Prodotti

Sekwenzar tal-Framment Amplifikat tal-Locus Speċifiku (SLAF-Seq)

Immaġni Dehru Sekwenzar ta' Framment Amplifikat ta' Locus Speċifiku (SLAF-Seq).

Il-ġenotipi ta' produzzjoni għolja, speċjalment fuq popolazzjoni fuq skala kbira, huwa pass fundamentali fl-istudji ta' assoċjazzjoni ġenetika, li jipprovdi bażi ġenetika għall-iskoperta tal-ġeni funzjonali, analiżi evoluzzjonarja, eċċ. Minflok sekwenzar mill-ġdid profond tal-ġenoma kollu, sekwenzar tal-ġenoma ta' rappreżentazzjoni mnaqqsa (RRGS ) hija introdotta biex timminimizza l-ispiża tas-sekwenzjar għal kull kampjun, filwaqt li tinżamm effiċjenza raġonevoli fuq l-iskoperta tal-markatur ġenetiku.Dan huwa komunement miksub billi jiġi estratt framment ta 'restrizzjoni fi ħdan firxa ta' daqs partikolari, li hija msemmija librerija ta 'rappreżentazzjoni mnaqqsa (RRL).Is-sekwenzjar tal-frammenti amplifikati tal-lokus speċifiku (SLAF-Seq) huwa strateġija żviluppata minnha nfisha għall-ġenotipi SNP bi jew mingħajr ġenoma ta' referenza.
Pjattaforma: Pjattaforma Illumina NovaSeq

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Pubblikazzjonijiet Dehru

Dettalji tas-Servizz

Skema Teknika

Fluss tax-xogħol

Vantaġġi tas-Servizz

Effiċjenza għolja ta 'skoperta ta' markatur- It-teknoloġija ta' sekwenzar ta' produzzjoni għolja tassisti SLAF-Seq fl-iskoperta ta' mijiet ta' eluf ta' tikketti fil-ġenoma kollu.

Dipendenza baxxa fuq il-ġenoma- Jista' jiġi applikat għal speċi jew bi jew mingħajr ġenoma ta' referenza.

Disinn ta 'skema flessibbli- Diġestjoni b'enzima waħda, enzima doppja, b'ħafna enzimi u diversi tipi ta 'enzimi, kollha jistgħu jintgħażlu biex jilqgħu għan jew speċi ta' riċerka differenti.Il-valutazzjoni minn qabel in silico tintuża biex tiżgura disinn ta 'enżimi ottimali.

Diġestjoni enżimatika effiċjenti- Twettaq esperiment minn qabel biex jiġu ottimizzati l-kundizzjonijiet, li jagħmel l-esperiment formali stabbli u affidabbli.L-effiċjenza tal-ġbir tal-frammenti tista 'tikseb aktar minn 95%.

Tikketti SLAF imqassma indaqs- It-tikketti SLAF huma mqassma b'mod ugwali fil-kromożomi kollha sa l-akbar punt, u jiksbu medja ta' 1 SLAF għal kull 4 kb.

Evitar effettiv tar-repetizzjonijiet- Is-sekwenza ripetittiva fid-dejta SLAF-Seq titnaqqas għal inqas minn 5%, speċjalment fi speċi b'livell għoli ta' ripetizzjonijiet, bħal qamħ, qamħirrum, eċċ.

Esperjenza estensiva-Iktar minn 2000 proġett SLAF-Seq magħluq fuq mijiet ta 'speċi li jkopru pjanti, mammiferi, għasafar, insetti, akkwa-organiżmi, eċċ.

Fluss tax-xogħol bijoinformatiku żviluppat innifsu- Ġie żviluppat fluss tax-xogħol bijoinformatiku integrat għal SLAF-Seq minn BMKGENE biex jiżgura l-affidabbiltà u l-eżattezza tal-output finali.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Pjattaforma	Konċ.(ng/gl)	Total (ug)	OD260/280
Illumina NovaSeq	>35	>1.6(Volum>15μl)	1.6-2.5

Nota: Tliet kampjuni, kull wieħed bi tliet skemi ta 'enżimi, se jsiru għal qabel l-esperiment.

