Fl-2021, BMKGENE rat 31 riċerka De novo dwar il-ġenoma ppubblikati b'suċċess f'ġurnali b'impatt għoli b'fatturi ta' impatt totali ta' aktar minn 320. 15 mill-artikoli ġew ko-awturi 4 minnhom ġew ko-awturi bħala l-ewwel awturi minn BMKGENE
Eżatt wara l-bidu tas-sena 2022, diġà kien hemm żewġ artikli ta 'riċerka ppubblikati fuq il-ġurnal "Natural Genetics" u "Molecular Plant" rispettivament.Dawn huma, "Żewġ aplotipi diverġenti minn ġenoma ta 'lychee eterozigoti ħafna jissuġġerixxu avvenimenti ta' domestikazzjoni indipendenti għal kultivari ta 'maturazzjoni bikrija u tardiva" (Riċerka dwar il-ġenoma tal-Lychee, immexxija mill-Kulleġġ tal-Ortikultura, l-università Agrikola tan-Nofsinhar taċ-Ċina, u kollaboraturi xjentifiċi, ippubblikati fuq Natural Genetics. ), u "Sekwenzi tal-ġenoma tal-ħames speċi Sitopsis ta 'Aegilops u l-oriġini tal-qamħ polyploid B-subgenome" (Ġenoma tal-Ħames speċi Sitopsis, immexxija mit-tim ta' riċerka tal-Professur Bao Liu tal-Università Normali tal-Grigal.).Aħna se nirrevedu wkoll dawn iż-żewġ artikli u naqsmu mal-qarrejja tagħna.
Issa, ejja nagħtu daqqa t'għajn lejn l-artikoli ta 'riċerka eċċellenti ppubblikati fl-2021 ko-awtur minn BMK u l-faċilitajiet kollaborati tagħna.
Ġenoma tal-Pjanti — Skomplijiet fuq multi-speċi.
1.Assemblaġġ tal-ġenoma ta 'kwalità għolja jenfasizza l-karatteristiċi ġenomiċi tas-segala u l-ġeni agronomikament importanti
Faċilità Kkollaborata: Università Agrikola Henan
Ġurnal: Ġenetika Naturali
Fattur tal-Impatt: 38.31
F'dan il-proġett, il-ġenoma tas-segala Weining, varjetà ta 'segala elite Ċiniża, ġiet sekwenzata.Il-kontigs immuntati (7.74 Gb) ammontaw għal 98.47% tad-daqs tal-ġenoma stmat (7.86 Gb), b'93.67% tal-kontigs (7.25 Gb) assenjati għal seba 'kromożomi.Elementi ripetittivi kienu jikkostitwixxu 90.31% tal-ġenoma immuntat.Analiżi ulterjuri tal-assemblaġġ Weining jitfgħu dawl ġdid fuq id-duplikazzjonijiet tal-ġeni madwar il-ġenoma u l-impatt tagħhom fuq il-ġeni tal-bijosintesi tal-lamtu, l-organizzazzjoni fiżika ta 'loċi kumplessi tal-prolamin, il-karatteristiċi tal-espressjoni tal-ġeni sottostanti l-karatteristika tal-intestatura bikrija u r-reġjuni kromożomiċi assoċjati ma' domestikament putattiv u l-loċi fis-segala.Din is-sekwenza tal-ġenoma twiegħed li tħaffef l-istudji ġenomiċi u tat-tnissil fis-segala u għelejjel taċ-ċereali relatati.
2.Rose mingħajr prickle: għarfien ġenomic marbut mal-adattament tal-umdità
Faċilità Kkollaborata: Kunming Institute of Botanika, Akkademja tax-Xjenzi Ċiniża
Ġurnal: Reviżjoni tax-Xjenza Nazzjonali
Fattur tal-Impatt: 17.273
F'dan il-proġett, inġabru kampjuni ta' 'Basye's Thornless' (BT, kultivar mingħajr prickle ta' Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, ġenotip fundatur fid-domestikazzjoni tal-ward), l-ibridi F1 tagħhom u BCF1.U ġie ġġenerat assemblaġġ tal-ġenoma ta 'referenza ta' kwalità għolja biex jiġu identifikati elementi ġenetiċi relatati mal-iżvilupp tal-prickle taz-zokk.Id-daqs tal-ġenoma huwa madwar 530.6 Mb.Biex tivverifika l-kwalità tal-ġenoma immuntat, saru analiżi bħal paragun tal-mappa ġenetika, BUSCO, NGS jaqra assemblaġġ mill-ġdid, paragun mal-aplotip OB, kontroll tar-rata tal-iżball tal-bażi tas-sekwenza u kontroll tal-valur tal-Indiċi tal-Assembly LTR tal-ġenoma kollu (LAI=20.03).Din ir-riċerka tiżvela l-mudell ta 'wirt kumpless u l-mekkaniżmu regolatorju ta' prickles taz-zokk u pprovdietna b'pedament u riżorsi ġodda biex nistudjaw il-bijoloġija tal-ward u l-markaturi molekulari tal-mini assoċjati ma 'karatteristiċi importanti.
