibration လိုအပ်သည် ) LTR ထည့်သွင်းချိန် (အပင်များအတွက်) မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံး ပွားခြင်း (အပင်များအတွက်) ရွေးချယ်မှုဖိအား Synteny ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ |
● Gene မိသားစု
● ဇီဝကမ္မဗေဒ
● Divergence အချိန်
● ရွေးချယ်မှုဖိအား
● Synteny ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Tissue အတွက်
မျိုးစိတ် | တစ်သျှူး | စစ်တမ်း | PacBio CCS |
တိရစ္ဆာန် | Visceral တစ်ရှူး | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
ကြွက်သားတစ်သျှူး | |||
≥ 5.0g | |||
≥ 5.0ml | |||
နို့တိုက်သတ္တဝါသွေး | |||
≥ 0.5mL | |||
ကြက်/ငါးသွေး | |||
စိုက်တယ်။ | လတ်ဆတ်သောသစ်ရွက် | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
ပန်းပွင့်/ပင်စည် | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
အမြစ်/အစေ့ | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
ဆဲလ်များ | ယဉ်ကျေးမှု ဆဲလ် | - | ≥ 1 x 108 |
အနီးကပ်ဆက်စပ်သောမျိုးစိတ်များ၏ ဂျီနိုမီစီးရီးဖိုင်များ (.fasta) နှင့် မှတ်ချက်ဖိုင်များ (.gff3)
*ဤတွင်ပြသထားသည့် သရုပ်ပြရလဒ်များအားလုံးသည် Biomarker Technologies ဖြင့်ထုတ်ဝေထားသော ဂျီနိုမ်များမှဖြစ်သည်။
1.LTR ထည့်သွင်းသည့်အချိန်ခန့်မှန်းချက်- အခြားမျိုးစိတ်များနှင့်နှိုင်းယှဉ်ပါက Weining rye ဂျီနိုမ်တွင် LTR-RTs ထည့်သွင်းချိန်များတွင် ထူးခြားသော bimodal ဖြန့်ဖြူးမှုကို ပြသထားသည့်ပုံ။နောက်ဆုံးအထွတ်အထိပ်သည် လွန်ခဲ့သောနှစ်ပေါင်း 0.5 သန်းခန့်က ပေါ်ထွန်းခဲ့သည်။
Li Guang et al.၊သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ၊ 2021
2.Phylogeny and gene family analysis on ဂေါ်ရခါးသီး (Sechium edule) : ဂေါ်ရခါးမျိုးစိတ်နှင့် မျိုးရိုးဗီဇရှိ အခြားဆက်စပ်မျိုးစိတ် 13 မျိုးအား ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် ဂေါ်ရခါးသည် မြွေဟင်းခါး (Trichosanthes anguina) နှင့် အနီးစပ်ဆုံး ဆက်စပ်နေကြောင်း တွေ့ရှိရပါသည်။27-45 မြဝန်းကျင်တွင် မြွေပွေး ဘူးသီးမှ ဆင်းသက်လာသော ဂေါ်ရခါးနှင့် မျိုးရိုးဗီဇ ပွားခြင်း (WGD) တစ်ခုလုံးကို 25±4 မြတွင် ဂေါ်ရခါးတွင် တွေ့ရှိရပြီး cucuibitaceae တွင် တတိယမြောက် WGD ပွဲဖြစ်သည်။
Fu A et al.၊ပန်းမာန်သုတေသန၊ 2021
3.Synteny ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- သစ်သီးဖွံ့ဖြိုးမှုတွင် phytohormones နှင့်ဆက်စပ်သော မျိုးဗီဇအချို့ကို ဂေါ်ရခါးသီး၊ ဘူးသီးနှင့် စကွပ်တို့တွင် တွေ့ရှိခဲ့သည်။ဂေါ်ရခါးသီးနှင့် ကွပ်သီးကြား ဆက်စပ်မှုသည် ဂေါ်ရခါးသီးနှင့် မြွေဟင်းခါးကြားထက် အနည်းငယ် မြင့်မားသည်။
Fu A et al.၊ပန်းမာန်သုတေသန၊ 2021
4.Gene မိသားစုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- G.thurberi နှင့် G.davidsonii genomes ရှိ မျိုးရိုးဗီဇချဲ့ထွင်မှုနှင့် ကျုံ့ခြင်းအပေါ် KEGG ကြွယ်ဝမှုသည် steroid biosynthesis နှင့် brassinosteroid biosynthesis ဆက်စပ်သော genes များကို ချဲ့ထွင်ထားကြောင်း ပြသခဲ့သည်။
Yang Z et al.၊BMC ဇီဝဗေဒ၊ 2021
