Prodotti

Sekwenzar ta' mRNA ta' tul sħiħ-Nanopore

Is-sekwenzjar tal-RNA kien għodda imprezzabbli għal analiżi komprensiva tat-traskriptome.Bla dubju, is-sekwenzjar tradizzjonali tal-qari qasir kiseb ħafna żvilupp importanti hawn.Madankollu, ħafna drabi tiltaqa 'ma' limitazzjonijiet fl-identifikazzjonijiet tal-isoformi fit-tul sħiħ, il-kwantifikazzjoni, il-preġudizzju tal-PCR.

Is-sekwenzjar tan-Nanopore jiddistingwi ruħu minn pjattaformi oħra ta 'sekwenzjar, peress li n-nukleotidi jinqraw direttament mingħajr sintesi tad-DNA u jiġġenera qari fit-tul f'għexieren ta' kilobases.Dan jagħti s-setgħa lill-qari dirett li jaqsam traskrizzjonijiet fit-tul sħiħ u li jindirizza l-isfidi fi studji fil-livell tal-isoforma.

Pjattaforma：Nanopore PromethION

Librerija:cDNA-PCR

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Vantaġġi tas-Servizz

● Preġudizzju baxx ta 'sekwenza

● L-iżvelar ta 'molekuli ta' cDNA full-length

● Inqas dejta meħtieġa biex tkopri l-istess numru ta' traskrizzjonijiet

● Identifikazzjoni ta 'iżoformi multipli għal kull ġene

● Kwantifikazzjoni tal-espressjoni fil-livell tal-isoforma

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Librerija

Pjattaforma

Produzzjoni ta' data rakkomandata (Gb)

Kontroll tal-Kwalità

cDNA-PCR (Poly-A arrikkit)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/kampjun (Skond l-ispeċi)

Proporzjon ta' tul sħiħ>70%

Punteġġ medju ta 'kwalità: Q10

Analiżi tal-bijoinformatika

●Ipproċessar tad-dejta mhux ipproċessata

● Identifikazzjoni tat-traskrizzjoni

● Splicing alternattiv

● Kwantifikazzjoni tal-espressjoni fil-livell tal-ġeni u l-livell tal-isoforma

● Analiżi ta 'espressjoni differenzjali

● Annotazzjoni u arrikkiment tal-funzjoni (DEGs u DETs)

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:

Nukleotidi:

Konċ.(ng/μl)

Ammont (μg)

Purità

Integrità

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel.

Għall-pjanti: RIN≥7.0;

Għall-annimali: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda

Tessut: Piż (niexef): ≥1 g

* Għal tessut iżgħar minn 5 mg, nirrakkomandaw li tibgħat kampjun tat-tessut iffriżat flash (f'nitroġenu likwidu).

Sospensjoni taċ-ċelluli: Għadd taċ-ċelluli = 3 × 10⁶- 1×10⁷

*Nirrakkomandaw li nibgħatu lisat taċ-ċelluli ffriżati.F'każ li dik iċ-ċellula tgħodd iżgħar minn 5 × 10⁵, flash iffriżat fin-nitroġenu likwidu huwa rakkomandat, li huwa preferibbli għall-estrazzjoni mikro.

Kampjuni tad-demm: Volume≥1 ml

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)

Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Ġarr: 2、Dry-ice: Kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.

Tubi RNAstable: Il-kampjuni tal-RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu tal-istabbilizzazzjoni tal-RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Nukleotidi:

Kunsinna tal-kampjun

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Tessut:

Disinn tal-esperimenti

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tal-RNA

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar ta 'mRNA ta' tul sħiħ -PacBio

Li jmiss: 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

1.Analiżi tal-espressjoni differenzjali -Plot vulkan

Analiżi ta' espressjoni differenzjali tista' tiġi pproċessata kemm fil-livell tal-ġeni biex jiġu identifikati ġeni espressi b'mod differenzjali (DEGs) kif ukoll f'livell ta' iżoforma biex jiġu identifikati b'mod differenzjali

3(1)

traskrizzjonijiet espressi (DETs)

2.Mappa tas-sħana ta' raggruppament ġerarkiku

3.Identifikazzjoni u klassifikazzjoni ta 'splicing alternattiva

Ħames tipi ta 'avvenimenti ta' splicing alternattivi jistgħu jiġu mbassra minn Astalavista.

4.Identifikazzjoni ta' avvenimenti ta' poli-adenilazzjoni alternattiva (APA) u Motif f'50 bp 'il fuq minn poly-A

Kawża BMK

Identifikazzjoni ta' splicing alternattiva u kwantifikazzjoni fil-livell ta' iżoforma permezz ta' sekwenzar tat-traskriptoma fit-tul sħiħ tan-nanopori

Ippubblikat:Nature Communications,2020

Strateġija ta' sekwenzar:

Raggruppament: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutazzjoni K700E);3. Ċelloli B normali

Strateġija ta 'sekwenzjar: Sekwenzar tal-librerija MinION 2D, Sekwenzar tal-librerija PromethION 1D;dejta qosra mill-istess kampjuni

Pjattaforma tas-sekwenzjar: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

Riżultati ewlenin

1.Identifikazzjoni ta 'Splicing Alternattiva fil-livell ta' isoforma

Sekwenzi li jinqraw fit-tul jagħtu s-setgħa lill-identifikazzjoni tal-mutant SF3B1^K700E-siti ta 'splice mibdula fil-livell tal-isoforma.35 alternattiva 3′SSs u 10 alternattiva 5′SSs instabu li kienu mqabbda b'mod differenzjat sinifikanti bejn SF3B1^K700Eu SF3B1^WT.33 mill-35 alterazzjoni ġew skoperti ġodda minn sekwenzi li jinqraw fit-tul.

2.Kwantifikazzjoni ta 'Splicing Alternattiv fil-livell ta' isoform

Espressjoni ta' iżoformi ta' żamma ta' introni (IR) f'SF3B1^K700Eu SF3B1^WTġew ikkwantifikati bbażati fuq sekwenzi nanopori, u żvelaw regolamentazzjoni 'l isfel globali ta' iżoformi IR f'SF3B1^K700E.

Referenza

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Il-karatterizzazzjoni tat-traskrizzjoni fit-tul sħiħ tal-mutazzjoni SF3B1 fil-lewkimja limfoċitika kronika tiżvela downregulation ta 'introni miżmuma [J].Komunikazzjonijiet tan-Natura.