Aħbarijiet

L-amplifikazzjoni tal-element trasponibbli (TE) ġiet rikonoxxuta bħala forza li tmexxi l-medjazzjoni tal-espansjoni u l-evoluzzjoni tad-daqs tal-ġenoma, iżda l-konsegwenzi għat-tiswir tal-arkitettura ġenomika 3D jibqgħu fil-biċċa l-kbira mhux magħrufa fil-pjanti.Hawnhekk, nirrappurtaw assemblaġġi tal-ġenoma ta’ grad ta’ referenza għal tliet speċi ta’ qoton li jvarjaw tliet darbiet fid-daqs tal-ġenoma, jiġifieriGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), uG. raimondii(D5), bl-użu ta’ Oxford Nanopore Technologies.Analiżi komparattivi tal-ġenoma jiddokumentaw id-dettalji ta 'amplifikazzjoni TE speċifika għal nisel li jikkontribwixxu għad-differenzi kbar fid-daqs tal-ġenoma (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), u jindikaw kontenut tal-ġeni relattivament konservat u relazzjonijiet ta' sintenija fost il-ġenomi.Sibna li madwar 17% tal-ġeni sinteniċi juru bidla fl-istatus tal-kromatin bejn kompartimenti attivi ("A") u inattivi ("B"), u l-amplifikazzjoni TE kienet assoċjata maż-żieda tal-proporzjon tal-kompartiment A fir-reġjuni tal-ġeni (~ 7,000 ġene ) f'K2 u A2 relattiv għal D5.42% biss tal-konfini tad-dominju li jassoċjaw topoloġikament (TAD) kienu kkonservati fost it-tliet ġenomi.Id-dejta tagħna timplika amplifikazzjoni reċenti ta 'TEs wara l-formazzjoni ta' konfini TAD speċifiċi għan-nisel.Dan l-istudju jitfa 'dawl fuq ir-rwol tal-espansjoni tal-ġenoma medjata mit-transposon fl-evoluzzjoni tal-istruttura tal-kromatin ta' ordni ogħla fil-pjanti.