5.Whole genome duplication analysis- 4DTV နှင့် Ks ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် ဂျီနိုမ်ပွားခြင်းဖြစ်ရပ်တစ်ခုလုံးကို ပြသထားသည်။မတူကွဲပြားမှုများ၏ အထွတ်အထိပ်များက ထပ်တူဖြစ်ရပ်များကို ပြသထားသည်။မျိုးစိတ်များ၏ အထွတ်အထိပ်များသည် သီးခြားဖြစ်ရပ်များကို ပြသထားသည်။O. europaea သည် အခြားသော ဆက်စပ်မျိုးစိတ်သုံးမျိုးနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက မကြာသေးမီက ကြီးမားသော မျိုးဗီဇပွားမှုကို ဖြတ်သန်းခဲ့ကြောင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်တွင် ဖော်ပြသည်။
Rao G et al.၊ပန်းမာန်သုတေသန၊ 2021
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
အစင်းရာမပါသောနှင်းဆီ- အစိုဓာတ်ကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှု
ထုတ်ဝေသည်- အမျိုးသားသိပ္ပံသုံးသပ်ချက်၊ 2021
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
'ဘေ့စ်ဆူးကင်းသော' (R.Wichurainan) ဂျီနိုအာ
အနီးစပ်ဆုံး93 X PacBio + အနီးစပ်ဆုံး90 X Nanopore + 267 X Illumina
အဓိကရလဒ်များ
1. အရည်အသွေးမြင့် R.wichuraiana ဂျီနိုမ်ကို ရှည်လျားစွာဖတ်နိုင်သော စီတန်းစီခြင်းနည်းစနစ်များကို အသုံးပြု၍ တည်ဆောက်ထားသောကြောင့် စုစည်းမှုအား 530.07 Mb (ခန့်မှန်းဂျီနိုမ်အရွယ်အစားမှာ ခန့်မှန်းခြေအားဖြင့် 525.9 Mb ရှိပြီး ဂျီနိုမ်စစ်တမ်းအားဖြင့် 525.5% ဖြစ်သည်။ Heterozygosity 3%) ဝန်းကျင်ဖြစ်သည်။BUSCO ခန့်မှန်းရမှတ်မှာ 93.9% ဖြစ်သည်။“Old blush” (haploOB) နှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက၊ ဤဂျီနိုမ်၏ အရည်အသွေးနှင့် ပြီးပြည့်စုံမှုကို အခြေခံတစ်ခုတည်း-ဘေ့စ်တိကျမှုနှင့် LTR တပ်ဆင်မှုအညွှန်းကိန်း (LAI=20.03) တို့ဖြင့် အတည်ပြုထားသည်။R.wichuraiana ဂျီနိုမီတွင် ပရိုတင်းကုဒ်ဗီဇ 32,674 ပါရှိသည်။
2.Multi-omics ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် မျိုးရိုးဗီဇ၊ စာသားမှတ်တမ်းများ၊ မျိုးရိုးဗီဇလူဦးရေ၏ QTL ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတို့ ပါဝင်သော ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် R. wichuraiana နှင့် Rosa chinensis အကြား အရေးကြီးသော အမျိုးအစားကို ဖော်ထုတ်ပြသခဲ့သည်။ထို့အပြင်၊ QTL ရှိ ဆက်စပ်မျိုးဗီဇများ၏ ဖော်ပြချက်ကွဲလွဲမှုသည် ပင်စည်ပေါက်သည့်ပုံစံနှင့် ဆက်နွယ်နေဖွယ်ရှိသည်။
Basye;s Thornless နှင့် Rosa chinensis အကြား ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ မျိုးရိုးဗီဇအစုအဝေး၊ ချဲ့ထွင်မှုနှင့် ကျုံ့ခြင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတို့ အပါအဝင် Basye;s Thornless နှင့် Rosa chinensis အကြား နှိုင်းယှဉ်ထားသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် နှင်းဆီများတွင် အရေးပါသော လက္ခဏာများနှင့် သက်ဆိုင်သည့် ကွဲပြားမှုများကို ထုတ်ဖော်ပြသခဲ့သည်။NAC နှင့် FAR1/FRRS မျိုးရိုးဗီဇတွင် ထူးခြားသောချဲ့ထွင်မှုသည် အမည်းစက်များကို ခံနိုင်ရည်ရှိမှုနှင့် ဆက်နွှယ်နိုင်ဖွယ်ရှိသည်။
BT နှင့် haploOB ဂျီနိုမ်များအကြား နှိုင်းယှဉ်ထားသော မျိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Zhong, M., et al."အမှုန်အမွှားကင်းသော နှင်းဆီ- အစိုဓာတ်ကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှု"အမျိုးသားသိပ္ပံသုံးသပ်ချက်၂၀၂၁;၊ nwab092။