-
Evolutionary မျိုးရိုးဗီဇ
လူဦးရေနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းကို BMK R&D အဖွဲ့အတွင်း နှစ်ပေါင်းများစွာ စုဆောင်းထားသော ကြီးမားသော အတွေ့အကြုံအပေါ် အခြေခံ၍ တည်ထောင်ထားသည်။အထူးသဖြင့် bioinformatics ဘာသာရပ်ကို အဓိကမထားသော သုတေသီများအတွက် အသုံးပြုရလွယ်ကူသော tool တစ်ခုဖြစ်သည်။ဤပလပ်ဖောင်းသည် ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်တည်ဆောက်မှု၊ ချိတ်ဆက်မှုမညီမျှမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုအကဲဖြတ်မှု၊ ရွေးချယ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ ဆွေမျိုးသားချင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ PCA၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုစသည်ဖြင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။
-
circ-RNA
Circular RNA(circRNA) သည် မကြာသေးမီက တွေ့ရှိခဲ့သော ကုဒ်မဟုတ်သော RNA အမျိုးအစားတစ်ခုဖြစ်ပြီး၊ ဖွံ့ဖြိုးဆဲ၊ ပတ်ဝန်းကျင် ခုခံမှုစသဖြင့် ပါဝင်သည့် စည်းကမ်းကွန်ရက်များတွင် အရေးပါသော အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်နေပါသည်။ linear RNA မော်လီကျူးများ ဥပမာ mRNA၊ lncRNA၊ 3′ နှင့် 5′ တို့နှင့် ကွဲပြားပါသည်။ circRNA ၏ အဆုံးစွန်းများသည် exonuclease ၏ အစာခြေခြင်းမှ ကယ်တင်ပြီး linear RNA အများစုထက် ပိုမိုတည်ငြိမ်သော စက်ဝိုင်းပုံသဏ္ဍာန်တစ်ခုအဖြစ် ပေါင်းစပ်ထားသည်။CircRNA သည် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုကို ထိန်းညှိရာတွင် ကွဲပြားသောလုပ်ဆောင်ချက်များရှိကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။CircRNA သည် miRNA sponge ဟုခေါ်သော miRNA ကို အပြိုင်အဆိုင် ချိတ်ဆက်ပေးသော ceRNA အဖြစ် လုပ်ဆောင်နိုင်သည်။CircRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းသည် circRNA တည်ဆောက်ပုံနှင့် ထုတ်ဖော်ပြောဆိုမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ ပစ်မှတ်ခန့်မှန်းခြင်းနှင့် အခြားသော RNA မော်လီကျူး အမျိုးအစားများနှင့်အတူ ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို အားကောင်းစေသည်။
-
BSA
Bulked Segregant ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပလပ်ဖောင်းတွင် စိတ်ကြိုက် ကန့်သတ်ဘောင်ဆက်တင်ဖြင့် အဆင့်တစ်ဆင့် စံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့် အဆင့်မြင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများ ပါဝင်ပါသည်။BSA သည် phenotype နှင့်ဆက်စပ်သော မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများကို အမြန်ဖော်ထုတ်ရန် အသုံးပြုသည့် နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။BSA ၏ အဓိကလုပ်ငန်းအသွားအလာတွင်- 1. အလွန်ဆန့်ကျင်ဘက်ဖြစ်သော ဖီနိုအမျိုးအစားများပါရှိသော လူအုပ်စုနှစ်ခုကို ရွေးချယ်ခြင်း၊2. လူတစ်ဦးချင်းစီ၏ DNA၊ RNA သို့မဟုတ် SLAF-seq (Biomarker မှ တီထွင်ထားသည့်) DNA အစုအဝေးနှစ်ခုကို ဖွဲ့စည်းရန်၊3. ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ် သို့မဟုတ် အကြားရှိ ကွဲပြားသော sequences များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း၊ 4. ED နှင့် SNP-index algorithm ဖြင့် ကိုယ်စားလှယ်လောင်းချိတ်ဆက်ထားသော ဒေသများကို ခန့်မှန်းခြင်း၊5. ယှဉ်ပြိုင်သည့်ဒေသများရှိ မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့် ကြွယ်ဝမှု စသည်တို့။ မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားပြုလုပ်ခြင်း နှင့် primer ဒီဇိုင်း အပါအဝင် ဒေတာများတွင် ပိုမိုအဆင့်မြင့်သော တူးဖော်မှုများကိုလည်း ရရှိနိုင်ပါသည်။
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) ပလပ်ဖောင်းသည် စံပြုအခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပါ၀င်သည့် အဏုဇီဝကွဲပြားမှုဆိုင်ရာ ပရောဂျက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် နှစ်ပေါင်းများစွာ အတွေ့အကြုံဖြင့် တီထွင်ထားခြင်းဖြစ်သည်- အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် လက်ရှိအဏုဇီဝသုတေသန၏ ပင်မခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာကို အကျုံးဝင်သည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာသည် ကြွယ်ဝပြီး ပြည့်စုံသည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုရလဒ်များကို ပရောဂျက်အစီရင်ခံစာပုံစံဖြင့် တင်ပြပါသည်။ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ အကြောင်းအရာသည် ကွဲပြားသည်။နမူနာများကို ရွေးချယ်နိုင်ပြီး ကန့်သတ်ချက်များကို အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်အစီရင်ခံစာနှင့် သုတေသနရည်ရွယ်ချက်အရ စိတ်ကြိုက်သတ်မှတ်ထားသော လိုအပ်ချက်များကို သိရှိနိုင်ရန် လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေရန် သတ်မှတ်နိုင်သည်။Windows လည်ပတ်မှုစနစ်သည် ရိုးရှင်းပြီး မြန်ဆန်သည်။
