Prodotti

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Is-subunità fuq 16S u 18S rRNA li fiha kemm reġjuni kkonservati ħafna kif ukoll iper-varjabbli hija marka tas-swaba' molekulari perfetta għall-identifikazzjoni ta 'organiżmi prokarjotiċi u ewkarjotiċi.Filwaqt li jieħdu vantaġġ mis-sekwenzjar, dawn l-amplicons jistgħu jiġu mmirati bbażati fuq il-partijiet konservati u r-reġjuni iper-varjabbli jistgħu jiġu kkaratterizzati bis-sħiħ għall-identifikazzjoni tal-mikrobi li jikkontribwixxu għal studji li jkopru analiżi tad-diversità tal-mikrobi, tassonomija, filoġenija, eċċ. Molekula waħda f'ħin reali (SMRT). ) is-sekwenzjar tal-pjattaforma PacBio jippermetti l-kisba ta' qari twal preċiżi ħafna, li jistgħu jkopru amplicons full-length (madwar 1.5 Kb).Il-fehma wiesgħa tal-qasam ġenetiku tejbet ħafna r-riżoluzzjoni fl-annotazzjoni tal-ispeċi fil-komunità tal-batterji jew tal-fungi.

Pjattaforma:PacBio Sequel II

Ikkuntatjana

Dettalji tas-Servizz

Riżultati Demo

Studju ta' Każ

Vantaġġi tas-Servizz

● Qari fit-tul li jiżvelaw sekwenza ta' tul sħiħ ta' 16S/18S/ITS

● Sejħiet bażi preċiżi ħafna b'sekwenzjar tal-modalità PacBio CCS

● Riżoluzzjoni fil-livell tal-ispeċi fl-annotazzjoni OTU/ASV

● L-aħħar QIIME2 li janalizza l-fluss b'analiżi differenti f'termini ta 'database, annotazzjoni, OTU/ASV.

● Applikabbli għal diversi studji tal-komunità mikrobjali

● BMK għandha esperjenza estensiva b'aktar minn 100,000 kampjun/sena, li tkopri ħamrija, ilma, gass, ħama, ħmieġ, imsaren, ġilda, brodu tal-fermentazzjoni, insetti, pjanti, eċċ.

● BMKCloud iffaċilita l-interpretazzjoni tad-dejta li fiha 45 għodda ta' analiżi personalizzata

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

SekwenzarPjattaforma	Librerija	Dejta rakkomandata	Ħin tat-tibdil
PacBio Sequel II	SMRT-qanpiena	Tags 5K/10K/20K	44 jum tax-xogħol

Analiżi tal-bijoinformatika

● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata

● Raggruppament OTU/De-noise (ASV)

● Annotazzjoni OTU

● Alpha diversità

● Diversità Beta

● Analiżi bejn il-gruppi

● Analiżi ta 'assoċjazzjoni kontra fatturi sperimentali

● Tbassir tal-ġeni tal-funzjoni

Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna

Rekwiżiti tal-Kampjun:

GħalEstratti tad-DNA:

Tip ta' Kampjun	Ammont	Konċentrazzjoni	Purità
Estratti tad-DNA	＞ 1 μg	> 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Għal kampjuni ambjentali:

Tip ta' kampjun	Proċedura ta' teħid ta' kampjuni rakkomandata
Ħamrija	Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Is-sustanza nixfin li jifdal jeħtieġ li titneħħa mill-wiċċ;Itħan biċċiet kbar u għaddi minn filtru ta’ 2 mm;Kampjuni alikwot f'tubu EP sterili jew cyrotube għar-riżervazzjoni.
Ħmieġ	Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjuni f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni.
Kontenut intestinali	Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu pproċessati taħt kundizzjoni asettika.Aħsel it-tessut miġbur b'PBS;Iċċentrifuga l-PBS u iġbor il-preċipitant f'tubi EP.
Ħama	Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjun tal-ħama f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni
Korp tal-ilma	Għal kampjun b'ammont limitat ta 'mikrobi, bħal ilma tal-vit, ilma tajjeb, eċċ., Iġbor mill-inqas 1 L ilma u għaddi minn filtru ta' 0.22 μm biex tarrikkixxi l-mikrobi fuq il-membrana.Aħżen il-membrana f'tubu sterili.
Ġilda	Obrox bir-reqqa l-wiċċ tal-ġilda b'tampun tal-qoton sterili jew xafra kirurġika u poġġiha f'tubu sterili.

Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata

Iffriża l-kampjuni fin-nitroġenu likwidu għal 3-4 sigħat u aħżen f'nitroġenu likwidu jew -80 grad għal riżerva fit-tul.It-tbaħħir tal-kampjuni bis-silġ niexef huwa meħtieġ.

Fluss tax-Xogħol tas-Servizz

Kunsinna tal-kampjun

Kostruzzjoni ta' librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-dejta

Servizzi ta' wara l-bejgħ

Preċedenti: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Li jmiss: Assaġġ għall-Kromatin Aċċessibbli għat-Transposase b'Sekwenzar ta' Throughput Għoli (ATAC-seq)

1.Rata ta 'annotazzjoni ta' profiling tal-komunità mikrobjali bbażata fuq V3 + V4 (Illumina) vs profiling ibbażat fuq it-tul sħiħ (PacBio).
(Ġiet applikata data ta’ 30 proġett magħżula b’mod każwali għall-istatistika)

2.Rata ta' annotazzjoni ta' sekwenzar ta' amplicon full-length fuq livell ta' speċi f'tipi ta' kampjuni differenti

3.Distribuzzjoni tal-ispeċi

4.Siġra filoġenetika

Kawża BMK

L-espożizzjoni għall-arseniku jinduċi ħsara fil-barriera intestinali u l-attivazzjoni konsegwenti tal-assi tal-imsaren-fwied li twassal għal infjammazzjoni u piroptożi tal-fwied fil-papri

Ippubblikat:Xjenza tal-Ambjent Totali,2021

Strateġija ta' sekwenzar:

Kampjuni: Kontroll vs 8 mg/kg ATO espost grupp
Rendiment tad-dejta tas-sekwenzjar: 102,583 sekwenza CCS mhux maħduma b'kollox
Kontroll: 54,518 ± 747 CCS effettiv
Espost għall-ATO : 45,050 ± 1675 CCS effettivi

Riżultati ewlenin

Diversità alfa:L-espożizzjoni għall-ATO bidlet b'mod sinifikanti r-rikkezza u d-diversità tal-mikrobi intestinali fil-papri.

Analiżi tal-metastati:
Fil-livell tal-phylum: 2 phyla batterjali misjuba biss fi gruppi ta' kontroll
Fil-livell tal-ġeneru: 6 ġeneri nstabu differenti b'mod sinifikanti fl-abbundanza relattiva
Fil-livell tal-ispeċi: 36 speċi ġew identifikati b'kollox, b'6 minnhom differenti b'mod sinifikanti fl-abbundanza ta' ħajja ġdida

Referenza

Thingholm, LB, et al."Individwi Obeżi bi u mingħajr Dijabete tat-Tip 2 juru Kapaċità u Kompożizzjoni Funzjonali Mikrobiċi tal-Imsaren differenti."Ospitanti taċ-Ċelluli u Mikrobi26.2(2019).