Prodotti

Sekwenzar twil mhux ta 'kodifikazzjoni-Illumina

Sekwenzar fit-tul mhux kodifikat-Illumina Dehru Image

RNAs twal mhux kodifikanti (lncRNAs) huma tip ta 'molekuli RNA b'tul li jaqbeż il-200 nt, li huma kkaratterizzati minn potenzjal ta' kodifikazzjoni estremament baxx.LncRNA, bħala membru ewlieni fl-RNAs li ma jikkodifikawx, jinsab prinċipalment fin-nukleu u fil-plażma.L-iżvilupp fit-teknoloġija tas-sekwenzjar u l-bijoinformatika jippermetti l-identifikazzjoni ta 'bosta lncRNAs ġodda u jassoċja dawk ma' funzjonijiet bijoloġiċi.Evidenzi akkumulattivi jissuġġerixxu li lncRNA huwa involut b'mod wiesa 'f'regolazzjoni epiġenetika, regolazzjoni ta' traskrizzjoni u regolazzjoni ta 'wara t-traskrizzjoni.

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Vantaġġi tas-Servizz

● Vantaġġi tas-Servizz

● Ċellulari u speċifiċi tat-tessuti

● Stadju speċifiku jesprimi u jippreżenta bidla dinamika fl-espressjoni

● Mudelli preċiżi ta 'espressjoni ta' ħin u spazju

● Analiżi konġunta b'dejta tal-mRNA.

● Twassil tar-riżultat ibbażat fuq BMKCloud: It-tħaffir tad-dejta personalizzat disponibbli fuq il-pjattaforma.

● Servizzi ta 'wara l-bejgħ validi għal 3 xhur mat-tlestija tal-proġett

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Librerija	Pjattaforma	Dejta rakkomandata	Data QC
tnaqqis tal-rRNA	Illumina PE150	10 Gb	Q30≥85%

Konċ.(ng/μl)

Ammont (μg)

Purità

Integrità

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel.

Għall-pjanti: RIN≥6.5;

Għall-annimali: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda

Nukleotidi:

Tessut: Piż (niexef): ≥1 g

* Għal tessut iżgħar minn 5 mg, nirrakkomandaw li tibgħat kampjun tat-tessut iffriżat flash (f'nitroġenu likwidu).

Sospensjoni taċ-ċelluli: Għadd taċ-ċelluli = 3 × 10⁷
*Nirrakkomandaw li nibgħatu lisat taċ-ċelluli ffriżati.F'każ li dik iċ-ċellula tgħodd iżgħar minn 5 × 10⁵, flash iffriżat fin-nitroġenu likwidu huwa rakkomandat.

Kampjuni tad-demm:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol u 2mL demm (TRIzol:Demm=3:1)

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Konsenja:
1.Dry-silġ: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: kampjuni RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta 'stabbilizzazzjoni RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Disinn tal-esperimenti

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tal-RNA

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar ta 'RNA żgħir-Illumina

Li jmiss: Sekwenzar tal-mRNA-Illumina mhux ibbażat fuq Referenza

Bijoinformatika

1.Klassifikazzjoni LncRNA

LncRNA imbassar mill-erba 'softwares hawn fuq ġew ikklassifikati f'4 kategoriji: lincRNA, anti-sens-LncRNA, intrronic-LncRNA;sens-LncRNA.Il-klassifikazzjoni tal-LncRNA kienet murija fl-istogramma hawn taħt.

LncRNA-klassifikazzjoni

Klassifikazzjoni LncRNA

2.Ġeni mmirati lejn is-Cis ta 'analiżi ta' arrikkiment DE-lncRNA

ClusterProfiler kien impjegat fl-analiżi ta 'arrikkiment GO fuq ġeni mmirati cis ta' lncRNA espress b'mod differenzjali (DE-lncRNA), f'termini ta 'proċessi bijoloġiċi, funzjonijiet molekulari u komponenti ċellulari.L-analiżi tal-arrikkiment GO hija proċess biex jiġu identifikati termini GO arrikkiti b'mod sinifikanti diretti mid-DEG meta mqabbla mal-ġenoma kollu.It-termini arrikkit ġew ippreżentati fl-istogramma, chart bużżieqa, eċċ kif muri hawn taħt.

Analiżi tal-arrikkiment-de-lncRNA-ċis-mirati--Ċart tal-bużżieqa Ġeni mmirati cis ta 'analiżi ta' arrikkiment DE-lncRNA -Ċart tal-bużżieqa

3. Billi tqabbel it-tul, in-numru tal-eson, l-ORF u l-ammont ta 'espressjoni ta' mRNA u lncRNA, nistgħu nifhmu d-differenzi fl-istruttura, is-sekwenza u l-bqija bejniethom, u nivverifikaw ukoll jekk l-lncRNA ġdid imbassar minna jikkonformax mal-karatteristiċi ġenerali.

Kawża BMK

Profil ta' espressjoni lncRNA deregolat fl-adenokarċinomi tal-pulmun tal-ġurdien b'mutazzjoni KRAS-G12D u knockout P53

Ippubblikat:Ġurnal tal-Mediċina Ċellulari u Molekulari,2019

Strateġija ta' sekwenzar

Illumina

Ġbir tal-kampjuni

Iċ-ċelloli NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) u ċ-ċelloli ta 'kontroll negattiv (sh-Scr) inkisbu f'jum 6 ta' infezzjoni virali speċifika.

Riżultati ewlenin

Dan l-istudju jinvestiga l-lncRNAs espressi b'mod aberranti fl-adenokarċinoma tal-pulmun tal-ġurdien b'knockout P53 u l-mutazzjoni KrasG12D.
1.6424 lncRNAs ġew espressi b'mod differenzjat (≥ 2 darbiet bidla, P <0.05).
2.Fost il-210 lncRNAs(FC≥8), l-espressjoni ta '11 lncRNAs kienet regolata minn P53, 33 lncRNAs minn KRAS u 13 lncRNAs minn ipoksja fiċ-ċelloli KP primarji, rispettivament.
3.NONMMUT015812, li kien irregolat b'mod notevoli fl-adenokarċinoma tal-pulmun tal-ġurdien u rregolat b'mod negattiv mir-ri-espressjoni P53, ġie skopert biex janalizza l-funzjoni ċellulari tiegħu.
4.Knockdown ta 'NONMMUT015812 minn shRNAs naqas l-abbiltajiet ta' proliferazzjoni u migrazzjoni taċ-ċelloli KP.NONMMUT015812 kien onkoġenu potenzjali.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-studju

Analiżi tal-mogħdija KEGG tal-ġeni espressi b'mod differenzjat fiċ-ċelloli KP NONMMUT015812-knockdown

Analiżi tal-Ontoloġija tal-ġeni tal-ġeni espressi b'mod differenzjali fiċ-ċelloli KP NONMMUT015812-knockdown

Referenza

Profil ta' espressjoni lncRNA deregolat fl-adenokarċinomi tal-pulmun tal-ġurdien b'mutazzjoni KRAS-G12D u knockout P53[J].Ġurnal tal-Mediċina Ċellulari u Molekulari, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584