Prodotti

Assemblea tal-Ġenoma bbażata fuq Hi-C

Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad il-konfigurazzjoni tal-kromożomi billi jgħaqqad interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità tal-probing u sekwenzar b'rendiment għoli.L-intensità ta' dawn l-interazzjonijiet hija maħsuba li hija korrelatata b'mod negattiv mad-distanza fiżika fuq il-kromożomi.Għalhekk, id-dejta Hi-C tista 'tiggwida l-raggruppament, l-ordni u l-orjentazzjoni ta' sekwenzi immuntati f'abbozz tal-ġenoma u l-ankraġġ ta 'dawk fuq ċertu numru ta' kromożomi.Din it-teknoloġija tagħti s-setgħa assemblaġġ tal-ġenoma fil-livell tal-kromożomi fin-nuqqas ta 'mappa ġenetika bbażata fuq il-popolazzjoni.Kull ġenoma wieħed jeħtieġ Hi-C.

Pjattaforma: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Vantaġġi tas-Servizz

Ħarsa ġenerali ta 'Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Xjenza, 2009)

● Ebda ħtieġa fil-kostruzzjoni ta 'popolazzjoni ġenetika għall-ankraġġ contig;
● Densità ogħla tal-markatur li twassal għal proporzjon ogħla ta 'ankraġġ ta' contigs f'aktar minn 90%;
● Jippermetti l-evalwazzjoni u l-korrezzjonijiet fuq assemblaġġi tal-ġenoma eżistenti;
● Ħin ta 'dawran iqsar bi preċiżjoni ogħla fl-assemblaġġ tal-ġenoma;
● Esperjenza abbundanti b'aktar minn 1000 librerija Hi-C mibnija għal aktar minn 500 speċi;
● Aktar minn 100 każ ta 'suċċess b'fattur ta' impatt ippubblikat akkumulattiv ta 'aktar minn 760;
● Assemblaġġ tal-ġenoma bbażat fuq Hi-C għall-ġenoma polyploid, rata ta 'ankraġġ ta' 100% inkisbet fi proġett preċedenti;
● Privattivi interni u drittijiet tal-awtur tas-softwer għal esperimenti Hi-C u analiżi tad-dejta;
● Is-softwer tal-irfinar tad-data viżwalizzat żviluppat minnu nnifsu, jippermetti ċaqliq manwali tal-blokk, ir-rivers, ir-revoka u r-redoing.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Tip ta' Librerija

Pjattaforma

Aqra Tul

Irrakkomanda Strateġija

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 100X

Analiżi tal-bijoinformatika

● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata

● Kontroll tal-kwalità tal-librerija Hi-C

● Assemblaġġ tal-ġenoma bbażat fuq Hi-C

● Evalwazzjoni ta 'wara l-assemblaġġ

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:

Annimali	Fungus	Pjanti
Tessut iffriżat: 1-2g għal kull librerija Ċelloli: 1x 10^7 ċelluli għal kull librerija	Tessut iffriżat: 1g għal kull librerija	Tessut iffriżat: 1-2g għal kull librerija
*Nirrakkomandaw bil-qawwa li tibgħat mill-inqas 2 alikwoti (1 g kull wieħed) għall-esperiment Hi-C.

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Għall-biċċa l-kbira tal-kampjuni, nirrakkomandaw li ma tippreservax fl-etanol.
Tikkettjar tal-kampjuni: Il-kampjuni jridu jkunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta' informazzjoni tal-kampjun sottomessa.
Ġarr: Is-silġ niexef: L-ewwel jeħtieġ li l-kampjuni jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Disinn tal-esperimenti

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tad-DNA

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar tal-Ġenoma tal-Pjanti/Annimali De Novo

Li jmiss: Ġenetika Evoluttiva

*Ir-riżultati tad-demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati b'Bijomarker Technologies

