EVOLUZZJONI TAL-ĠENOME
Ġenoma De novo
Assemblaġġ|Determinazzjoni tas-sess Ix-xogħlijiet kollha ta' sekwenzar u s-servizzi bijoinformatiċi parzjali ġew ipprovduti minn Biomarker Techonologies.
Astratt
“Il-fenotip emblematiku tad-draguni tal-baħar jinkludi appendiċi li jixbħu weraq, ħalq tubulari mingħajr snien, u tqala maskili li tinvolvi l-inkubazzjoni ta’ bajd fertilizzat fuq “roqgħa tar-razza” miftuħa.Aħna sekwenzajna de novo-ġenomi maskili u femminili tad-dragun tal-baħar komuni (Phyllopteryx taeniolatus) u l-ispeċi relatati mill-qrib tiegħu, il-pipefish alligator (Syngnathoides biaculeatus).Profili ta 'traskrizzjoni minn novità evoluttiva, l-appendiċi li jixbħu weraq, juru li sett ta' ġeni tipikament involuti fl-iżvilupp tal-pinen ġew kooptati kif ukoll arrikkiment ta 'traskrizzjonijiet għal tiswija potenzjali tat-tessuti u ġeni ta' difiża immuni.Il-mutanti ta 'zebrafish għal scpp5, li jintilef fis-syngnathids kollha, instabu li m'għandhomx jew għandhom snien farinġi deformati, li jappoġġjaw l-ipoteżi li t-telf ta' scpp5 ikkontribwixxa għat-telf tas-snien fis-syngnathids.Ġie identifikat locus putattiv li jiddetermina s-sess li jikkodifika ġene amhr2y speċifiku għall-irġiel kondiviż minn seadragon u alligator pipefish komuni. ”
Materjali u metodi:
Materjali
Fid-dragun tal-baħar komuni tagħna (P. taeniolatus) u żewġ alligator pipefish (S. biaculeatus) kampjuni.Żewġ individwi seadragon komuni (wieħed maskili u wieħed mara) u żewġ alligator pipefish (wieħed raġel u mara waħda) intużaw għas-sekwenzjar tal-ġenoma kollu, u żewġ individwi oħra maskili komuni seadragon intużaw għar-risekwenzjar tal-ġenoma.
Strateġija ta' Sekwenzar tal-Ġenomi
2Librerija 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) jew Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sequencing, u żewġ individwi seadragon komuni maskili oħra ntużaw għal resequencing tal-ġenoma.
Sekwenzar tat-Traskriptome
Fjew inġabru seadragon komuni, moħħ, għajn, garġi, fwied, qalb, kliewi, mesentery, musrana, muskoli, xewk, ġilda, appendiċi bħal weraq, testikoli u ovarji.
Strateġija tal-assemblaġġ tal-ġenoma de novo
Canu (Korezzjoni) + WTDBG2 (Assembly) + Pilon(Pollakk) + Lachesis (Hi-C).
Riżultati Ewlenin
Fig. 1. Karatteristiċi ewlenin tad-dragun tal-baħar komuni (P. taeniolatus) u l-pipefish alligatur (S. biaculeatus) u l-pożizzjonijiet filoġenetiċi tagħhom.
Fig. 2. Morfoloġija u għamla ġenetika tal-appendiċi li jixbħu weraq fid-dragun tal-baħar komuni (P. taeniolatus).
Fig. 3. Ġene putattiv tad-determinazzjoni tas-sess fid-dragun tal-baħar komuni (P. taeniolatus) u l-pipefish alligator (S. biaculeatus).
Fig. 4. Fenotipi tas-snien farinġi f'mutanti omozigoti scpp5 tal-fish zebra.
Ħin tal-post: Jan-08-2022