3.Sekwenza tal-Ġenoma Sħiħ ta' Allopolyploids Sintetizzati f'Cucumis Tiżvela għarfien dwar l-Evoluzzjoni tal-Ġenoma ta' Allopolyploidization
Faċilità Kkollaborata: Università Agrikola ta 'Nanjing
Ġurnal: Xjenza Avvanzata
Fattur tal-Impatt: 16.801
Dan l-istudju rrapporta l-ġenoma ta 'kwalità għolja ta' allotetraploid sintetiku miksub bl-użu ta 'ibridizzazzjoni interspeċifika bejn il-ħjar (C. sativus, 2n = 14) u l-ispeċi relattivi selvaġġi tiegħu (C. hystrix, 2n = 24) u d-duplikazzjoni tal-kromożomi sussegwenti, li hija l-ewwel waħda. allopolyploid sintetiku kompletament sekwenzat.L-assemblaġġ tal-ġenoma applika l-fluss tax-xogħol tas-sekwenzjar "PacBio + BioNano + Hi-C + Illuma", irriżulta f'daqs tal-ġenoma ta '530.8Mb u contig N50 = 6.5Mb.Qari ġew assenjati għal 19 psewdokromożomi u sottoġenomi.Ir-riżultati indikaw li l-ibridizzazzjoni, aktar milli d-duplikazzjoni tal-ġenoma, tikkawża l-maġġoranza tal-bidliet ġenomiċi kemm fil-ġenomi nukleari kif ukoll fil-ġenomi cp.Issuġġeriet li l-eterozigożità fissa tipprovdi C. × hytivus b'adattament akbar għall-istress.Ir-riżultati jipprovdu għarfien ġdid dwar l-evoluzzjoni tal-polyploidy tal-pjanti u joffru strateġija ta’ tnissil prospettiva għal għelejjel futuri.
4.Analiżi Komparattivi tal-Ġenoma Jenfasizzaw l-Espansjoni tal-Ġenoma Medjata minn Transposon u l-Arkitettura Evoluzzjonarja tat-Tiwi Ġenomiku 3D fil-Qoton
Faċilità Kkollaborata: Università Agrikola Huazhong
Ġurnal: Bijoloġija Molekulari u Evoluzzjoni
Fattur ta 'Impatt: 16.242
Dan il-proġett uża Nanopore Sequencing biex jiġbor ġenoma ta 'tliet speċi tal-qoton jiġifieri: Gossypium rotundifolium (K2, daqs tal-ġenoma = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, daqs tal-ġenoma = 1.62Gb, contigN50 = 1), u 1. G. raimondii (D5, daqs tal-ġenoma = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Aktar minn 99% tat-tliet ġenomi kollha ġew assemblati permezz ta 'Hi-C.Ir-riżultati tal-analiżi BUSCO huma 92.5%, 93.9% u 95.4% rispettivament.Dawn in-numri kollha indikaw li t-tliet ġenomi ta 'assemblaġġ huma ta' grad ta 'referenza.Analiżi komparattivi tal-ġenoma ddokumentaw id-dettalji tal-amplifikazzjoni TE speċifika għan-nisel li jikkontribwixxu għad-differenzi kbar fid-daqs tal-ġenoma.Dan l-istudju jitfa 'dawl fuq ir-rwol tal-espansjoni tal-ġenoma medjata mit-transposon fl-evoluzzjoni tal-istruttura tal-kromatin ta' ordni ogħla fil-pjanti.
