● Esperjenza Għolja: Aktar minn 200,000 kampjun ġew ipproċessati f'BMK li jkopru diversi tipi ta 'kampjuni, inklużi kultura taċ-ċelluli, tessut, fluwidu tal-ġisem, eċċ. u aktar minn 7,000 proġett mRNA-Seq magħluqa li jkopru diversi oqsma ta' riċerka.
● Sistema stretta ta 'kontroll tal-kwalità: Il-punti ewlenin tal-kontroll tal-kwalità permezz tal-passi kollha inklużi l-preparazzjoni tal-kampjun, il-preparazzjoni tal-librerija, is-sekwenzjar u l-bijoinformatika huma taħt monitoraġġ mill-qrib sabiex iwasslu riżultati ta' kwalità għolja.
● Databases multipli disponibbli għall-annotazzjoni tal-funzjoni u studji ta 'arrikkiment biex jissodisfaw miri ta' riċerka differenti.
● Servizzi ta 'wara l-bejgħ: Servizzi ta' wara l-bejgħ validi għal 3 xhur mat-tlestija tal-proġett, inkluż is-segwitu tal-proġetti, issolvi l-problemi, riżultati Q&A, eċċ.
Librerija | Strateġija ta' sekwenzar | Data rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
Poly A arrikkit | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi:
Konċ.(ng/μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel. | Għall-pjanti: RIN≥6.5; Għall-annimali: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda |
Tessut: Piż (niexef):≥1 g
* Għal tessut iżgħar minn 5 mg, nirrakkomandaw li tibgħat kampjun tat-tessut iffriżat flash (f'nitroġenu likwidu).
Sospensjoni taċ-ċelluli:Għadd taċ-ċelluli = 3 × 106- 1×107
*Nirrakkomandaw li nibgħatu lisat taċ-ċelluli ffriżati.F'każ li dik iċ-ċellula tgħodd iżgħar minn 5 × 105.
Kampjuni tad-demm:Volum≥1 ml
Mikroorganiżmu:Massa ≥ 1 g
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Konsenja:
Bijoinformatika
Ewkarjotiku Fluss tax-xogħol tal-analiżi tas-sekwenza tal-mRNA
Bijoinformatika
ØKontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
ØAllinjament tal-ġenoma ta' referenza
ØAnaliżi tal-istruttura tat-traskrizzjoni
ØKwantifikazzjoni tal-espressjoni
ØAnaliżi ta' espressjoni differenzjali
ØAnnotazzjoni tal-funzjoni u arrikkiment
1.mRNA Data Saturation kurva
2.Analiżi tal-espressjoni differenzjali-plott tal-Vulkan
3.Annotazzjoni KEGG fuq DEGs
4.Klassifikazzjoni GO fuq DEGs