Strateġija ta' Sekwenzar Rakkomandata

Fond tas-sekwenzjar: 10X/Tag

Daqs tal-Ġenoma	Tags SLAF Rakkomandati
< 500 Mb	100K jew WGS
500 Mb- 1 Gb	100 K
1 Gb -2 Gb	200 K
Ġenomi ġganti jew kumplessi	300 - 400K

Applikazzjonijiet

Irrakkomandat

Skala tal-Popolazzjoni

Strateġija ta' sekwenzar u fond

Fond

Numru tat-Tag

GWAS

Numru tal-kampjun ≥ 200

10X

Skond

daqs tal-ġenoma

Evoluzzjoni Ġenetika

Individwi ta' kull wieħed

sottogrupp ≥ 10;

kampjuni totali ≥ 30

10X

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Kontenitur: 2 ml tubu ċentrifugu

Għall-biċċa l-kbira tal-kampjuni, nirrakkomandaw li ma tippreservax fl-etanol.

Tikkettjar tal-kampjuni: Il-kampjuni jridu jkunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta' informazzjoni tal-kampjun sottomessa.

Ġarr: Is-silġ niexef: L-ewwel jeħtieġ li l-kampjuni jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Kampjun QC

Esperiment pilota

SLAF-esperiment

Preparazzjoni Librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-Dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar tad-DNA/RNA – Nanopore Sequencer

Li jmiss: Sekwenzar tal-Exome Sħiħ tal-Bniedem

1. Statistika tar-riżultat tal-mappa

2. Żvilupp tal-markatur SLAF

3. Annotazzjoni tal-varjazzjoni

Sena	Ġurnal	IF	Titolu	Applikazzjonijiet
2022	Komunikazzjoni dwar in-natura	17.694	Bażi ġenomika tal-giga-kromożomi u giga-genoma tal-peony tas-siġar Paeonia ostii	SLAF-GWAS
2015	Fitologu Ġdid	7.433	Il-footprints tad-domestikazzjoni jankraw reġjuni ġenomiċi ta’ importanza agronomika fi fażola tas-sojja	SLAF-GWAS
2022	Ġurnal ta 'Riċerka Avvanzata	12.822	Introgressjonijiet artifiċjali madwar il-ġenoma ta' Gossypium barbadense f'G. hirsutum jiżvelaw loci superjuri għal titjib simultanju tal-kwalità u r-rendiment tal-fibra tal-qoton karatteristiċi	SLAF-ġenetika evoluzzjonarja
2019	Impjant Molekulari	10.81	L-Analiżi Ġenomika tal-Popolazzjoni u l-Assemblea De Novo Jikxef l-Oriġini ta 'Weedy Ross bħala Logħba Evoluttiva	SLAF-ġenetika evoluzzjonarja
2019	Ġenetika tan-Natura	31.616	Sekwenza tal-ġenoma u diversità ġenetika tal-karpjun komuni, Cyprinus carpio	Mappa SLAF-Linkage
2014	Ġenetika tan-Natura	25.455	Il-ġenoma tal-karawett ikkultivat jipprovdi ħarsa lejn karjotipi tal-legumi, poliplojdi evoluzzjoni u domestikazzjoni tal-uċuħ tar-raba’.	Mappa SLAF-Linkage
2022	Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti	9.803	L-identifikazzjoni ta 'ST1 tiżvela għażla li tinvolvi hitchhiking tal-morfoloġija taż-żerriegħa u l-kontenut taż-żejt waqt id-domestikazzjoni tas-sojja	Żvilupp SLAF-Marker
2022	Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari	6.208	Identifikazzjoni u Żvilupp ta' Marker tad-DNA għal Qamħ-Leymus mollis 2Ns (2D) Sostituzzjoni tal-Kromożomi Disomic	Żvilupp SLAF-Marker