5.Assemblaġġ fuq skala tal-kromożomi u analiżi tal-ġenoma tal-wiċċ tal-bijomassa Miscanthus lutarioriparius
Faċilità Kkollaborata: CAS Ċentru għall-Eċċellenza fix-Xjenzi tal-Pjanti molekulari
Ġurnal: Komunikazzjonijiet tan-Natura
Fattur tal-Impatt: 14.912
Dan il-proġett irrapporta assemblaġġ fuq skala ta 'kromożomi tal-ġenoma ta' Miscanthus lutarioriparius billi għaqqad is-sekwenzjar ta 'Oxford Nanopore u t-teknoloġiji Hi-C.L-assemblaġġ ta '2.07Gb ikopri 96.64% tal-ġenoma, b'kontig N50 ta' 1.71 Mb.Madwar 94.30% tas-sekwenzi totali kienu ankrati fi 19-il psewdokromożoma.Permezz ta 'tqabbil ma' sekwenza BAC, evalwazzjoni LAI, evalwazzjoni BUSCO, assemblaġġ mill-ġdid b'dejta NGS, assemblaġġ mill-ġdid ta 'dejta tat-traskriptome, il-ġenoma ġie evalwat bħala ta' kwalità għolja u kontinwità.L-oriġini allotetraplojde tal-M. lutarioriparius hija kkonfermata bl-użu ta' ripetizzjonijiet tas-satellita ċentromerika.Ġeni duplikati tandem ta 'M. lutarioriparius huma arrikkit funzjonali mhux biss f'termini relatati mar-rispons għall-istress, iżda l-bijosintesi tal-ħajt taċ-ċelluli.Id-duplikati tal-ġeni probabbilment għandhom rwol fil-fotosintesi C4 u jikkontribwixxu għall-fotosintesi ta' Miscanthus C4 f'temperatura baxxa.Ir-riċerka pprovdiet referenza importanti għall-istudju tal-pjanti perenni.
6.Assemblaġġ tal-ġenoma Camptotheca acuminata fil-livell tal-kromożomi jipprovdi għarfien dwar l-oriġini evoluzzjonarja tal-bijosintesi tal-camptothecin
Faċilità Kkollaborata: Università ta 'Sichuan
Ġurnal: Komunikazzjonijiet tan-Natura
Fattur tal-Impatt: 14.912
Dan il-proġett irrapporta assemblaġġ tal-ġenoma C. acuminata ta 'kwalità għolja, ta' livell ta 'kromożomi, b'daqs tal-ġenoma ta' 414.95Mb u contingN50 1.47Mb.Sibna li C. acuminata jesperjenza duplikazzjoni indipendenti tal-ġenoma kollu u bosta ġeni li joħorġu minnu huma relatati mal-bijosintesi tal-camptothecin.Id-diverġenza funzjonali tal-ġene LAMT u l-evoluzzjoni pożittiva ta 'żewġ ġeni SLAS, għalhekk, it-tnejn ikkontribwew ħafna għall-bijosintesi ta' camptothecin f'C. acuminata.Ir-riżultati enfasizzaw l-importanza ta 'assemblaġġ tal-ġenoma ta' kwalità għolja fl-identifikazzjoni ta 'bidliet ġenetiċi fl-oriġini evoluzzjonarja ta' metabolit sekondarju.
7.Il-ġenoma definit mill-alleli jiżvela divrenzjar biallelic matul l-evoluzzjoni tal-kassava
Faċilità Kkollaborata: Akkademja Ċiniża tax-Xjenzi Agrikoli Tropikali
Ġurnal: Impjant Molekulari
Fattur tal-Impatt: 13.162
Dan il-proġett assembla ġenoma ta 'referenza għall-kassava b'contigN50 1.1Mb bl-użu tal-pjattaforma ta' sekwenzar tal-Pacific Biosciences (PacBio).Wara evalwazzjoni minn BUSCO, indiċi LAI, u mappa ġenetika ta 'densità għolja, il-ġenoma immuntat huwa kkonfermat bħala grad ta' referenza.Ir-reġjuni żejda ġew identifikati u kontigs ġew ankrati fuq 18 psewdokromożomi bl-użu ta 'rabtiet Hi-C.Dan il-ġenoma ta 'referenza ta' kwalità għolja u definit mill-alleli għall-kassava huwa ta 'valur fl-identifikazzjoni ta' bi-alleli diverġenti fuq kromożomi omoloġi, li jippermetti li tiġi esplorata d-differenzazzjoni u d-dominanza tal-espressjoni ta 'bi-alleli u l-forzi evoluttivi sottostanti tagħhom.Ffaċilitat strateġiji innovattivi tat-tnissil fil-kassava u għelejjel eterozigoti ħafna oħrajn.
8.Genomic għarfien dwar it-tkabbir mgħaġġel ta 'paulownias u l-formazzjoni ta' Paulownia witches' xkupi
Faċilità Kkollaborata: Università Agrikola Henan
Ġurnal: Impjant Molekulari
Fattur tal-Impatt: 13.162
Dan il-proġett assembla ġenoma nukleari ta 'kwalità għolja ta' Paulownia fortunei, 511.6 Mb fid-daqs, b'93.2% tas-sekwenzi jkunu ankrati ma '20 psewdokromożomi.Effiċjenza fotosintetika ogħla tinkiseb permezz tal-integrazzjoni tal-fotosintesi C3 u l-mogħdija tal-metaboliżmu tal-aċidu crassulacean, li setgħet ikkontribwixxa għall-vizzju tat-tkabbir estremament mgħaġġel tas-siġar tal-paulownia.Sekwenzar addizzjonali tal-ġenoma tal-fitoplasma PaWB, flimkien ma 'analiżi funzjonali, indika li l-effettur PaWB-SAP54 jinteraġixxi direttament ma' Paulownia PfSPLa, li mbagħad jikkawża d-degradazzjoni ta 'PfSPLa mill-mogħdija medjata mill-ubiquitin u jwassal għall-formazzjoni ta' ġummar tas-sħaħar.Id-dejta pprovdiet għarfien sinifikanti dwar il-bijoloġija tal-pawlownias u l-mekkaniżmu regolatorju għall-formazzjoni ta 'PaWB.
