Prodotti

Sekwenzar ta' RNA prokarjotiku

Sekwenzar tal-RNA prokarjotiku Dehru Image

Is-sekwenzjar tal-RNA prokarjotiku juża s-sekwenzjar tal-ġenerazzjoni li jmiss (NGS) biex jiżvela l-preżenza u l-kwantità ta 'RNA f'mument partikolari, billi janalizza t-transcriptome ċellulari li qed jinbidel.Is-sekwenzjar tal-RNA prokarjotiku tal-kumpanija tagħna, jimmira speċifikament lejn prokarjoti b'ġenomi ta 'referenza, li jipprovdilek profili tat-traskriptome, analiżi tal-istruttura tal-ġeni, eċċ. Ġie applikat b'mod wiesa' għar-riċerka xjentifika bażika, riċerka u żvilupp tad-droga, u aktar.

Pjattaforma: Pjattaforma Illumina NovaSeq

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Pjattaforma: Pjattaforma Illumina NovaSeq, PE150

Tip ta' librerija: 350bp daħħal librerija cDNA (tiddependi fuq l-ogħla distribuzzjoni)

Strateġija ta' sekwenzar: Paired-End 150 bp

Irrakkomanda l-ammont tad-dejta: 2 Gb data/kampjun mhux ipproċessat

Bijoinformatika

(1) Kontroll tal-kwalità tad-dejta tas-sekwenzjar: Distribuzzjoni tan-nukleotidi, distribuzzjoni tal-kwalità tal-bażi, valutazzjoni tal-proporzjon tal-rRNA;

(2) Analiżi tal-allinjament tas-sekwenza: Statistika tar-riżultat tal-allinjament, Saturazzjoni tas-sekwenzjar, Kopertura tas-sekwenzjar;

(3) Annotazzjoni tal-ġenoma ta' referenza (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiżi ta 'espressjoni: Distribuzzjoni ta' espressjoni (B'żewġ kampjuni jew aktar), Analiżi ta 'espressjoni bejn kampjuni (Analiżi Venn, Analiżi ta' Korrelazzjoni, analiżi PCA);

(5) Analiżi ta 'espressjoni differenzjali (B'żewġ kampjuni jew aktar);

(6) Analiżi tas-sett tal-ġeni: Analiżi Venn, Analiżi tal-Cluster, Analiżi tal-annotazzjoni tal-Funzjonijiet (COG, GO, KEGG), Analiżi tal-arrikkiment tal-Funzjonijiet (GO, KEGG), Graff tal-korda tal-arrikkiment tal-funzjoni, analiżi Ipath;

(7) analiżi sRNA: tbassir sRNA, annotazzjoni sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), tbassir ta 'struttura sekondarja sRNA, tbassir tal-ġene fil-mira sRNA;

(8) Analiżi tal-istruttura tat-traskrizzjoni: Analiżi tal-Operon, Tbassir tas-siti tal-bidu u tat-tmiem tat-Traskrizzjoni, annotazzjoni u analiżi UTR, Tbassir tas-sekwenza tal-Promotur, analiżi SNP/InDel (annotazzjoni SNP/InDel, distribuzzjoni reġjonali SNP/InDel, statistika SNP).