BMKMANU S1000 Spatial စာသားမှတ်တမ်း
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာ အစီအစဉ်
BMKMANU S1000 ၏ အားသာချက်များ
1) Sub-cellular resolution- ဖမ်းယူသည့်ဧရိယာတစ်ခုစီတွင် အချင်း 2.5 µm နှင့် အချင်း 2.5 µm ရှိသော spatial barcoded Spots များ > 2 million ပါဝင်ပြီး အစက်အပြောက်စင်တာများကြား 5 µm အကွာအဝေး၊ ဆဲလ်ခွဲခွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု (5 µm) ဖြင့် spatial transcriptome analysis ကို ဖွင့်ပေးသည်။
2) Multi-level resolution ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာမှု- 100 μm မှ 5 μm အထိ လိုက်လျောညီထွေရှိသော အဆင့်ပေါင်းများစွာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု သည် မတူကွဲပြားသော တစ်ရှူးအင်္ဂါရပ်များကို အကောင်းဆုံး ကြည်လင်ပြတ်သားစွာ ဖြေရှင်းရန်။
3) ပြည့်စုံသော စာသားမှတ်တမ်း ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်း- တစ်သျှူးဆလိုက်တစ်ခုလုံးမှ ဖမ်းယူထားသော စာသားမှတ်တမ်းများကို ပစ်မှတ်မျိုးဗီဇအရေအတွက်နှင့် ပစ်မှတ်ဧရိယာအပေါ် ကန့်သတ်မှုမရှိဘဲ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာနိုင်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| စာကြည့်တိုက် | Sequence ဗျူဟာ | ဒေတာထုတ်ပေးရန် အကြံပြုထားသည်။ |
| S1000 cDNA စာကြည့်တိုက် | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60Gb/နမူနာ |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| နမူနာ | နံပါတ် | အရွယ်အစား | RNA အရည်အသွေး |
| OCT တွင် ထည့်သွင်းထားသော တစ်ရှူးပိတ်ဆို့ခြင်း။ | 2-3 တုံး/နမူနာ | အနီးစပ်ဆုံး6.8x6.8x6.8 မီလီမီတာ3 | RIN≥7 |
နမူနာပြင်ဆင်မှုလမ်းညွှန်နှင့် ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းအသွားအလာဆိုင်ရာ အသေးစိတ်အချက်အလက်များအတွက် ကျေးဇူးပြု၍ တစ်ဦးနှင့်စကားပြောပါ။BMKGENE ကျွမ်းကျင်သူ
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
အကြိုစမ်းသပ်မှု
Spatial barcoding
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
BMKMANU S1000 မှထုတ်ပေးသောဒေတာကို BMKGENE မှလွတ်လပ်စွာဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည့်ဆော့ဖ်ဝဲ “BSTMatrix” ကိုအသုံးပြု၍ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာသည်-
1) Gene expression matrix မျိုးဆက်
2) HE image processing
3) ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် downstream third-party software နှင့် လိုက်ဖက်သည်။
4) အွန်လိုင်း “BSTViewer” သည် မတူညီသော ကြည်လင်ပြတ်သားမှုဖြင့် ပုံရိပ်ယောင်ရလဒ်များကို ရရှိရန် ကူညီပေးသည်။
၁။အစက်အပြောက်အစုအဝေး
2.Spatial ဖြန့်ဖြူးခြင်း။
Note: ဆုံးဖြတ်ချက်အဆင့်=၁၃ (၁၀၀ µm, ဝဲ); 7 (၅၀ µmမှန်တယ်)
3.Marker ဖော်ပြချက် များပြားသောအစုလိုက်အပြုံလိုက် အပူပေးမြေပုံ
4.Inter-နမူနာဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
