Ġenetika Evoluttiva
Vantaġġi tas-Servizz
Takagi et al.,Il-ġurnal tal-pjanti, 2013
● Stima tal-ħin u l-veloċità tad-diverġenza tal-ispeċi abbażi tal-varjazzjonijiet fil-livell tan-nukleotidi u tal-aċidi amminiċi
● L-iżvelar ta' relazzjoni filoġenetika aktar affidabbli bejn l-ispeċi b'influwenza mnaqqsa ta' evoluzzjoni konverġenti u evoluzzjoni parallela
● Il-bini ta' rabtiet bejn il-bidliet ġenetiċi u l-fenotipi biex jinkixfu ġeni relatati mal-karatteristiċi
● L-istima tad-diversità ġenetika, li tirrifletti l-potenzjal evoluzzjonarju tal-ispeċi
● Ħin tat-tibdil aktar mgħaġġel
● Esperjenza estensiva: BMK akkumula esperjenza massiva fi proġetti relatati mal-popolazzjoni u l-evoluzzjoni għal aktar minn 12-il sena, li tkopri mijiet ta 'speċi, eċċ. u kkontribwixxa f'aktar minn 80 proġett ta' livell għoli ppubblikati f'Komunikazzjonijiet tan-Natura, Pjanti Molekulari, Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, eċċ.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
Materjali:
Normalment, mill-inqas tliet sub-popolazzjonijiet (eż. sottospeċi jew razez) huma rakkomandati.Kull sub-popolazzjoni għandu jkun fiha mhux inqas minn 10 individwi (Pjanti ＞15, jistgħu jitnaqqsu għal speċi rari).
Strateġija ta' sekwenzar:
* WGS jista 'jintuża għal speċi b'ġenoma ta' referenza ta 'kwalità għolja, filwaqt li SLAF-Seq huwa applikabbli għal speċi jew bi jew mingħajr ġenoma ta' referenza, jew ġenoma ta 'referenza ta' kwalità fqira.
| Applikabbli għad-daqs tal-ġenoma | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/individwu | WGS huwa aktar rakkomandat |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Analiżi tal-bijoinformatika
● Analiżi evoluttiva
● Knis selettiv
● Fluss tal-ġeni
● Storja demografika
● Ħin tad-diverġenza
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
| Speċi | Tessut | WGS-NGS | SLAF |
| Annimali
| Tessut vixxerali |
0.5 ~ 1g
|
0.5g
|
| Tessut tal-muskoli | |||
| Demm tal-mammiferi | 1.5mL
| 1.5mL
| |
| Demm tat-Tjur/Ħut | |||
| Pjanta
| Weraq Frisk | 1 ~ 2g | 0.5 ~ 1g |
| Petali/Zokk | |||
| Għeruq/Żerriegħa | |||
| Ċelloli | Ċellula kkultivata |
| gDNA | Konċentrazzjoni | Ammont (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
*Riżultati demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati b'BMKGENE
1.L-analiżi tal-evoluzzjoni fiha kostruzzjoni ta 'siġra filoġenetika, struttura tal-popolazzjoni u PCA bbażati fuq varjazzjonijiet ġenetiċi.
Is-siġra filoġenetika tirrappreżenta relazzjonijiet tassonomiċi u evoluzzjonarji fost speċi b'antenat komuni.
Il-PCA għandha l-għan li tara l-qrubija bejn is-sotto-popolazzjonijiet.
L-istruttura tal-popolazzjoni turi l-preżenza ta 'sotto-popolazzjoni ġenetikament distinta f'termini ta' frekwenzi alleli.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2.Knis selettiv
Sweep selettiv tirreferi għal proċess li bih jintgħażel sit vantaġġuż u jiżdiedu l-frekwenzi ta' siti newtrali konnessi u jonqsu dawk ta' siti mhux marbuta, li jirriżulta fi tnaqqis ta' reġjonali.
Is-sejbien tal-ġenoma kollu fuq reġjuni ta' knis selettiv jiġi pproċessat billi jiġi kkalkulat l-indiċi ġenetiku tal-popolazzjoni (π，Fst, Tajima's D) tal-SNPs kollha f'tieqa li tiżżerżaq (100 Kb) f'ċertu pass (10 Kb).
Id-diversità tan-nukleotide (π)
Tajima's D
Indiċi ta' fissazzjoni (Fst)
Wu, et.al.,Impjant Molekulari, 2018
3.Fluss tal-Ġene
Wu, et.al.,Impjant Molekulari, 2018
4.Storja demografika
Zhang, et.al.,Natura Ekoloġija & Evoluzzjoni, 2021
5.Ħin tad-diverġenza
Zhang, et.al.,Natura Ekoloġija & Evoluzzjoni, 2021
Kawża BMK
Mappa tal-varjazzjoni ġenomika tipprovdi għarfien dwar il-bażi ġenetika tal-għażla tal-Kaboċċa Ċiniża tar-Rebbiegħa (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Ippubblikat: Impjant Molekulari, 2018
Strateġija ta' sekwenzar:
Sekwenzar mill-ġdid: fond tas-sekwenza: 10 ×
Riżultati ewlenin
F'dan l-istudju, 194 kaboċċi Ċiniżi ġew ipproċessati għal sekwenza mill-ġdid b'fond medju ta '10 ×, li ta 1,208,499 SNPs u 416,070 InDels.Analiżi filoġenetika fuq dawn il-194 linja wriet li dawn il-linji jistgħu jinqasmu fi tliet ekotipi, ir-rebbiegħa, is-sajf u l-ħarifa.Barra minn hekk, l-istruttura tal-popolazzjoni u l-analiżi tal-PCA indikaw li l-kaboċċi Ċiniżi tar-rebbiegħa kienu oriġinaw minn kaboċċa tal-ħarifa f'Shandong, iċ-Ċina.Dawn sussegwentement ġew introdotti fil-Korea u l-Ġappun, qasmu mal-linji lokali u xi varjetajiet ta 'bolting tard minnhom ġew introdotti lura fiċ-Ċina u finalment saru kaboċċi Ċiniżi tar-Rebbiegħa.
L-iskannjar tal-ġenoma kollu fuq il-kaboċċi Ċiniżi tar-rebbiegħa u l-kaboċċi tal-ħarifa fuq l-għażla żvelat 23 loci ġenomika li għaddew minn għażla qawwija, li tnejn minnhom kienu sovrapposti mar-reġjun li jikkontrolla l-ħin tal-bolting ibbażat fuq l-immappjar QTL.Dawn iż-żewġ reġjuni nstabu li fihom ġeni ewlenin li jirregolaw il-fjoritura, BrVIN3.1 u BrFLC1.Dawn iż-żewġ ġeni ġew ikkonfermati aktar li huma involuti fil-ħin tal-bolting permezz ta 'studju tat-traskriptome u esperimenti transġeniċi.
 Analiżi tal-istruttura tal-popolazzjoni fuq kaboċċi Ċiniżi |  Informazzjoni ġenetika dwar l-għażla tal-kaboċċi Ċiniżi |
Tongbing, et al."Mappa tal-Varjazzjoni Ġenomika Tipprovdi għarfien dwar il-Bażi Ġenetika tal-Għażla tal-Kaboċċa Ċiniża tar-Rebbiegħa (Brassica rapa ssp.pekinensis)."Pjanti molekulari,11(2018):1360-1376.
