Prodotti

Sekwenzar tal-mRNA-Illumina mhux ibbażat fuq Referenza

Immaġni Dehru Sekwenzar tal-mRNA-Illumina mhux ibbażati fuq Referenza

Is-sekwenzjar tal-mRNA jadotta teknika ta' sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss (NGS) biex jaqbad il-messaġġier RNA(mRNA) forma Eukaryote f'perjodu speċifiku li xi funzjonijiet speċjali qed jattivaw.L-itwal traskrizzjoni spliced kienet imsejħa 'Unigene' u użata bħala s-sekwenza ta 'referenza għal analiżi sussegwenti, li hija mezz effettiv biex jiġi studjat il-mekkaniżmu molekulari u n-netwerk regolatorju tal-ispeċi mingħajr referenza.

Wara l-assemblaġġ tad-dejta tat-traskriptome u l-annotazzjoni funzjonali unigene

(1)Analiżi SSR, tbassir CDS u struttura tal-ġeni se jiġu preformati.

(2) Se titwettaq kwantifikazzjoni ta 'espressjoni unigene f'kull kampjun.

(3) Unigenes espressi b'mod differenzjali bejn kampjuni (jew gruppi) se jiġu skoperti abbażi tal-espressjoni unigene

(4)Se jsiru clustering, annotazzjoni funzjonali u analiżi ta' arrikkiment ta' unigenes espressi b'mod differenzjali

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Karatteristiċi

● Indipendenti minn kwalunkwe ġenoma ta' referenza,

● Id-dejta tista' tintuża biex tanalizza l-istruttura u l-espressjoni tat-traskrizzjonijiet

● Identifika siti varjabbli tal-qtugħ

Vantaġġi tas-Servizz

● Twassil tar-riżultat ibbażat fuq BMKCloud: Ir-riżultati huma kkonsenjati bħala fajl tad-dejta u rapport interattiv permezz tal-pjattaforma BMKCloud, li tippermetti qari faċli għall-utent ta 'outputs ta' analiżi kumplessi u tħaffir tad-dejta apposta fuq il-bażi ta 'analiżi bijoinformatika standard.

● Servizzi ta 'wara l-bejgħ: Servizzi ta' wara l-bejgħ validi għal 3 xhur mat-tlestija tal-proġett, inkluż is-segwitu tal-proġetti, issolvi l-problemi, riżultati Q&A, eċċ.

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:

Nukleotidi:

Konċ.(ng/μl)

Ammont (μg)

Purità

Integrità

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel.

Għall-pjanti: RIN≥6.5;

Għall-annimali: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda

Tessut: Piż (niexef): ≥1 g
* Għal tessut iżgħar minn 5 mg, nirrakkomandaw li tibgħat kampjun tat-tessut iffriżat flash (f'nitroġenu likwidu).

Sospensjoni taċ-ċelluli: Għadd taċ-ċelluli = 3 × 10⁷
*Nirrakkomandaw li nibgħatu lisat taċ-ċelluli ffriżati.F'każ li dik iċ-ċellula tgħodd iżgħar minn 5 × 10⁵, flash iffriżat fin-nitroġenu likwidu huwa rakkomandat.

Kampjuni tad-demm:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol u 2mL demm (TRIzol:Demm=3:1)

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Kontenitur:
Tubu taċ-ċentrifuga ta' 2 ml (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Konsenja:
1.Dry-silġ: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: kampjuni RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta 'stabbilizzazzjoni RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Disinn tal-esperimenti

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tal-RNA

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar twil mhux ta 'kodifikazzjoni-Illumina

Li jmiss: Sekwenzar tal-mRNA Ewkarjotiku-Illumina

Bijoinformatika

1.mRNA(denovo) Prinċipju ta ' l-Assemblea

Minn Trinity, il-qari huma frammentati f'biċċiet iżgħar, magħrufa bħala K-mer.Dawn il-K-mers imbagħad jintużaw bħala żrieragħ biex jiġu estiżi f'kontigs u mbagħad komponent ibbażat fuq sovrapożizzjonijiet kontig.Fl-aħħarnett, De Bruijn ġie applikat hawn biex jirrikonoxxi traskrizzjonijiet fil-komponenti.

