Ġenomika Komparattiva
Vantaġġi tas-Servizz
● Pakkett ta 'analiżi komprensivi, li fih it-tmien analiżi l-aktar komunement meħtieġa
● Affidabbiltà għolja fl-analiżi b'interpretazzjoni dettaljata u li tinftiehem faċilment dwar ir-riżultati
● Ċifri mfassla tajjeb lesti biex jiġu ppubblikati
● Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet għolja jissodisfa talbiet varji ta 'analiżi personalizzata
● Ħin ta 'dawran iqsar bi preċiżjoni ogħla fl-analiżi
● Esperjenza abbundanti b'aktar minn 90 każ ta 'suċċess b'fattur ta' impatt ippubblikat akkumulattiv ta 'aktar minn 900
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Ħin stmat għat-tibdil | Numru ta' speċi | Analiżi |
| 30 jum tax-xogħol | 6 - 12 | Raggruppament tal-familja tal-ġeni Espansjoni u kontrazzjoni tal-familja tal-ġeni Kostruzzjoni ta' siġra filġenetika Stima tal-ħin tad-diverġenza (kalibrazzjoni fossili meħtieġa) Ħin ta' inserzjoni LTR (Għal pjanti) Duplikazzjoni tal-ġenoma kollu (Għal pjanti) Pressjoni selettiva Analiżi Synteny |
Analiżi tal-bijoinformatika
● Familja tal-ġeni
● Filoġenetika
● Ħin tad-diverġenza
● Pressjoni selettiva
● Analiżi Synteny
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Tessut jew DNA għas-sekwenzjar u l-assemblaġġ tal-ġenoma
Għat-Tessut
| Speċi | Tessut | Stħarriġ | PacBio CCS |
| Annimali | Tessut vixxerali | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Tessut tal-muskoli | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| Demm tal-mammiferi | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Demm tat-Tjur/Ħut | |||
| Pjanta | Weraq Frisk | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petali/Zokk | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Għeruq/Żerriegħa | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Ċelloli | Ċellula kkultivata | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Fajls tas-sekwenza tal-ġenoma (.fasta) u fajls ta' annotazzjoni (.gff3) ta' speċi relatati mill-qrib
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
*Ir-riżultati tad-demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati b'Bijomarker Technologies
1.Stima tal-ħin tal-inserzjoni tal-LTR: Il-figura wriet distribuzzjoni bimodali unika fil-ħinijiet tal-inserzjoni tal-LTR-RTs fil-ġenoma tas-segala Weining, meta mqabbla ma 'speċi oħra.L-iktar quċċata reċenti dehret madwar 0.5 miljun sena ilu.
Li Guang et al.,Ġenetika tan-Natura, 2021
2.Phylogeny u analiżi tal-familja tal-ġeni fuq chayote (Sechium edule): Billi analizzat chayote u t-13-il speċi oħra relatati fil-familja tal-ġeni, Chayote instab li kien l-aktar relatat mal-qargħa tas-serp (Trichosanthes anguina).Chayote derivat minn qargħa tas-serp f'madwar 27-45 Mya u duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħa (WGD) kienet osservata f'chayote f'25±4 Mya, li hija t-tielet avveniment WGD f'cucuibitaceae.
Fu A et al.,Riċerka tal-Ortikultura, 2021
Analiżi 3.Synteny: Xi ġeni relatati mal-phytohormones fl-iżvilupp tal-frott instabu f'chayote, qargħa tas-serp u squash.Il-korrelazzjoni bejn chayote u squash hija kemxejn ogħla minn dik bejn chayote u qargħa tas-serp.
Fu A et al.,Riċerka tal-Ortikultura, 2021
4.Analiżi tal-familja tal-ġeni: L-arrikkiment KEGG fuq l-espansjoni u l-kontrazzjoni tal-familja tal-ġeni fil-ġenomi G.thurberi u G.davidsonii wera li l-bijosintesi ta 'sterojdi u l-ġeni relatati mal-bijosintesi ta' brassinosterojdi ġew estiżi.
Yang Z et al.,BMC Bijoloġija, 2021
5.Analiżi tad-duplikazzjoni tal-ġenoma kollu: analiżi tad-distribuzzjoni 4DTV u Ks murija avveniment ta 'duplikazzjoni tal-ġenoma kollu.Il-qċaċet ta' intraspeċi wrew avvenimenti ta' duplikazzjoni.Qċaċet ta 'interspeċi murija avvenimenti ta' speċjazzjoni.L-analiżi indikat li meta mqabbla mat-tliet speċijiet l-oħra relatati mill-qrib, O. europaea għadda minn duplikazzjoni tal-ġeni fuq skala kbira aktar reċentement.
Rao G et al.,Riċerka tal-Ortikultura, 2021
Kawża BMK
Rose mingħajr prickle: għarfien ġenomu marbut mal-adattament tal-umdità
Ippubblikat: Reviżjoni Nazzjonali tax-Xjenza, 2021
Strateġija ta' sekwenzar:
'Ta' BasyeBla xewk" (R.Wichurainan) ġenoma:
Appross.93 X PacBio + madwar.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Riżultati ewlenin
1.Il-ġenoma ta 'R.wichuraiana ta' kwalità għolja nbniet bl-użu ta 'tekniki ta' sekwenzar ta 'qari fit-tul, li jipproduċu assemblaġġ ta' 530.07 Mb (id-daqs tal-ġenoma stmat kien ta 'madwar 525.9 Mb permezz ta' ċitometrija tal-fluss u 525.5 permezz ta 'stħarriġ tal-ġenoma； Eterozygosity kienet madwar 1.03%).Il-punteġġ stmat ta' BUSCO kien ta' 93.9%.Meta tqabbel ma '"Old blush" (haploOB), il-kwalità u l-kompletezza ta' dan il-ġenoma ġiet ikkonfermata minn preċiżjoni bażi waħda ta 'bażi u indiċi ta' assemblaġġ LTR (LAI=20.03).Il-ġenoma ta 'R.wichuraiana fih 32,674 ġene li jikkodifika proteina.
Analiżi konġunta 2.Multi-omics, li tikkonsisti f'ġenomika komparattiva, transcriptomics, analiżi QTL tal-popolazzjoni ġenetika, żvelat l-ispeċjazzjoni kruċjali bejn R. wichuraiana u Rosa chinensis.Ukoll, varjazzjoni ta 'espressjoni ta' ġeni relatati fil-QTL x'aktarx li tkun assoċjata ma 'mudelli ta' prickle ta 'zokk.
Analiżi tal-ġenomika komparattiva bejn Basye;s Thornless u Rosa chinensis inkluża analiżi ta 'sintenija, cluster tal-familja tal-ġeni, analiżi ta' espansjoni u kontrazzjoni, żvelat numru kbir ta 'varjazzjonijiet, li kienu relatati ma' karatteristiċi kruċjali fil-ward.L-espansjoni unika fil-familja tal-ġeni NAC u FAR1/FRS kienet probabbli ħafna li tkun assoċjata ma 'reżistenza għal spot iswed.
Analiżi tal-ġenomika komparattiva bejn il-ġenomi BT u haploOB.
Zhong, M., et al."Warda mingħajr prickle: għarfien ġenomu marbut mal-adattament tal-umdità"Reviżjoni Nazzjonali tax-Xjenza, 2021;, nwab092.
