circRNA sequencing-Illumina
အင်္ဂါရပ်များ
● rRNA လျော့နည်းသွားခြင်းသည် လမ်းကြောင်းအလိုက် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုဖြင့် နောက်တွင်၊ စည်းမျဥ်းသီးသန့်ဖြစ်သော ဒေတာများကို စီတန်းစေခြင်း။
● Bioinformatic workflow သည် circRNA ခန့်မှန်းမှုနှင့် ဖော်ပြမှု အရေအတွက်ကို လုပ်ဆောင်ပေးသည်။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●ပိုမိုပြည့်စုံသော RNA စာကြည့်တိုက်များ-ကျွန်ုပ်တို့၏စာကြည့်တိုက်အကြိုပြင်ဆင်မှုတွင် linear RNA လျော့နည်းခြင်းအစား rRNA လျော့နည်းခြင်းကို ကျွန်ုပ်တို့အသုံးပြုသည်၊ စီတန်းခြင်းဒေတာတွင် circRNA သာမက mRNA နှင့် lncRNA ပါ၀င်သည်၊ ဤဒေတာအတွဲများပေါ်တွင် ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ဖွင့်ပေးနိုင်ကြောင်း သေချာစေသည်
●ယှဉ်ပြိုင်နိုင်သော endogenous RNA (ceRNA) ကွန်ရက်များ၏ ရွေးချယ်နိုင်သော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။: ဆယ်လူလာ ထိန်းညှိမှု ယန္တရားများအကြောင်း နက်နဲသော ထိုးထွင်းအမြင်များ ပေးဆောင်ခြင်း။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: BMK တွင် နမူနာ အမျိုးအစားပေါင်း 20,000 ကျော်ကို လုပ်ဆောင်ခြင်း မှတ်တမ်းနှင့်အတူ၊ မတူကွဲပြားသော နမူနာအမျိုးအစားများနှင့် lncRNA ပရောဂျက်များပါဝင်သည့် မှတ်တမ်းနှင့်အတူ၊ ကျွန်ုပ်တို့အဖွဲ့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။
●တင်းကျပ်သောအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု: ကျွန်ုပ်တို့သည် နမူနာနှင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမှ စီစစ်ခြင်းနှင့် ဇီဝအချက်အလက်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအထိ အဆင့်အားလုံးတွင် အဓိကထိန်းချုပ်မှုအချက်များကို အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။ဤစေ့စပ်သေချာစွာ စောင့်ကြည့်စစ်ဆေးခြင်းသည် အရည်အသွေးမြင့်မားသောရလဒ်များကို တသမတ်တည်းရရှိရန် သေချာစေသည်။
● အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လ-ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | ပလပ်ဖောင်း | အကြံပြုထားသော အချက်အလက် | ဒေတာ QC |
| Poly A ကြွယ်ဝသည်။ | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များအတွက် RIN≥6.5; တိရစ္ဆာန်များအတွက် RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
● အပင်များ
အမြစ်၊ ပင်စည် သို့မဟုတ် ပန်းပွင့်: 450 မီလီဂရမ်
အရွက် သို့မဟုတ် အစေ့: 300 မီလီဂရမ်
အသီး: 1.2 ဂရမ်
● တိရစ္ဆာန်
နှလုံး သို့မဟုတ် အူလမ်းကြောင်း: 450 မီလီဂရမ်
ကလီစာ သို့မဟုတ် ဦးနှောက်: 240 မီလီဂရမ်
ကြွက်သား: 600 မီလီဂရမ်
အရိုး၊ ဆံပင် သို့မဟုတ် အရေပြား: 1.5g
● Arthropods-
အင်းဆက်များ : 9g
Crustacea: 450 မီလီဂရမ်
● သွေးတစ်ခုလုံး-2 ပြွန်
● ဆဲလ်များ- 106 ဆဲလ်များ
● Serum နှင့် Plasma: 6 mL
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊B1၊ B2၊ B3 ......
တင်ပို့မှု-
1. ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2. RNAstable tubes- RNA နမူနာများကို RNA stabilization tube (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝအချက်အလက်
circRNA ခန့်မှန်းချက်- ခရိုမိုဆိုမ် ဖြန့်ဖြူးမှု
ကွဲပြားစွာ ဖော်ပြထားသော circRNAs - မီးတောင် ကြံစည်မှု
ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော circRNAs - အထက်အောက် အစုအဝေးများ
circRNA ၏အိမ်ရှင် ဗီဇများ ၏ လုပ်ငန်းဆောင်တာ ကြွယ်ဝမှု
BMKGene' circRNA sequencing ဝန်ဆောင်မှုများမှ ပံ့ပိုးပေးထားသော သုတေသနတိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ။
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 သည် circRNA ဖွဲ့စည်းမှုနှင့် microRNA အကြားအသည်းရောင်အသားဝါကင်ဆာရှိ မျိုးရိုးဗီဇ အသံတိတ်ခြင်းကို ထိန်းညှိပေးသည်'၊ Oncogene 2021 40:25၊ 40(25)၊ စ. 4338–4351။doi: 10.1038/s41388-021-01867-6။
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsive transcriptome သည် ဆန်တွင် OsARAB ၏အသုံးအနှုန်းကို ထိန်းညှိခြင်းဖြင့် ရောဂါခုခံမှုတွင် စက်ဝိုင်းပုံ RNA133 ၏အခန်းကဏ္ဍကို ဖော်ပြသည်'၊ Phytopathology Research၊ 5(1)၊ စ. 1-14။doi- 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6။
Y, H. et al ။(2023) 'CPSF3 သည် hepatocellular carcinoma ရှိ စက်ဝိုင်းပုံနှင့် မျဉ်းသား စာသားများ၏ ချိန်ခွင်လျှာကို ပြုပြင်ပေးသည်'။doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1။
Zhang, Y. et al ။(2023) 'အသည်းအစားထိုးခြင်းမပြုမီနှင့် အသည်းအစားထိုးပြီးနောက်တွင် circRNAs ၏ ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အကဲဖြတ်ခြင်း'၊ International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495။