Ġenoma tal-annimali - Intuwizzjonijiet profondi tal-evoluzzjoni tal-ispeċi
1.Il-ġenoma ta 'Nautilus pompilius idawwal l-evoluzzjoni tal-għajnejn u l-bijomineralizzazzjoni
Faċilità Kkollaborata: Istitut tal-Oċeanoloġija tal-Baħar taċ-Ċina tan-Nofsinhar, CAS
Ġurnal: Ekoloġija Naturali u evoluzzjoni
Fattur tal-Impatt: 15.462
Dan il-proġett ippreżenta ġenoma komplut għal Nautilus pompilius.Għandu l-ġenoma minimalista fost iċ-ċefalopodi sekwenzati, li huwa 730.58Mb b'kontigN50 = 1.1Mb.Ir-riżultat tal-evalwazzjoni BUSCO huwa 91.31%.Flimkien ma 'transcriptome, proteome, familja tal-ġeni u analiżi filoġenetika, dan il-ġenoma pprovda referenza fundamentali dwar l-innovazzjonijiet taċ-ċefalopodi, bħall-għajnejn pinhole u l-bijomineralizzazzjoni.Ir-riċerka indikat li l-ħsara fuq il-kompletezza tar-raggruppament tal-ġeni Hox tista 'tkun relatata mal-għejbien tal-qoxra tal-Molluski.Importanti, innovazzjonijiet ġenomiċi multipli inklużi telf ta 'ġeni, kontrazzjoni indipendenti u espansjoni ta' familji ta 'ġeni speċifiċi u n-netwerks regolatorji assoċjati tagħhom x'aktarx iffurmaw l-evoluzzjoni tal-għajnejn pinhole nautilus.Il-ġenoma tan-nautilus kien jikkostitwixxi riżors siewi għar-rikostruzzjoni tax-xenarji evoluzzjonarji u l-innovazzjonijiet ġenomiċi li jsawru ċ-ċefalopodi eżistenti.
2.Analiżi tal-ġenoma Seadragon tipprovdi għarfien dwar il-fenotip u l-lokus tad-determinazzjoni tas-sess tagħha
Faċilità Kkollaborata: Istitut tal-Oċeanoloġija tal-Baħar taċ-Ċina tan-Nofsinhar, CAS
Ġurnal: Avvanzi tax-Xjenza
Fattur tal-Impatt: 14.132
Dan il-proġett sekwenza de novo-ġenomi maskili u femminili tad-dragun tal-baħar komuni (Phyllopteryx taeniolatus) u l-ispeċi relatati mill-qrib tiegħu, il-pipefish alligator (Syngnathoides biaculeatus).Id-daqs tal-ġenoma għal Phyllopteryx taeniolatus huwa ~659 Mb（♂）u ~663 Mb（♀）, b'kontigN50 ta' 10.0Mb u 12.1mb.id-daqs tal-ġenoma għal Phyllopteryx taeniolatus huwa 637 Mb（♂）u ~648 Mb（♀）, b'kontigN50 ta '18.0Mb u 21.0Mb.Permezz ta 'analiżi filoġenetika, is-seadragon komuni u l-pipefish alligator huma taxon oħt ta' Syngnathinae, u diverġew madwar 27.3 Ma ilu.Profili ta 'traskrizzjoni minn novità evoluttiva, l-appendiċi li jixbħu weraq, juru li sett ta' ġeni tipikament involuti fl-iżvilupp tal-pinen ġew kooptati kif ukoll arrikkiment ta 'traskrizzjonijiet għal tiswija potenzjali tat-tessuti u ġeni ta' difiża immuni.Ġie identifikat locus putattiv li jiddetermina s-sess li jikkodifika ġene amhr2y speċifiku għall-irġiel kondiviż minn seadragon u alligator pipefish komuni.Dan il-proġett ipprovda evidenza kritika għal studji ta 'evoluzzjoni adattiva.
Ħin tal-post: 19-Settembru 2022