1.Mappa tas-sħana ta 'interazzjoni Hi-C ta'Camptotheca acuminataġenoma.Kif muri fuq il-mappa, l-intensità tal-interazzjonijiet hija korrelatata b'mod negattiv mad-distanza lineari, li tindika assemblaġġ ta 'livell ta' kromożomi preċiż ħafna.(Proporzjon ta 'ankraġġ: 96.03%)

3Hi-C-interazzjoni-heatmap-turi-kontigs-ankrar-fl-assemblaġġ-ġenoma

Kang M et al.,Komunikazzjonijiet tan-Natura, 2021

2.Hi-C iffaċilitat il-validazzjoni ta 'inverżjonijiet bejnGossypium hirsutumL. TM-1 A06 uG. arboreumChr06

4Hi-C-heatmap-tiffaċilita-kxif-ta-inverżjoni-bejn-ġenomi

Yang Z et al.,Komunikazzjonijiet tan-Natura, 2019

3.Assembly u differenzjazzjoni biallelic tal-ġenoma tal-kassava SC205.Mappa tas-sħana Hi-C murija maqsuma ċara f'kromożomi omoloġi.

5Hi-C-heatmap-turi-kromożomi-omologi

Hu W et al.,Impjant Molekulari, 2021

4.Mappa tas-sħana Hi-C fuq assemblaġġ tal-ġenoma ta 'żewġ speċi Ficus:F.microcarpa(proporzjon ta 'ankraġġ: 99.3%) uF.hispida (proporzjon ta 'ankraġġ: 99.7%)
6Hi-C-heatmap-turi-kontig-ankrar-tal-ġenomi-Ficus

Zhang X et al.,Ċellula, 2020

Kawża BMK

Ġenomi tas-siġra Banyan u l-wasp tal-pollinatur jipprovdu għarfien dwar il-koevoluzzjoni tat-tin-wasp

Ippubblikat: Ċellula, 2020

Strateġija ta' sekwenzar:

F. microcarpa ġenoma: Madwar.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

F. hispidaġenoma: Madwar.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

Eupristina verticillataġenoma: Madwar.170 X PacBio RSII (65 Gb)

Riżultati ewlenin

1.Żewġ ġenomi tas-siġar tal-banyan u ġenoma wieħed tal-wasp pollinatur inbnew bl-użu ta 'sekwenzjar PacBio, Hi-C u mappa ta' rabta.
(1)F. microcarpaġenoma: Ġie stabbilit assemblaġġ ta '426 Mb (97.7% tad-daqs tal-ġenoma stmat) b'kontig N50 ta' 908 Kb, punteġġ BUSCO ta '95.6%.B'kollox sekwenzi ta '423 Mb ġew ankrati ma' 13-il kromożoma minn Hi-C.L-annotazzjoni tal-ġenoma tat 29,416 ġene li jikkodifika l-proteini.
(2)F. Hispidaġenoma: Assemblaġġ ta '360 Mb (97.3% tad-daqs tal-ġenoma stmat) kien rendiment b'kontig N50 ta' 492 Kb u punteġġ BUSCO ta '97.4%.Total ta' sekwenzi ta' 359 Mb kienu ankrati fuq 14-il kromożoma permezz ta' Hi-C u identiċi ħafna għal mappa ta' rabta ta' densità għolja.
(3)Eupristina verticillataġenoma: Ġie stabbilit assemblaġġ ta '387 Mb (Daqs tal-ġenoma stmat: 382 Mb) b'kontig N50 ta' 3.1 Mb u punteġġ BUSCO ta '97.7%.

2.Analiżi komparattiva tal-ġenomika żvelat numru kbir ta 'varjazzjonijiet fl-istruttura bejn tnejnFicusġenomi, li pprovdew riżors ġenetiku imprezzabbli għal studji ta 'evoluzzjoni adattivi.Dan l-istudju, għall-ewwel darba, ipprovda għarfien dwar il-koevoluzzjoni tal-Fin-wasp fil-livell ġenomu.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-studju

Dijagramma Circos dwar karatteristiċi ġenomika ta 'żewġ....Ficusġenomi, inklużi kromożomi, duplikazzjonijiet segmentali (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), espressjoni tal-ġeni u synteny