Penjujukan RNA prokariotik

Penjujukan RNA prokariotik menggunakan penjujukan generasi seterusnya (NGS) untuk mendedahkan kehadiran dan kuantiti RNA pada masa tertentu, dengan menganalisis transkrip selular yang berubah.Penjujukan RNA prokariotik syarikat kami, khusus menyasarkan prokariot dengan genom rujukan, memberikan anda pemprofilan transkriptom, analisis struktur gen, dll. Ia telah digunakan secara meluas dalam penyelidikan sains asas, penyelidikan dan pembangunan ubat, dan banyak lagi.

Platform: Platform Illumina NovaSeq

Hubungi Kami

Butiran Perkhidmatan

Spesifikasi Perkhidmatan

Platform: Platform Illumina NovaSeq, PE150

Jenis perpustakaan: pustaka cDNA sisipan 350bp (bergantung pada pengedaran puncak)

Strategi penjujukan: Berpasangan-Tamat 150 bp

Mengesyorkan jumlah data: 2 Gb data mentah/sampel

Bioinformatik

(1) Kawalan kualiti data penjujukan: Taburan nukleotida, Taburan kualiti asas, penilaian nisbah rRNA;

(2) Analisis penjajaran jujukan: Statistik hasil penjajaran, Ketepuan jujukan, Liputan jujukan;

(3) Anotasi genom rujukan (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analisis ungkapan: Taburan ungkapan (Dengan dua atau lebih sampel), Analisis ungkapan antara sampel (Analisis Venn, analisis Korelasi, analisis PCA);

(5) Analisis ungkapan pembezaan (Dengan dua atau lebih sampel);

(6) Analisis set gen: Analisis Venn, Analisis Kluster, Analisis anotasi fungsi (COG, GO, KEGG), Analisis pengayaan fungsi (GO, KEGG), Graf kord pengayaan fungsi, Analisis Ipath;

(7) analisis sRNA: ramalan sRNA, anotasi sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), ramalan struktur sekunder sRNA, ramalan gen sasaran sRNA;

(8) Analisis struktur transkrip: Analisis operon, ramalan tapak permulaan dan tamat transkripsi, anotasi dan analisis UTR, Ramalan jujukan promoter, analisis SNP/InDel (anotasi SNP/InDel, pengedaran wilayah SNP/InDel, statistik SNP).