mRNA-(De-novo)-Ħarsa ġenerali-of-Trinity

mRNA (De novo) Ħarsa ġenerali lejn Trinity

2.mRNA (De novo) Distribuzzjoni tal-Livell tal-Espressjoni tal-Ġene

RNA-Seq huwa kapaċi jikseb stima sensittiva ħafna tal-espressjoni tal-ġeni.Normalment, il-firxa skoperta ta' espressjoni ta' traskrizzjonijiet FPKM tvarja minn 10^-2 sa 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribuzzjoni-ta-densità-FPKM-f'kull-kampjun

mRNA (De novo) Distribuzzjoni tad-densità FPKM f'kull kampjun

3.mRNA (De novo) GO Analiżi ta' Arrikkiment tad-DEGs

Id-database GO (Gene Ontology) hija sistema ta' annotazzjoni bijoloġika strutturata li fiha vokabularju standard tal-funzjonijiet tal-ġeni u tal-prodotti tal-ġeni.Fiha livelli multipli, fejn iktar ma jkun baxx il-livell, iktar ikunu speċifiċi l-funzjonijiet.

mRNA-(De-novo)-GO-klassifikazzjoni-of-DEGs-at-tieni livell

mRNA (De novo) klassifikazzjoni GO tad-DEGs fit-tieni livell

Kawża BMK

Analiżi tat-Traskriptome tal-Metaboliżmu tas-Sukrożju waqt Nefħa tal-Bozza u Żvilupp fil-Basla (Allium cepa L.)

Ippubblikat: fruntieri fix-xjenza tal-pjanti，2016

Strateġija ta' sekwenzar

Illumina HiSeq2500

Ġbir tal-kampjuni

Il-kultivar Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" intużat f'dan l-istudju.In-numru ta 'kampjuni miġbura kien
Il-15-il jum wara nefħa (DAS) tal-bozza (dijametru ta’ 2 ċm u piż ta’ 3–4 g), it-30 DAS (dijametru ta’ 5 ċm u piż ta’ 100–110 g), u ~3 fuq l-40 DAS (dijametru ta’ 7 ċm u 260-300 gramma).

Riżultati ewlenin

1. fid-dijagramma Venn, total ta '146 DEG ġew skoperti fit-tliet pari ta' stadji ta 'żvilupp
2. "Trasport u metaboliżmu tal-karboidrati" kien rappreżentat biss minn 585 unigenes (jiġifieri, 7% tal-COG annotat).
3.Unigenes annotati b'suċċess fid-database GO ġew ikklassifikati fi tliet kategoriji prinċipali għat-tliet stadji differenti tal-iżvilupp tal-bozoz.Il-biċċa l-kbira rappreżentati fil-kategorija prinċipali tal-"proċess bijoloġiku" kienu "proċess metaboliku", segwit minn "proċess ċellulari".Fil-kategorija prinċipali ta '"funzjoni molekulari" iż-żewġ kategoriji l-aktar rappreżentati kienu "vinkolanti" u "attività katalitika".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-studju

Istogramma ta 'clusters of orthologius groups (COG) klassifikazzjoni

Istogramma tal-klassifikazzjoni tal-ontoloġija tal-ġeni (GO) għal unigenes derivati minn bozoz fi tliet stadji ta' żvilupp

Dijagramma Venn li turi ġeni espressi b'mod differenzjat fi kwalunkwe żewġ stadji tal-iżvilupp tal-bozza tal-basal

Referenza

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Analiżi tat-Traskriptome tal-Metaboliżmu tas-Sukrożju waqt Nefħa tal-Bozza u Żvilupp fil-Basla (Allium cepa L.)[J].Fruntieri fix-Xjenza tal-Pjanti, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425