-
Penjujukan RNA nukleus tunggal
Kemajuan dalam penangkapan sel tunggal dan teknik pembinaan perpustakaan individu yang digabungkan dengan penjujukan pemprosesan tinggi membolehkan kajian ekspresi gen berdasarkan sel demi sel.Ia membolehkan analisis sistem yang lebih mendalam dan lengkap pada populasi sel yang kompleks, di mana ia sebahagian besarnya mengelakkan penyamaran heterogen mereka dengan mengambil purata semua sel.
Walau bagaimanapun, sesetengah sel tidak sesuai untuk dijadikan ampaian sel tunggal, jadi kaedah penyediaan sampel lain – pengekstrakan nukleus daripada tisu diperlukan, iaitu nukleus diekstrak terus daripada tisu atau sel dan disediakan menjadi ampaian nukleus tunggal untuk satu- penjujukan sel.
BMK menyediakan perkhidmatan penjujukan RNA sel tunggal berasaskan 10× Genomics ChromiumTM.Perkhidmatan ini telah digunakan secara meluas dalam kajian tentang kajian berkaitan penyakit, seperti pembezaan sel imun, heterogeniti tumor, perkembangan tisu, dsb.
Cip transkrip spatial: 10× Genomik
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Penjujukan Keseluruhan Genom Tumbuhan/Haiwan
Penjujukan semula genom keseluruhan, juga dikenali sebagai WGS, membolehkan pendedahan mutasi biasa dan jarang berlaku pada keseluruhan genom termasuk Polimorfisme Nukleotida Tunggal (SNP), Pemadaman Sisipan (InDel), variasi Struktur (SV), dan Variasi Nombor Salin (CNV). ).SV membentuk bahagian yang lebih besar daripada asas variasi daripada SNP dan mempunyai kesan yang lebih besar pada genom, yang mempunyai kesan ketara ke atas organisma hidup.Penyusunan semula bacaan panjang membolehkan pengecaman lebih tepat bagi serpihan besar dan variasi rumit kerana bacaan panjang menjadikannya lebih mudah untuk menyeberang kromosom ke kawasan rumit seperti ulangan tandem, kawasan kaya GC/AT dan kawasan hiper-pembolehubah.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transkriptom Spatial BMKMANU S1000
Transkriptomi spatial berdiri di barisan hadapan dalam inovasi saintifik, memperkasakan penyelidik untuk menyelidiki corak ekspresi gen yang rumit dalam tisu sambil mengekalkan konteks spatial mereka.Di tengah-tengah pelbagai platform, BMKGene telah membangunkan Cip Transkriptom Spatial BMKManu S1000, denganresolusi dipertingkatkansebanyak 5µM, mencapai julat subselular, dan membolehkantetapan resolusi berbilang peringkat.Cip S1000, yang menampilkan kira-kira 2 juta tompok, menggunakan perigi mikro berlapis dengan manik yang dimuatkan dengan probe tangkapan berkod bar ruang.Perpustakaan cDNA, diperkaya dengan kod bar spatial, disediakan daripada cip S1000 dan kemudiannya disusun pada platform Illumina NovaSeq.Gabungan sampel berkod bar ruang dan UMI memastikan ketepatan dan kekhususan data yang dijana.Atribut unik cip BMKManu S1000 terletak pada kepelbagaiannya, menawarkan tetapan resolusi berbilang peringkat yang boleh ditala dengan halus kepada tisu dan tahap perincian yang berbeza.Kebolehsuaian ini meletakkan cip sebagai pilihan yang cemerlang untuk kajian transkriptomi spatial yang pelbagai, memastikan pengelompokan spatial yang tepat dengan bunyi yang minimum.
Menggunakan cip BMKManu S1000 dan teknologi transkriptomi spatial yang lain, penyelidik boleh memperoleh pemahaman yang lebih baik tentang organisasi ruang sel dan interaksi molekul kompleks yang berlaku dalam tisu, memberikan pandangan yang tidak ternilai tentang mekanisme yang mendasari proses biologi dalam pelbagai bidang, termasuk onkologi, neurosains, biologi perkembangan, imunologi dan kajian botani.
