Peta haba
Fail data matriks digunakan untuk lukisan peta haba, yang boleh menapis, menormalkan dan data matriks kelompok.Ia kebanyakannya digunakan untuk analisis kelompok tahap ekspresi gen antara sampel yang berbeza.
Anotasi Gen
Anotasi fungsi gen dilakukan dengan memetakan jujukan dalam fail FASTA terhadap pelbagai pangkalan data.
Anotasi Gen
Alat Carian Penjajaran Tempatan Asas
CDS_UTR_Prediction
Alat ini direka bentuk untuk meramalkan kawasan pengekodan (CDS) dan kawasan bukan pengekodan (UTR) dalam jujukan transkrip yang diberikan berdasarkan letupan terhadap pangkalan data protein yang diketahui dan ramalan ORF.
Plot Manhattan
Plot Manhattan membolehkan paparan data dengan sejumlah besar titik data.Ia biasanya digunakan dalam kajian persatuan seluruh genom (GWAS).
Circos
Gambar rajah CIRCOS membolehkan persembahan langsung taburan SNP, InDeL, SV, CNV pada genom.
GO_Pengayaan
TopGO ialah alat yang direka untuk pengayaan fungsi.Pakej TopGO-Bioconductor terdiri daripada analisis ekspresi pembezaan, analisis pengayaan GO dan visualisasi keputusan.Ia akan menjana folder dengan output bernama "Graf", yang mengandungi hasil untuk topGO_BP, topGO_CC dan topGO_MF.
WGCNA
WGCNA ialah kaedah perlombongan data yang digunakan secara meluas untuk menemui modul ekspresi bersama gen.Ia boleh digunakan untuk pelbagai set data ekspresi termasuk data microarray dan data ekspresi gen yang berasal daripada penjujukan generasi seterusnya.
InterProScan
Analisis jujukan protein InterPro dan klasifikasi
GO_KEGG_Pengayaan
Alat ini direka bentuk untuk menjana histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG dan laluan pengayaan KEGG berdasarkan set gen yang disediakan dan anotasi yang sepadan.