Prodotti

Analiżi Segregant bulked

L-analiżi segregant bulked (BSA) hija teknika użata biex tidentifika malajr il-markaturi ġenetiċi assoċjati mal-fenotip.Il-fluss tax-xogħol ewlieni tal-BSA fih l-għażla ta 'żewġ gruppi ta' individwi b'fenotipi estremament opposti, li jgħaqqdu d-DNA tal-individwi kollha biex jiffurmaw żewġ biċċa l-kbira tad-DNA, li jidentifikaw sekwenzi differenzjali bejn żewġ gruppi.Din it-teknika ġiet użata b'mod estensiv fl-identifikazzjoni ta' markaturi ġenetiċi assoċjati b'mod qawwi minn ġeni mmirati fil-ġenomi tal-pjanti/l-annimali.

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Vantaġġi tas-Servizz

Takagi et al., The plant journal, 2013

● Lokalizzazzjoni preċiża: Taħlit ta 'bulks ma' 30 + 30 sa 200 + 200 individwu biex jimminimizza l-istorbju fl-isfond;tbassir tar-reġjun kandidat ibbażat fuq mutanti mhux sinonimi.

● Analiżi komprensiva: Annotazzjoni fil-fond tal-funzjoni tal-ġeni kandidati, inklużi NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, eċċ.

● Ħin ta 'tibdil aktar mgħaġġel: Lokalizzazzjoni rapida tal-ġeni fi żmien 45 jum tax-xogħol.

● Esperjenza estensiva: BMK ikkontribwixxa f'eluf ta 'lokalizzazzjoni ta' karatteristiċi, li tkopri speċi differenti bħal uċuħ tar-raba ', prodotti akkwatiċi, foresti, fjuri, frott, eċċ.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Popolazzjoni:
Segregazzjoni tal-wild tal-ġenituri b'fenotipi opposti.
eż. nisel F2, Backcrossing (BC), Linja inbred rikombinanti (RIL)

Pool tat-taħlit
Għal karatteristiċi kwalitattivi: 30 sa 50 individwu (minimu 20)/massa
Għal tratis kwantitattivi: l-ogħla 5% sa 10% individwi bi jew fenotipi estremi fil-popolazzjoni kollha (minimu 30+30).

Fond ta' sekwenzar rakkomandat
Mill-inqas 20X/ġenitur u 1X/frieħ individwali (eż. għal grupp ta' taħlit ta' frieħ ta' 30+30 individwu, il-fond tas-sekwenzjar se jkun 30X għal kull lott)

Analiżi tal-bijoinformatika

● Sekwenza mill-ġdid tal-ġenoma kollu

● Ipproċessar tad-dejta

● Sejħa SNP/Indel

● Screening tar-reġjun tal-kandidat

● Annotazzjoni tal-funzjoni tal-ġene kandidat

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:

Nukleotidi:

Kampjun tal-gDNA	Kampjun tat-tessut
Konċentrazzjoni: ≥30 ng/μl	Pjanti: 1-2 g
Ammont: ≥2 μg (Volum ≥15 μl)	Annimali: 0.5-1 g
Purità: OD260/280= 1.6-2.5	Demm sħiħ: 1.5 ml

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Disinn tal-esperimenti

Kunsinna tal-kampjun

Estrazzjoni tal-RNA

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: Ġenomika Komparattiva

Li jmiss: Ġenetika Evoluttiva

1.Bażi ta 'analiżi ta' assoċjazzjoni fuq Distanza Ewklidjana (ED) biex tidentifika r-reġjun kandidat.Fil-figura li ġejja

Assi X: Numru tal-kromożomi;Kull tikka tirrappreżenta valur ED ta' SNP.Il-linja Iswed tikkorrispondi mal-valur ED imwaħħal.Valur ED ogħla jindika assoċjazzjoni aktar sinifikanti bejn is-sit u l-fenotip.Linja sing ħamra tirrappreżenta limitu ta 'assoċjazzjoni sinifikanti.

mRNA-FLNC-qari-tul-distribuzzjoni

2.Analiżi ta 'assoċjazzjoni bbażata fuq l-ebda indiċi SNP

Assi X: Numru tal-kromożomi;Kull tikka tirrappreżenta l-valur tal-indiċi SNP.Il-linja sewda tirreferi għall-valur tal-indiċi SNP imwaħħal.Iktar ma jkun kbir il-valur, iktar tkun sinifikanti l-assoċjazzjoni.

Distribuzzjoni tat-tul-mRNA-Kompleta-ORF

Kawża BMK

Il-locus tal-karatteristika kwantitattiva tal-effett ewlieni Fnl7.1 jikkodifika proteina abbundanti tal-embrijoġenesi tard assoċjata mat-tul tal-għonq tal-frott fil-ħjar

Ippubblikat: Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 2020

Strateġija ta' sekwenzar:

Ġenituri (Jin5-508, YN): Sekwenza mill-ġdid tal-ġenoma kollu għal 34× u 20×.

Pools tad-DNA (50 b'għonq twil u 50 b'għonq qasir): Sekwenza mill-ġdid għal 61× u 52×

Riżultati ewlenin

F'dan l-istudju, is-segregazzjoni tal-popolazzjoni (F2 u F2: 3) ġiet iġġenerata billi qasmet il-linja tal-ħjar ta 'għonq twil Jin5-508 u YN ta' għonq qasir.Żewġ pools tad-DNA ġew mibnija minn 50 individwu estremi b'għonq twil u 50 individwu estrem b'għonq qasir.QTL b'effett maġġuri ġie identifikat fuq Chr07 permezz ta 'analiżi BSA u mapping QTL tradizzjonali.Ir-reġjun kandidat ġie mnaqqas aktar permezz ta 'mapping fin, kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni u esperimenti transġeniċi, li żvelaw ġene ewlieni fil-kontroll tat-tul tal-għonq, CsFnl7.1.Barra minn hekk, il-polimorfiżmu fir-reġjun promotur CsFnl7.1 instab li kien assoċjat ma 'espressjoni korrispondenti.Analiżi filoġenetika ulterjuri ssuġġeriet li l-locus Fnl7.1 huwa probabbli ħafna li jkun oriġinat mill-Indja.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-studju

QTL-mapping fl-analiżi BSA biex jiġi identifikat ir-reġjun kandidat assoċjat mat-tul tal-għonq tal-ħjar

Profili LOD ta 'QTL tul l-għonq tal-ħjar identifikati fuq Chr07

Referenza

Xu, X. , et al."Il-locus tal-karatteristika kwantitattiva tal-effett ewlieni Fnl7.1 jikkodifika proteina abbundanti tal-embrijoġenesi tard assoċjata mat-tul tal-għonq tal-frott fil-ħjar."Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti 18.7(2020).