Pjattaforma | Daqs tal-Librerija | Rendiment tad-Data Teoretika (Kull Ċellula) | Preċiżjoni b'bażi waħda | Applikazzjonijiet |
Nanopore | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90Gb/Ċellula | 85-92% | Sejħa SV, De novo, Sekwenzar fit-tul sħiħ, Iso-Seq, Annotazzjoni tal-ġeni, Sejbien tal-metilazzjoni tad-DNA |
● Aktar minn 5 snin esperjenza fuq il-pjattaforma tas-sekwenzjar PacBio b'eluf ta 'proġetti magħluqa b'diversi speċi.
● BMKGENE huwa sieħeb uffiċjali ta 'Oxford Nanopore, b'ċertifikazzjoni RNA/DNA ta' pjattaforma doppja.
● Hemm mudelli mainstream ta 'sequencers b'tagħmir komplut u throughput ta' sekwenzar suffiċjenti.
● Ibbażat fuq il-pjattaforma Nanopore, aktar minn 10 riċerki Denovo fuq annimali u pjanti ġew ippubblikati f'ġurnali rinomati internazzjonalment.
Tip ta' Kampjun | Ammont | Konċentrazzjoni (Qubit ®) | Volum | Purità | Oħrajn |
DNA ġenomika | Jiddependi fuq ir-Rekwiżit tad-Data | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; Oqfa ċara f'260 nm, l-ebda kontaminazzjoni | Il-konċentrazzjoni trid titkejjel b'Qubit u Qubit/Nanopore ≤ 2 |
RNA totali | ≥1.2μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5;l-ebda kontaminazzjoni | Valur RIN ≥7.5 |
Valutazzjoni tal-Kwalità tad-Data tal-Kampjun tad-DNA
Tabella 1. Statistika dwar data nadifa.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | nadifN50Len | nadifN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
Valutazzjoni tal-Kwalità tad-Data tal-Kampjun tal-RNA
Tabella 1. Statistika dwar data nadifa.
Isem tal-fajl | ClientID | ReadNum | BaseNum | N50 | MeanLength | MaxLength | MeanQscore |
RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Q12 |
Figura 1. Aqra d-distribuzzjoni tat-tul
Figura 2. Distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità tad-dejta nadifa
Figura 3. Distribuzzjoni tal-punteġġ tat-tul u l-kwalità tad-dejta nadifa