Platform: cip BMKManu S1000 dan Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptom Spatial Visium Genomics
Transkriptomi spatial ialah teknologi canggih yang membolehkan penyelidik menyiasat corak ekspresi gen dalam tisu sambil mengekalkan konteks spatialnya.Satu platform berkuasa dalam domain ini ialah 10x Genomics Visium ditambah dengan penjujukan Illumina.Prinsip 10X Visium terletak pada cip khusus dengan kawasan tangkapan yang ditetapkan di mana bahagian tisu diletakkan.Kawasan tangkapan ini mengandungi tempat berkod bar, setiap satu sepadan dengan lokasi spatial yang unik dalam tisu.Molekul RNA yang ditangkap daripada tisu kemudiannya dilabelkan dengan pengecam molekul unik (UMI) semasa proses transkripsi terbalik.Tempat berkod bar dan UMI ini membolehkan pemetaan spatial dan kuantifikasi ekspresi gen yang tepat pada resolusi sel tunggal.Gabungan sampel berkod bar ruang dan UMI memastikan ketepatan dan kekhususan data yang dijana.Dengan menggunakan teknologi Spatial Transcriptomics ini, penyelidik boleh memperoleh pemahaman yang lebih mendalam tentang organisasi ruang sel dan interaksi molekul kompleks yang berlaku dalam tisu, menawarkan pandangan yang tidak ternilai tentang mekanisme yang mendasari proses biologi dalam pelbagai bidang, termasuk onkologi, neurosains, biologi perkembangan, imunologi. , dan kajian botani.
Platform: 10X Genomics Visium dan Illumina NovaSeq
-
Penjujukan mRNA Penuh-Nanopore
Walaupun penjujukan mRNA berasaskan NGS berfungsi sebagai alat serba boleh untuk kuantifikasi ekspresi gen, pergantungannya pada bacaan pendek menyekat keberkesanannya dalam analisis transkriptik yang kompleks.Penjujukan nanopore, sebaliknya, menggunakan teknologi baca lama, membolehkan penjujukan transkrip mRNA penuh.Pendekatan ini memudahkan penerokaan komprehensif penyambungan alternatif, gabungan gen, poli-adenilasi, dan kuantifikasi isoform mRNA.
Penjujukan nanopore bergantung pada isyarat elektrik masa nyata molekul tunggal nanopore.Dipandu oleh protein motor, DNA beruntai dua mengikat kepada protein nanopori yang tertanam dalam biofilem, melonggarkan apabila ia melalui saluran nanopore di bawah perbezaan voltan.Isyarat elektrik tersendiri yang dijana oleh asas yang berbeza pada helai DNA dikesan dan dikelaskan dalam masa nyata, memudahkan penjujukan nukleotida yang tepat dan berterusan.Pendekatan inovatif ini mengatasi batasan bacaan pendek dan menyediakan platform dinamik untuk analisis genomik yang rumit, termasuk kajian transkriptomi yang kompleks.
Platform: Nanopore Promethion P48
-
Penjujukan mRNA penuh -PacBio
Walaupun penjujukan mRNA berasaskan NGS ialah alat serba boleh untuk mengukur ekspresi gen, pergantungannya pada bacaan pendek mengehadkan penggunaannya dalam analisis transkriptik yang kompleks.Penjujukan PacBio (Iso-Seq), sebaliknya, menggunakan teknologi yang dibaca lama, membolehkan penjujukan transkrip mRNA penuh.Pendekatan ini memudahkan penerokaan komprehensif penyambungan alternatif, gabungan gen dan poli-adenilasi walaupun ia bukan pilihan utama untuk kuantifikasi ekspresi gen, kerana jumlah data yang tinggi diperlukan.
Teknologi penjujukan PacBio bergantung pada penjujukan molekul tunggal, masa nyata (SMRT), memberikan kelebihan tersendiri dalam menangkap transkrip mRNA penuh.Pendekatan inovatif ini melibatkan penggunaan pandu gelombang mod sifar (ZMW), telaga mikrofabrikasi yang membolehkan pemerhatian masa nyata aktiviti polimerase DNA semasa penjujukan.Dalam ZMW ini, polimerase DNA PacBio mensintesis untaian DNA pelengkap, menghasilkan bacaan panjang yang merangkumi keseluruhan transkrip mRNA.Operasi PacBio dalam mod penjujukan Konsensus Pekeliling (CCS) meningkatkan ketepatan dengan mengulangi urutan molekul yang sama.Bacaan HiFi yang dijana mempunyai ketepatan yang setanding dengan NGS, seterusnya menyumbang kepada analisis yang komprehensif dan boleh dipercayai bagi ciri transkriptik yang kompleks.Platform: PacBio Sequel II
-
Penjujukan mRNA Eukariotik-Illumina
Penjujukan mRNA memperkasakan profil komprehensif semua transkrip mRNA dalam sel di bawah keadaan tertentu.Teknologi canggih ini berfungsi sebagai alat yang mujarab, mendedahkan profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekul yang dikaitkan dengan pelbagai proses biologi.Diguna pakai secara meluas dalam penyelidikan asas, diagnostik klinikal dan pembangunan ubat, penjujukan mRNA menawarkan pandangan tentang selok-belok dinamik selular dan peraturan genetik.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Penjujukan mRNA berasaskan bukan Rujukan-Illumina
Penjujukan mRNA memperkasakan profil komprehensif semua transkrip mRNA dalam sel di bawah keadaan tertentu.Teknologi canggih ini berfungsi sebagai alat yang mujarab, mendedahkan profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekul yang dikaitkan dengan pelbagai proses biologi.Diguna pakai secara meluas dalam penyelidikan asas, diagnostik klinikal dan pembangunan ubat, penjujukan mRNA menawarkan pandangan tentang selok-belok dinamik selular dan peraturan genetik.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Penjujukan bukan pengekodan panjang-Illumina
RNA bukan pengekodan panjang (lncRNAs) ialah RNA yang lebih panjang daripada 200 nukleotida yang mempunyai potensi pengekodan minimum dan merupakan elemen penting dalam RNA bukan pengekodan.Ditemui dalam nukleus dan sitoplasma, RNA ini memainkan peranan penting dalam peraturan epigenetik, transkripsi, dan pasca transkrip, menggariskan kepentingannya dalam membentuk proses selular dan molekul.Penjujukan LncRNA ialah alat yang berkuasa dalam pembezaan Sel, Ontogenesis, dan penyakit Manusia.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Penjujukan RNA kecil-Illumina
Molekul RNA kecil (sRNA), biasanya di bawah 200 nukleotida panjangnya, termasuk mikroRNA (miRNA), RNA kecil yang mengganggu (siRNA) dan RNA yang berinteraksi dengan piwi (piRNA).Antaranya, miRNA, kira-kira 20-24 nukleotida panjang, amat perlu diberi perhatian kerana peranan pengawalseliaan penting mereka dalam pelbagai proses selular.Dengan corak ekspresi khusus tisu dan khusus peringkat, miRNA mempamerkan pemuliharaan yang tinggi merentas spesies yang berbeza.
Platform: Illumina NovaSeq
-
penjujukan circRNA-Illumina
Penjujukan RNA bulat (circRNA-seq) adalah untuk memprofil dan menganalisis RNA bulat, kelas molekul RNA yang membentuk gelung tertutup disebabkan oleh peristiwa penyambungan bukan kanonik, memberikan RNA ini dengan kestabilan yang lebih tinggi.Walaupun sesetengah circRNA telah ditunjukkan bertindak sebagai span mikroRNA, mengasingkan mikroRNA dan menghalangnya daripada mengawal selia mRNA sasaran mereka, circRNA lain mungkin berinteraksi dengan protein, memodulasi ekspresi gen, atau mempunyai peranan dalam proses selular.Analisis ekspresi circRNA memberikan pandangan tentang peranan pengawalseliaan molekul ini dan kepentingannya dalam pelbagai proses selular, peringkat perkembangan dan keadaan penyakit, menyumbang kepada pemahaman yang lebih mendalam tentang kerumitan peraturan RNA dalam konteks ekspresi gen.
-
Penjujukan transkrip keseluruhan - Illumina
Penjujukan transkrip keseluruhan menawarkan pendekatan komprehensif untuk memprofil molekul RNA yang pelbagai, merangkumi kedua-dua pengekodan (mRNA) dan RNA bukan pengekodan (lncRNA, circRNA, dan miRNA).Teknik ini menangkap transkrip penuh sel tertentu pada masa tertentu, membolehkan pemahaman holistik tentang proses selular.Juga dikenali sebagai "penjujukan RNA total," ia bertujuan untuk mendedahkan rangkaian pengawalseliaan yang rumit pada peringkat transkrip, membolehkan analisis mendalam seperti RNA endogen (ceRNA) bersaing dan analisis RNA bersama.Ini menandakan langkah awal ke arah pencirian fungsian, terutamanya dalam membongkar rangkaian pengawalseliaan yang melibatkan interaksi ceRNA berasaskan circRNA-miRNA-mRNA.
